ある時点の個々の代謝物を分析するのではなく、試料中の検出可能なすべての成分を網羅した代謝解析を行うことができる。 実験に応じて、ターゲットやノンターゲットのアプローチを適用する。 数百種類以上の代謝物を同時にモニタリングするには、化合物の絶対濃度ではなく、相対的な変化を広いダイナミックレンジでスクリーニングできるハイスループットかつハイエンドな技術が必要です。 このような目的に有用な分析技術の多くは、GC または HPLC/UPLC 分離モジュールと高速かつ高精度な質量分析計を組み合わせて使用します。 GC分離は分析前に化学修飾（誘導体化）を必要とし、低分子化合物には効率的に作用します。 HPLC分離は、難分解性の極性および非極性化合物をそのままの形で分析するのに適しています。 フィンガープリントやスナップフェノタイピングには、直接注入法やNMRベースの技術が主に使用されます（該当する場合）。 代謝バイオマーカーの発見と検証は、代謝分析が生物学的および生物医学的実験に適用されることによってもたらされる、刺激的で有望な機会である。 GC-TOF-MS, HPLC/UPLC-RP-MS, HILIC-LC-MSを用いたメタボローム解析は、研究者に多変量解析やデータマイニングのための確実なデータを提供することができます。