PeptideProphetTM
PeptideProphetTM は SEQUEST などのデータベース検索プログラムによる MS/MS スペクトルへのペプチド割り当てを自動的に検証するツールです。 各データセットから、正しいペプチドと正しくないペプチドの検索スコアとペプチド特性の分布を学習し、その分布を用いて、各結果が正しい確率を計算します。 関連するペプチド特性には、酵素切断が可能な末端の数（制約のない検索の場合）、酵素切断の失敗数、プレカーサーイオンに対する質量差、軽いまたは重いシステインの存在（ICAT実験の場合）、N-グリコシル化モチーフの存在（N-グリコシル化捕捉実験の場合）などが含まれます。 PeptideProphetは、あらゆる種類の質量分析計から生成されたMS/MSスペクトルの分析に続く第二段階として使用でき、あらゆる数のデータベース検索プログラムを使ってペプチドを割り当てることができます。
このソフトウェアはシアトルの Institute for Systems Biology で開発され、Analytical Chemistry 2002, 74, 5383-5392 に記載されています。
通常、PeptideProphet 分析に続いて、ProteinProphet が行われ、ペプチドを対応するタンパク質でグループ化し、それらのタンパク質が元のサンプルに存在した確率が計算されます。
PeptideProphet は、ISB で開発されたオープンソースの LC/MS/MS 分析パイプラインの 1 つのコンポーネントです。
Why open source? 特定のニーズに合わせて簡単に調整できます。
どのように支援できるか
私たちを支援する方法はたくさんあり、それを行うために質量分析者やプログラマーである必要はありません。 最も簡単な方法は、私たちのツールに関するフィードバックを提供することです！何かが動作しない場合、特定のツールに変更を加えることでより便利になる場合、不足している便利なツールや機能がある場合など、私たちにお知らせください。 あなたの名前を開発者のセクションに加えたいと思います 🙂