PeptideProphetTM

PeptideProphetTM valida automáticamente las asignaciones de péptidos a los espectros MS/MS realizadas por programas de búsqueda en bases de datos como SEQUEST. A partir de cada conjunto de datos, aprende las distribuciones de las puntuaciones de búsqueda y las propiedades de los péptidos entre los péptidos correctos e incorrectos, y utiliza esas distribuciones para calcular para cada resultado una probabilidad de que sea correcto. Las propiedades relevantes del péptido incluyen el número de terminaciones compatibles con la escisión enzimática (para búsquedas sin restricciones), el número de escisiones enzimáticas fallidas, la diferencia de masa con respecto al ion precursor, la presencia de cisteína ligera o pesada (para experimentos ICAT) y la presencia de un motivo de N-glicosilación (para experimentos de captura de N-glicosilación). PeptideProphet puede utilizarse como un segundo paso tras el análisis de los espectros MS/MS generados a partir de cualquier tipo de espectrómetro de masas, y asignar péptidos utilizando cualquier número de programas de búsqueda en bases de datos.

Este software se desarrolló en el Instituto de Biología de Sistemas de Seattle y se describe en Analytical Chemistry 2002, 74, 5383-5392.

Típicamente, el análisis de PeptideProphet va seguido de ProteinProphet, que agrupa los péptidos por su(s) correspondiente(s) proteína(s) para calcular las probabilidades de que esas proteínas estuvieran presentes en la muestra original.

PeptideProphet es uno de los componentes de la línea de análisis LC/MS/MS de código abierto desarrollada en el ISB

Otros componentes incluyen:

¿Por qué código abierto?

• El software de código abierto le da una flexibilidad que no puede ser igualada por ningún software de código propietario. Se puede adaptar fácilmente a sus necesidades particulares.
• El software de código abierto le ofrece una visión completa de cómo se manejan sus datos.
• El software de código abierto es probablemente la forma más democrática de establecer un estándar ampliamente aceptado en el análisis de datos.

¿Cómo puedo ayudar?

Hay muchas formas en las que puede ayudarnos y no necesita ser un espectrómetro de masas o un programador para hacerlo. Háganos saber si algo no funciona, si un cambio en una herramienta en particular la haría más útil, si hay una herramienta útil o una característica que falta, etc. Si cree que está calificado para ayudarnos de maneras más específicas, escríbanos. Nos encantaría añadir tu nombre a la sección de desarrolladores 🙂