Op 29 januari 1861 werd Kansas als vrije staat tot de unie toegelaten, een nederlaag voor de zuidelijke zaak. Zelfs toen bleef het zuidelijke element stevig verankerd in veel gemeenschappen in het oosten van Kansas. Toen de Burgeroorlog uitbrak, sloten ongeveer 20.000 mannen uit Missouri zich aan bij het leger van de Unie, terwijl ongeveer 1.000 zich aansloten bij de strijdkrachten van de Confederatie. Veel zuiderlingen steunden de Unie echter van ganser harte, omdat ze wilden dat Kansas hun thuis zou blijven.
De overgang van de territoriale status naar de status van staat bracht enkele veranderingen met zich mee in de soorten forten die in Kansas bestonden. De partijdige rivaliteit was verdwenen. Toch bestonden er nog veel kolonistenforten ter bescherming tegen indianenaanvallen. Waarschijnlijk heeft slechts één kamp, Livingston’s Hideout, tijdens de Burgeroorlog als Confederatiepost in Kansas bestaan. Er kunnen echter andere permanente schuilplaatsen hebben bestaan aan de Kansas-kant van de grens in de gebieden Wyandotte (Kansas City) en Olathe. De rest lag aan de kant van de Unie. Ook nam het aantal forten toe. De staat had er 26 in 1861 en het aantal steeg tot 43 in 1864. Aan het eind van de oorlog in 1865 had de staat nog 36 forten en posten.
De forten dienden nog steeds dezelfde doelen als in de territoriale tijd. Het leger onderhield sommige om reizigers en kolonisten te beschermen tegen Indianen. Sommige van de nieuwe legerposten werden echter opgericht om gemeenschappen langs de grens tussen Kansas en Missouri te beschermen tegen reguliere en guerrillatroepen van de Confederatie.
Andere legerposten, zoals Fort Scott, Fort Leavenworth en Fort Riley, dienden als administratieve hoofdkwartieren in de keten van forten die zich over het westen uitstrekten. De forten Leavenworth en Scott werden ook belangrijke bases voor operaties om delen van het Indian Territory, Missouri en Arkansas terug te winnen van de Confederatie. Riley, Leavenworth en Scott werden voor andere doeleinden gebruikt. Op sommige momenten hielden ze alle drie een aantal geconfedereerde gevangenen vast. Leavenworth werd gebruikt om gevangen genomen Confederaten om te vormen tot “gegalvaniseerde Yankees.”
De gegalvaniseerde Yankees waren gevangenen van de Confederatie die werden georganiseerd in nieuwe compagnieën van de Unie die werden gebruikt om grensforten diep in door Indianen doorkruiste gebieden te bemannen. Zij werden nooit gebruikt om te vechten tegen medegeconfedereerden, omdat zij misschien weigerden te vechten tegen hun vroegere bondgenoten. De meeste “Galvanized Yankees” meldden zich waarschijnlijk bij dergelijke eenheden om te ontsnappen aan de erbarmelijke omstandigheden in de gevangenkampen.
Deze “gereformeerde” Confederaten werden door andere Unie-soldaten veracht, omdat die dachten dat deze mannen zich eerst als verraders van de Unie hadden bewezen en vervolgens waren ze verraders van de Confederatie geworden. Zo werden ze gezien als dubbele verraders zonder verlossende kwaliteiten. Bovendien konden de gerecanoniseerde Yankees geen respect verwachten in het zuiden voor hun toetreding tot het leger van de Unie. Het was geen wonder dat zij, eenmaal ingezet, in groten getale deserteerden.
Fort Zarah en Fort Larned hadden een tijdlang garnizoenen met grote aantallen van deze voormalige Geconfedereerde gevangenen. De reden waarom de Unie haar toevlucht nam tot het uitrusten van Geconfedereerde gevangenen was dat het leger weinig manschappen kon missen om paden en kolonisten te beschermen.
Toevallig werden de meeste forten die door het leger werden gesticht soms volledig bemand door vrijwilligers of milities die waren opgekomen om tegen de Geconfedereerden te vechten. Andere functies die aan de forten van het leger werden gegeven waren onder andere het dienen als postkantoor en het worden van hoofdkwartier voor Indiaanse agentschappen. Eén fort, Fort Lincoln, werd een tijdlang gebruikt als gevangenis voor gevangen genomen Confederalen.
Toen de Burgeroorlog begon, stichtten veel gemeenschappen forten, de meeste gebouwd van boomstammen. Sommige van deze forten hadden unieke taken. In Humboldt was een fort een versterkte molen en een ander een versterkte winkel voor droge goederen. Fort Drinkwater diende als postkantoor en Fort Montgomery (Eureka) diende als schoolgebouw.
De sterkte van de militaire en gemeenschapsforten varieerde sterk. Verrassend genoeg waren sommige forten die door gemeenschappen waren gebouwd aanzienlijk beter te verdedigen dan sommige forten die door het leger waren gebouwd. Een paar van de sterkste forten werden echter door het leger gebouwd. Fort Sully, gebouwd met uitzicht op Fort Leavenworth, werd gebouwd op een locatie waardoor het praktisch onneembaar was. Camp Ben Butler, bij Baxter Springs, lag ook op een praktisch onneembare plaats.
Tot de zwakkere forten behoorde Fort Larned, dat oorspronkelijk voornamelijk uit adobe was opgetrokken. Typisch is dat veel militaire forten begonnen als groepjes gebouwen en met zoden bedekte schuilholen die moeilijk te verdedigen zouden zijn geweest als ze op grote schaal waren aangevallen. De forten Dodge en Zarah begonnen ook als zwakke forten. Zarah werd uiteindelijk omgevormd tot een van de sterkste forten van de staat.
Drie gebeurtenissen zorgden ervoor dat Kansas snel meer forten en posten bouwde na het uitbreken van de Burgeroorlog. Een daarvan was een mislukte poging van het leger om Oost-Kansas te bevrijden van guerrilla-aanvallen van de Confederatie. Twee keer, in 1861 en 1862, trokken reguliere Confederale troepen Zuidoost-Kansas binnen. Ook organiseerden geconfedereerde Indiaanse troepen onder Lt. Kol. John Jumper in mei 1862 de inname van Fort Larned in zuidwest Kansas. De Indianen verloren hun interesse in de onderneming en bereikten het fort nooit. De belangrijkste zorg van het leger was echter de bescherming van Kansas tegen guerrillabendes die de bewoners aan weerszijden van de grens tussen Kansas en Missouri terroriseerden.
Op 13 maart 1863 werd kolonel Thomas Ewing jr. bevorderd tot brigadegeneraal en kreeg hij het bevel over het Grensdistrict, dat geheel Kansas omvatte, alsmede delen van andere rechtsgebieden. Ewing was onder meer verantwoordelijk voor het beschermen van de grens tegen guerrilla-aanvallen. Om dit te bereiken besloot Ewing legerposten op te richten langs de grens tussen Kansas en Missouri, van de Missouri-rivier in het noorden tot de grens met Indian Territory in het zuiden. Hij wilde genoeg posten, zodat ze niet verder dan tien mijl uit elkaar zouden liggen. Nieuwe posten zoals Coldwater Grove, Potosi en een serie posten bij Baxter Springs werden gebouwd.
Tegen de zomer van 1863 werd aangenomen dat de reeks posten langs de grens een einde zou maken aan de guerrilla-plunderingen in Kansas. Er vonden echter een aantal kleine overvallen plaats, waarvan één in het westen bij Council Grove. De guerrilla’s wisten de troepen van het leger te ontlopen, waarvan velen te onervaren waren voor hun patrouilletaken. Bovendien beschikten de troepen van de Unie vaak over paarden en wapens van een mindere kwaliteit dan die van de guerrillastrijders. Tenslotte waren enkele Unie officieren onder Ewing’s commando ronduit incompetent.
Niettemin heerste er een vals gevoel van veiligheid. Lawrence, bijvoorbeeld, nam zelfs een verordening aan die haar inwoners verbood vuurwapens binnen de stadsgrenzen te bezitten. Alle wapens en munitie moesten worden opgesloten in het wapenarsenaal van de stad. Zelfs de rekruten in twee kampen in de stad hadden geen munitie en de commandant van het troepenpeloton van Lawrence moest zijn sidearms in de wapenkamer bewaren.
Dit valse gevoel van veiligheid werd op een warme en zonnige augustusdag plotseling doorbroken. In de namiddag van 20 augustus reden guerrillacommandant William C. Quantrill en bijna 450 volgelingen Kansas binnen en gingen op weg naar Lawrence. Verrassend genoeg ontdekten een aantal mensen de bewegingen van Quantrill en het garnizoen in Aubry, net ten westen van de grens met Missouri, zag de guerrilla’s vlak langs hun post passeren. De postcommandant nam niet eens de moeite om te proberen de passerende troepenmacht te identificeren.
De volgende ochtend stormden Quantrill’s mannen een weerloos Lawrence binnen en begingen een van de ergste wreedheden van de Burgeroorlog. Een groot deel van Lawrence werd geplunderd en verbrand. Ongeveer 180 mannen en jongens, bijna allemaal weerloos, werden doodgeschoten. Ongeveer 6.000 soldaten van de Unie en militieleden uit Kansas en Missouri probeerden de guerrillastrijders gevangen te nemen of te vernietigen, maar vrijwel alle guerrillastrijders wisten te ontkomen. De terugtrekkende guerrilla’s overrompelden zelfs tijdelijk de post bij Paola tijdens hun haastige aftocht.
Ewing reageerde met het uitvaardigen van General Orders No. 11, dat de virtuele ontvolking beval van een groot gebied aan de Missouri kant van de grens. Een deel van het idee was om de guerrilla’s een uitvalsbasis te ontnemen. De guerrilla-aanvallen gingen echter onverminderd door en veel onschuldige Missourianen werden gestraft door Ewing’s decreet.
Quantrill viel zelfs Fort Blair (Fort Baxter) aan, in het huidige Baxter Springs, op 6 oktober. Hoewel het fort met succes werd verdedigd, werden 91 soldaten van de Unie en medewerkers van het leger gedood en raakten er ongeveer 25 gewond. Naar schatting drie tot 30 guerrilla’s werden gedood en minstens drie raakten gewond. Veel van de Unie troepen die die dag stierven gaven zich over aan Quantrill’s mannen, die hen vervolgens vermoordden in een van de ergste gruweldaden van de oorlog.
Toevallig bleven de meeste van de door Ewing opgerichte posten, ondanks het falen om de guerrilla-invallen te stoppen. Ze zorgden voor enige afschrikking. Zonder hen zouden er waarschijnlijk meer raids zijn uitgevoerd.
In 1864 leidden toegenomen confrontaties met Indianen tot de bouw van nieuwe gemeenschaps- en legerforten. Blijkbaar werden er in maart 1864 veel raden gehouden onder de Indianenstammen met als onderwerp pogingen om blanken uit door Indianen bezette gebieden te houden. Tegen het eind van de lente begonnen Plains Indianen blanke nederzettingen en reizigers in het westelijke tweederde deel van Kansas aan te vallen in een poging de blanken te verdrijven.
Een van de gevolgen was het optreden van overvallen om paarden uit Fort Larned en Fort Ellsworth in beslag te nemen. Omdat alle troepen die gespaard konden worden naar de strijd tegen de Confederalen werden gestuurd, werden verzinkte Yankee eenheden gebruikt om sommige garnizoenen te versterken. Sommige kolonistenforten werden gebruikt om gemeenschappen te beschermen tegen aanvallen van indianen. Een aantal nieuwe legerposten en gemeenschapsforten werden gebouwd om gebieden tegen vijandige Indianen te beschermen. Het westelijke tweederde deel van Kansas werd de volgende winter belegerd.
In de herfst van 1864 werd majoor-generaal Sterling Price, een voormalig gouverneur van Missouri, gekozen om een confederale invasie te leiden (Price’s Missouri Raid) om St. Louis in te nemen en Illinois binnen te vallen. Deze invasie begon op 28 augustus, toen Price met 12.000 slecht uitgeruste troepen in het zuidwesten van Arkansas begon. Hij verwachtte St. Louis te veroveren en te behouden. Toen hij daar geconfronteerd werd met 6.000 Unie troepen, veranderde Price zijn plannen. Hij besloot in plaats daarvan Missouri terug te veroveren voor de Confederatie.
Price werd voortdurend geconfronteerd met Federale troepen of Missouri state milities en was niet in staat om permanent enig gebied te bezetten. Zijn invasie veranderde in een veredelde overval, omdat hij afgesneden was van de Confederale steun in Arkansas en Texas. Maar toen Price vanuit St. Louis westwaarts trok, werden de autoriteiten van Kansas ongerust. Tegen half oktober naderde Price Kansas City.
De dreiging van Price veroorzaakte een reactie die de status van veel forten en posten in oost Kansas veranderde. Veel plaatsen stuurden troepen om de Confederalen tegemoet te komen. Een aantal kleine legerposten werd ontruimd of gereduceerd tot kleine garnizoenen, zodat zoveel mogelijk soldaten het hoofd konden bieden aan Price’s mannen. Nieuwe forten werden opgericht om Fort Leavenworth, Lawrence en Topeka (de hoofdstad van de staat) te helpen verdedigen tegen de Geconfedereerden.
De dreiging voor Oost-Kansas was zeer reëel. Price merkte op dat hij in Fort Leavenworth wilde dineren, een aanwijzing dat hij hoopte die belangrijke post te kunnen veroveren. Price bleef oprukken naar het westen, maar werd beslissend verslagen op 23 oktober in de Slag bij Westport. Westport lag net ten zuidoosten van Kansas City. Deze nederlaag maakte een einde aan de opmars van de Confederatie en dwong de invallers tot een snelle terugtocht naar veilig gebied.
Deze terugtocht liep langs de grens tussen Kansas en Missouri en de aanwezigheid van zoveel Confederaten verstoorde de linie van posten die door Ewing was opgezet. Op weg naar het zuiden werden een aantal posten bedreigd en de legerposten bij Trading Post en Potosi werden kort bezet door mannen van Price. Op 25 oktober werden de Geconfedereerden opnieuw verslagen in de Slag bij Mine Creek. Mine Creek was in de buurt van Mound City, de plaats van een andere belangrijke post.
Op de dag van de slag werd de oude post van Fort Lincoln door de Confederaten verwoest. Na de stad en de post van Fort Scott te hebben bedreigd, verlieten de troepen van Price het gebied. Verscheidene van de posten die door de Federalen tijdens Price’s inval waren verlaten, werden niet heropend. Bij de gevechten vielen aan beide zijden veel gewonden en velen van hen werden naar Mound City en Fort Leavenworth gebracht.
Met het einde van Price’s inval nam de guerrilla activiteit langs de grens af. Ze verdwenen nooit helemaal tot ongeveer een jaar na de overgave van Generaal Robert E. Lee in Virginia in april 1865. Pas toen sloten de meeste gemeenschaps- en legerposten, omdat ze niet langer nodig waren.