Onder de prins-bisschoppen
In 1516 vond er een verandering plaats in de grondwet van Montenegro die volgens veel historici het voortbestaan van het land als onafhankelijke staat heeft veiliggesteld. De laatste van de Crnojević-dynastie trok zich terug in Venetië en droeg de opvolging over aan de bisschoppen van Cetinje. Voorheen was de loyaliteit van kleine stamhoofden en van de boeren aan hun heersers onstabiel geweest. Het was niet ongebruikelijk dat de politieke controle in de gehele Balkan van de Slavische heersers overging op de Osmaanse Turken, niet omdat de eersten in de strijd verslagen waren, maar omdat de plaatselijke magnaten er niet in slaagden de steun van hun onderdanen te verwerven. In Montenegro bracht de positie van vladika, zoals de prins-bisschop werd genoemd, stabiliteit in de leiding van het gebied. De band tussen kerk en staat verhief het in de ogen van de boeren, institutionaliseerde een vorm van opvolging, en sloot de mogelijkheid van compromitterende allianties met de Turken uit.
Niettemin was dit een moeilijke periode voor het kleine, toen nog niet aan zee grenzende Montenegro, dat bijna voortdurend in oorlog was met het Ottomaanse Rijk. Cetinje zelf werd veroverd in 1623, in 1687, en opnieuw in 1712. Drie factoren verklaren waarom de Osmanen er niet in slaagden het volledig te onderwerpen: de koppige weerstand van de bevolking, het onherbergzame karakter van het terrein (waar gezegd werd dat “een klein leger verslagen wordt, een groot leger sterft van de honger”), en het handig gebruik van diplomatieke banden met Venetië.
Van 1519 tot 1696 was de positie van vladika electief, maar in het laatste jaar werd Danilo Nikola Petrović in de positie gekozen (als Danilo I) met de nieuwe bepaling dat hij zijn eigen opvolger kon benoemen. Hoewel het Oosters-orthodoxe geestelijken in het algemeen is toegestaan te trouwen, zijn bisschoppen verplicht celibatair te zijn; daarom gaf Danilo zijn ambt door aan zijn neef, waarmee hij een traditie in het leven riep die tot 1852 standhield.
Tijdens Danilo’s bewind deden zich in de bredere Europese context voor Montenegro twee belangrijke veranderingen voor: de uitbreiding van het Ottomaanse grondgebied werd geleidelijk teruggedraaid, en Montenegro vond in Rusland een machtige nieuwe beschermheer ter vervanging van het kwijnende Venetië. Het wegebben van het Ottomaanse getij bleek belangrijk voor de Montenegrijnse religieuze identiteit, die gedurende de gehele 18e eeuw bijzonder instabiel lijkt te zijn geweest. Ondanks de vestiging van een orthodox theocratisch bewind en de apocriefe massaslachting van degenen die zich tot de islam hadden bekeerd (de “Montenegrijnse vespers” op kerstavond 1702), zijn er betwiste bewijzen dat Montenegrijnse afstammingen op een zeer soepele wijze verschoven, niet alleen tussen het rooms-katholieke en het moslimgeloof, maar ook tussen de Montenegrijnse en de Albanese identiteit. Het lijkt erop dat, gezien de onzekerheid over wie de macht in de regio in handen had, diversiteit vaak werd beschouwd als een soort collectieve verzekeringspolis. De orthodoxe identiteit van Montenegro stabiliseerde zich echter geleidelijk, naarmate de Ottomaanse macht afnam. Het rooms-katholicisme behield zijn positie in het gebied, en pas in de moderne tijd identificeerden de Montenegrijnse katholieken zich als Kroaten.
De vervanging van Venetië door Russisch beschermheerschap was vooral van belang, omdat dit financiële hulp opleverde (nadat Danilo I in 1715 Peter de Grote had bezocht), bescheiden territoriale winst, en formele erkenning in 1799 door het Ottomaanse Porte van Montenegro’s onafhankelijkheid als staat onder de vladika Petar Petrović Njegoš (Peter I). Russische steun op het Congres van Wenen in 1815, na de definitieve nederlaag van de Franse keizer Napoleon I, slaagde er niet in Montenegro een uitweg naar zee te verzekeren, hoewel de Montenegrijnen hadden deelgenomen aan de verovering van de Golf van Kotor op Franse troepen in 1806.