Door het verhaal te vertellen van het onvermogen van een fataal besluiteloos personage om de juiste koers te kiezen om de dood van zijn vader te wreken, verkent Hamlet vragen over het lot versus de vrije wil, of het beter is om besluitvaardig te handelen of de natuur zijn gang te laten gaan, en uiteindelijk of wat we ook doen in onze tijd op aarde enig verschil maakt. Zodra hij hoort dat zijn oom zijn vader heeft vermoord, voelt Hamlet zich verplicht om besluitvaardig op te treden, maar hij heeft zoveel twijfels over zijn situatie en zelfs over zijn eigen gevoelens dat hij niet kan beslissen welke actie hij moet ondernemen. Het conflict dat de plot van Hamlet stuurt is bijna geheel intern: Hamlet worstelt met zijn eigen twijfel en onzekerheid op zoek naar iets waar hij sterk genoeg in gelooft om naar te handelen. De gebeurtenissen in het stuk zijn neveneffecten van deze interne strijd. Hamlets pogingen om meer bewijs voor Claudius’ schuld te verzamelen maken Claudius attent op Hamlets verdenkingen, en naarmate Hamlets interne strijd zich verdiept, begint hij uit frustratie impulsief te handelen, waarbij hij uiteindelijk Polonius per ongeluk vermoordt. Het conflict van Hamlet wordt nooit opgelost: Hamlet kan uiteindelijk niet beslissen wat te geloven of welke actie te ondernemen. Dit gebrek aan oplossing maakt het einde van Hamlet bijzonder huiveringwekkend: bijna alle personages zijn dood, maar er is niets opgelost.
De expositie van het stuk laat ons zien dat Hamlet zich midden in drie crises bevindt: zijn natie wordt aangevallen, zijn familie valt uiteen, en hij voelt zich diep ongelukkig. De geest van de oude koning van Denemarken verschijnt op de kantelen van het kasteel, en de soldaten die het zien geloven dat het een slecht voorteken voor het koninkrijk moet zijn. Ze bespreken de voorbereidingen die worden getroffen tegen de dreiging van de Noorse prins, Fortinbras. De volgende scène verdiept ons gevoel dat Denemarken in een politieke crisis verkeert, want Claudius bereidt een diplomatieke strategie voor om de dreiging van Fortinbras af te wenden. We leren ook dat Hamlet’s familie in een crisis verkeert: zijn vader is dood en zijn moeder is getrouwd met iemand die Hamlet afkeurt. Hamlet maakt ook een interne crisis door. Gertrude en Claudius maken zich zorgen over zijn humeur, en in zijn eerste soliloquy ontdekken we dat hij zich suïcidaal voelt: “Och, dat ook dit, ook bezoedeld vlees zou smelten” (I.ii.).
De drie crises in de opening van het stuk – in het koninkrijk, in Hamlets familie en in Hamlets hoofd – leggen de basis voor het ophitsende incident van het stuk: de eis van de geest dat Hamlet zijn vaders dood wreekt. Hamlet aanvaardt meteen dat het zijn plicht is om wraak te nemen, en het publiek kan ook zien dat Hamlets wraak de drie crisissen van het stuk zou helpen oplossen. Door Claudius te doden kan Hamlet in één klap een zwakke en immorele koning uit de weg ruimen, zijn moeder bevrijden uit wat hij als een slecht huwelijk beschouwt, en zichzelf koning van Denemarken maken. Tijdens het incident zijn er echter aanwijzingen dat Hamlet’s wraak zal ontsporen door een interne strijd. De geest waarschuwt hem: “Bezoedel uw geest niet en laat uw ziel niets tegen uw moeder uitrichten” (I.v.). Wanneer Horatio en Marcellus Hamlet inhalen na het vertrek van de Geest, praat Hamlet al op zo’n gestoorde manier dat Horatio het beschrijft als “wild en wervelend” (I.v.), en Hamlet vertelt hen dat hij een “antieke inborst” kan veinzen (I.v.). Het publiek begrijpt dat het komende conflict niet tussen Hamlet en Claudius zal zijn, maar tussen Hamlet en zijn eigen geest.
Tijdens de hele tweede akte – de stijgende actie van het stuk – stelt Hamlet zijn wraak uit door te doen alsof hij gek is. Van Ophelia vernemen we dat Hamlet zich gedraagt alsof hij gek is van liefde voor haar. We zien hem de draak steken met Polonius door onzin uit te kramen die halfverborgen grappen bevat ten koste van Polonius. Hamlet vertelt Rosencrantz en Guildenstern dat hij “alle vrolijkheid verloren heeft” (II.ii.). Pas aan het einde van akte 2 leren we de reden van Hamlets vertragingstactiek kennen: hij kan zijn ware gevoelens over zijn plicht om wraak te nemen niet te boven komen. Ten eerste, vertelt hij ons, voelt hij zich niet zo boos en wraakzuchtig als hij denkt dat hij zou moeten: “Ik pieker als John-a-dreams, niet zwanger van mijn zaak” (II.ii.). Ten tweede maakt hij zich zorgen dat de geest niet echt een geest was, maar een duivel die hem voor de gek probeerde te houden. Hij besluit dat hij meer bewijs nodig heeft voor Claudius’ misdaad: “I’ll have grounds/More relative than this” (II.ii.).
Naarmate de actie naar een climax stijgt, verdiept Hamlet’s interne strijd zich tot hij tekenen begint te vertonen dat hij werkelijk gek wordt. Tegelijkertijd wordt Claudius achterdochtig ten opzichte van Hamlet, wat een externe druk op Hamlet creëert om te handelen. Hamlet begint de derde akte met de vraag of hij zichzelf al dan niet zal doden: “To be or not to be-that is the question” (III.i.), en even later scheldt hij Ophelia uit voor vrouwenhaat. Hij is vooral boos over de rol van de vrouw in het huwelijk en bij de bevalling: “Waarom zoudt gij een voortbrenger van zondaars zijn? (III.i.)-wat het publiek doet denken aan Hamlet’s eerdere afkeer van zijn eigen moeder en haar tweede huwelijk. De verontrustende ontwikkeling van Hamlets vrouwenhatende gevoelens doet ons afvragen in hoeverre Hamlets verlangen om Claudius te doden wordt gevoed door de behoefte om zijn vaders dood te wreken, en in hoeverre dit verlangen wordt gevoed door Hamlets wrok tegen Claudius omdat hij zijn moeder van hem heeft afgenomen. Claudius, die Hamlets tirade afluistert, vermoedt dat Hamlets waanzin “enig gevaar” inhoudt (III.i.) en besluit Hamlet weg te laten sturen: Hamlet heeft niet veel tijd meer om wraak te nemen.
De climax van het stuk komt wanneer Hamlet een toneelstuk opvoert om “het geweten van de koning te vangen” (II.ii.) en overtuigend bewijs van Claudius’ schuld te krijgen. Maar nu lijkt Hamlet echt gek geworden te zijn. Zijn eigen gedrag tijdens het toneelstuk is zo provocerend dat wanneer Claudius slecht op het stuk reageert het onduidelijk is of hij zich schuldig voelt over zijn misdaad of kwaad op Hamlet. Terwijl Claudius probeert te bidden, krijgt Hamlet nog een kans om zijn wraak te nemen, en we leren dat Hamlet’s klaarblijkelijke waanzin geen einde heeft gemaakt aan zijn interne strijd over wat te doen: hij besluit Claudius voorlopig niet te doden, ditmaal vanwege het risico dat Claudius naar de hemel zal gaan als hij sterft terwijl hij bidt. Hamlet beschuldigt Gertrude ervan betrokken te zijn bij de dood van zijn vader, maar hij gedraagt zich zo grillig dat Gertrude denkt dat haar zoon gewoon “gek is als de zee en de wind/Wanneer zij elk voor zich uitmaken wie machtiger is” (III.iv). Nogmaals, het publiek kan niet weten of Gertrude deze zinnen zegt als dekmantel voor haar eigen schuldgevoel, of omdat ze werkelijk geen idee heeft waar Hamlet het over heeft, en denkt dat haar zoon zijn verstand aan het verliezen is. Impulsief of waanzinnig handelend, verwart Hamlet Polonius met Claudius en doodt hem.
De dalende actie van het stuk gaat over de gevolgen van Polonius’ dood. Hamlet wordt weggestuurd, Ophelia wordt gek en Laertes keert terug uit Frankrijk om de dood van zijn vader te wreken. Wanneer Hamlet terugkeert naar Elsinore, lijkt hij niet langer bezig te zijn met wraak, waarover hij het na dit punt in het stuk nauwelijks meer heeft. Zijn interne strijd is echter nog niet voorbij. Nu overdenkt Hamlet de dood, maar hij is niet in staat tot een conclusie te komen over de betekenis of het doel van de dood, of zich neer te leggen bij zijn eigen dood. Hij is echter minder preuts over het doden van onschuldige mensen, en vertelt Horatio hoe hij de doodvonnissen van Rosencranz en Guildenstern ondertekende om zijn eigen leven te redden. Claudius en Laertes beramen een plan om Hamlet te doden, maar het plan loopt mis. Gertrude wordt per vergissing vergiftigd, Laertes en Hamlet worden beiden vergiftigd, en als hij sterft vermoordt Hamlet uiteindelijk Claudius. Het nemen van zijn wraak beëindigt Hamlet’s interne strijd niet. Hij heeft nog veel te zeggen: “Als ik tijd had O zou ik het je kunnen vertellen- / Maar laat het zijn” (V.ii.) en hij vraagt Horatio om zijn verhaal te vertellen als hij dood is. In de laatste momenten van het stuk stemt de nieuwe koning, Fortinbras, in met dit verzoek: “Laten we ons haasten om het te horen” (V.ii.). Het leven van Hamlet is voorbij, maar de strijd om de waarheid over Hamlet en zijn leven te bepalen niet.