Als een orgaan zoals een nier ziek wordt, is een van de mogelijkheden de transplantatie van een nieuwe nier, in de hoop de patiënt te genezen. Op soortgelijke wijze, maar op kleinere schaal, zouden stamcellen kunnen worden gebruikt om niet het hele orgaan te vervangen, maar zieke of afstervende cellen in zieke weefsels. In beide gevallen zullen de immuuncellen van de patiënt echter herkennen dat de getransplanteerde cellen of weefsels niet bij de ontvangende patiënt horen: ze zijn niet “van zichzelf”, en het immuunsysteem zal een reactie in gang zetten om de lichaamsvreemde cellen af te stoten, tenzij dit met specifieke medicijnen wordt onderdrukt. De herkenning van het “eigen” immuunsysteem gebeurt door een groot aantal genen die coderen voor menselijke leukocytenantigenen (HLA)-eiwitten, die op alle lichaamscellen aanwezig zijn. Indien stamcellen zouden kunnen worden gegenereerd die hetzelfde desoxyribonucleïnezuur (DNA) hebben als dat van een patiënt, zou dit behandeling met cel- of weefseltransplantatie mogelijk maken zonder de noodzaak van immuunsuppressie met alle bijwerkingen van dien, aangezien de getransplanteerde cellen genetisch identiek zouden zijn aan de patiënt. Stamcellen die op hun oppervlak HLA-eiwitten tot expressie brengen die identiek zijn aan die welke door de patiënt tot expressie worden gebracht, zouden in theorie door het immuunsysteem van de patiënt als “eigen” worden herkend en derhalve niet worden afgestoten.