Het heeft veel wisselvalligheden gekend na de verdrijving van de Jezuïeten, eerst op bevel van Karel III van Spanje in 1767, en vervolgens in de jaren 1850 en 1861, tijdens de eerste jaren van het republikeinse tijdperk. Gedurende vele jaren diende het als park voor de aangrenzende kazerne, die een deel van de huis-school van de Compagnie van Jezus in beslag nam.

De architectuur ervan komt overeen met de stijl die “Jezuïtisch” wordt genoemd, van het type dat “van prediking” wordt genoemd. Een groot deel van de voorgevel is gehouwen in steen van het eiland Tierrabomba, en binnen, op de bodem van het marmeren hoofdaltaar, geïmporteerd uit Italië door bisschop Eugenio Biffi, liggen de relikwieën van de eigenaar in een gouden bronzen en glazen urn, geschenk van Paus Leo XIII.

In 1921 werd de typische oranje helft verwijderd en de huidige koepel, het werk van Lelarge, werd opgericht. De voorzijde van de kerk wijkt af van de barokke stijl van andere ingangen. Er is een tweede verdieping boven de kapellen, die onderling verbonden zijn door bogen van halve punt en overdekt met arista gewelven. Deze kerk heeft een orgel en een koor, gelijkend op die van de Archbasiliek van St. John Lateran in Rome.

Het interieur van de kerk van de Compagnie onderscheidt zich door de strengheid van de architectonische elementen, in tegenstelling tot de barokke overdaad die de Jezuïeten in andere delen van Spaans Amerika gebruikten. De voorgevel wordt beschouwd als de rijkste en meest monumentale van Cartagena.