PeptideProphetTM
PeptideProphetTM valideert automatisch peptidetoewijzingen aan MS/MS-spectra die door databasezoekprogramma’s zoals SEQUEST zijn gemaakt. Van elke dataset leert het verdelingen van zoekscores en peptide-eigenschappen onder juiste en onjuiste peptiden, en gebruikt die verdelingen om voor elk resultaat een waarschijnlijkheid te berekenen dat het juist is. Relevante peptide-eigenschappen zijn het aantal termini dat compatibel is met enzymsplitsing (voor onbeperkte zoekacties), het aantal gemiste enzymsplitsingen, het massaverschil ten opzichte van het precursorion, de aanwezigheid van licht of zwaar cysteïne (voor ICAT-experimenten), en de aanwezigheid van een N-glycosyleringsmotief (voor N-glycosyleringscaptatie-experimenten). PeptideProphet kan worden gebruikt als een tweede stap na de analyse van MS/MS spectra gegenereerd door elk type massaspectrometer, en toegewezen peptiden met behulp van een willekeurig aantal database zoekprogramma’s.
Deze software is ontwikkeld aan het Institute for Systems Biology in Seattle en wordt beschreven in Analytical Chemistry 2002, 74, 5383-5392.
Typisch wordt de PeptideProphet-analyse gevolgd door ProteinProphet, dat peptiden groepeert aan de hand van hun overeenkomstige eiwit(sen) om de waarschijnlijkheid te berekenen dat die eiwitten in het oorspronkelijke monster aanwezig waren.
PeptideProphet is één onderdeel van de open source LC/MS/MS-analysepijplijn die aan het ISB is ontwikkeld
Andere onderdelen zijn:
Waarom open source?
- Open source-software biedt u een flexibiliteit die niet kan worden geëvenaard door enige software met een eigen broncode.
- Open source-software geeft u volledig inzicht in de manier waarop uw gegevens worden verwerkt.
- Open source-software is waarschijnlijk de meest democratische manier om een algemeen aanvaarde standaard voor gegevensanalyse tot stand te brengen.
Hoe kan ik helpen?
Er zijn vele manieren waarop u ons kunt helpen en u hoeft geen massaspectrometrist of programmeur te zijn om dit te kunnen doen.De eenvoudigste manier om ons te helpen is door ons feedback te geven over onze tools! Laat het ons weten als iets niet werkt, als een verandering aan een bepaald gereedschap het nuttiger zou maken, als er een nuttig gereedschap of functie is die ontbreekt, enz. Als u denkt dat u gekwalificeerd bent om ons op meer specifieke manieren te helpen, schrijf ons dan! We zouden graag je naam toevoegen aan de ontwikkelaars sectie 🙂