Analyse van het metaboloom met dekking van alle mogelijk detecteerbare componenten in het monster, in plaats van analyse van elke afzonderlijke metaboliet op een bepaald moment, kan worden bereikt door metabole analyse. Gerichte en/of niet-gerichte benaderingen worden toegepast zoals nodig voor specifieke experimenten. Het monitoren van honderden of meer metabolieten op een bepaald tijdstip vereist high-throughput en high-end technieken die het mogelijk maken te screenen op relatieve veranderingen in, in plaats van absolute concentraties van, verbindingen binnen een breed dynamisch bereik. De meeste voor deze doeleinden bruikbare analysetechnieken maken gebruik van GC- of HPLC/UPLC-scheidingsmodules, gekoppeld aan een snelle en nauwkeurige massaspectrometer. GC-scheidingen vereisen chemische modificatie (derivatisering) vóór de analyse, en werken efficiënt voor de kleine moleculen. HPLC-scheidingen zijn beter geschikt voor de analyse van labiele en niet-vluchtige polaire en apolaire verbindingen in hun natieve vorm. Directe infusie en op NMR gebaseerde technieken worden meestal gebruikt voor fingerprinting en snap fenotyping, indien van toepassing. Ontdekking en validatie van metabole biomarkers zijn opwindende en veelbelovende mogelijkheden die worden geboden door metabole analyse toegepast op biologische en biomedische experimenten. We hebben aangetoond dat GC-TOF-MS, HPLC/UPLC-RP-MS en HILIC-LC-MS-technieken die worden gebruikt voor metabole analyse voldoende metabolome mapping bieden, waardoor onderzoekers betrouwbare gegevens krijgen voor daaropvolgende multivariate analyse en datamining.