Shah Jahan (ook bekend als prins Khurram) werd geboren op 5 januari bilal rehman1592 in Lahore, Pakistan, en was de derde zoon van prins Salim (later bekend als ‘Jahangir’ bij zijn toetreding). Zijn moeder was een Rajput prinses uit Marwar genaamd Prinses Jagat Gosaini (haar officiële naam in de Mughal kronieken was Bilqis Makani). De naam “Khurram” (vreugdevol) werd voor de jonge prins gekozen door zijn grootvader, keizer Akbar, met wie de jonge prins een nauwe band had.

Nadat Sjah Jahan geboren was, had een waarzegger naar verluidt aan de kinderloze keizerin Ruqaiya Sultan Begum, Akbars eerste vrouw en voornaamste gemalin, voorspeld dat het nog ongeboren kind voorbestemd was voor keizerlijke grootheid. Toen Sjah Jahan dus in 1592 werd geboren en slechts zes dagen oud was, beval Akbar dat de prins bij zijn moeder werd weggehaald en aan Ruqaiya werd overgedragen, zodat hij onder haar hoede kon opgroeien en Akbar de wens van zijn vrouw kon vervullen om een Mughal-keizer groot te brengen. Ruqaiya nam de hoofdverantwoordelijkheid voor de opvoeding van Shah Jahan op zich en hij groeide onder haar hoede op. De twee hadden een hechte band met elkaar, zoals Salim in zijn memoires opmerkte dat Ruqaiya van zijn zoon had gehouden, “duizend maal meer dan wanneer hij haar eigen zoon was geweest.”

Shah Jahan bleef bij haar tot hij bijna 14 jaar was geworden. Na de dood van Akbar in 1605 mocht de jonge prins terugkeren naar het huishouden van zijn vader, en zo dichter bij zijn biologische moeder zijn.