Al inicio de las Guerras Macedonias en el año 214 a.C., Filipo V de Macedonia realizó varios movimientos de agresión contra los aliados romanos. Además, Macedón parecía ser una amenaza ya que optó por aliarse con Cartago durante las guerras púnicas. Sin embargo, Roma, al tener que enfrentarse a Aníbal en su propia península, envió algunas tropas al otro lado del Adriático, pero no pudo hacer frente a la situación. Sin embargo, muchas ciudades y estados griegos, que despreciaban el dominio macedonio, formaron la Liga Etolia y se aliaron con los romanos. La guerra no tuvo grandes enfrentamientos con los romanos, y terminó de forma indecisa con tratados de armisticio entre la Liga Etolia y Macedón en el 205 a.C.

Sin embargo, después de la Segunda Guerra Púnica, Pérgamo y Rodas pidieron apoyo a Roma debido a sus temores por la supuesta alianza de Filipo V con Antíoco III del Imperio Seléucida. Roma envió un ejército al mando de Quinctius Flamininus para enfrentarse a los macedonios, y se dirigió con sus aliados de la Liga Etolia a Larisa en busca de Filipo. Los ejércitos se encontraron cerca de Pherae, con Filipo y sus aliados al mando de unos 25.000 soldados frente a los 33.000 de Flaminimus. La batalla tuvo lugar en Cynoscephalae, un grupo de crestas con forma de cabeza de perro.

Felipe envió una fuerza de avance para tomar las colinas, mientras que Flaminio, sin conocer la posición de Filipo, envió parte de su caballería e infantería ligera como exploradores. Estos fueron atacados por la avanzadilla de Filipo. Filipo envió su caballería, que fue capaz de hacer descender a los romanos por la colina, hasta que su infantería pesada se enfrentó a la fuerza macedonia y la hizo retroceder. En ese momento, el ejército de Filipo había comenzado a desplegarse en la cima de la colina, y ordenó a la falange, que había llegado a la cima de la colina, que doblara su profundidad. Filipo formó su ejército en el ala derecha, enviándolo a la carga. Aprovechando el peso de su formación y el terreno elevado, los macedonios fueron capaces de hacer retroceder a los romanos.

Viendo que su izquierda estaba siendo presionada por la falange, Flamininus tomó el mando de su derecha. Observando que los falangitas macedonios de la izquierda acababan de llegar a la colina y estaban inactivos, ordenó a sus legiones, dirigidas por elefantes, que atacaran. Con Filipo a su derecha, los macedonios estaban sin líder y también eran vulnerables por la naturaleza del terreno escarpado. Rompieron bajo la carga de los elefantes, sin haber formado siquiera su falange. Al romper la izquierda macedonia, un tribuno tomó 20 manípulos de la derecha que estaban en la persecución, giró sus formaciones y golpeó la derecha macedonia en la retaguardia. Con la falange incapaz de girar rápidamente, muchos macedonios murieron, y otros, a su vez, arrojaron las armas en señal de rendición.

Según Polibio, Filipo huyó entonces y se retiró hacia Tempe. Las pérdidas, según Polibio, fueron de 700 bajas romanas y 8.000 macedonias. Sin embargo, muchos piensan que esta disparidad es ligeramente exagerada, siendo las cifras reales más cercanas a 5.000 macedonios y 2.000 romanos.

Tras su derrota a manos de los romanos, Filipo firmó el Tratado de Tempea, que le prohibía inmiscuirse en los asuntos de la baja Grecia o fuera de sus fronteras.

Hasta las Cinoscéfalas, la falange macedonia había sido considerada la fuerza superior del mundo clásico. ¿Cómo, entonces, pudieron los romanos derrotarla? Polibio comparte con nosotros sus ideas al respecto. La falange macedonia, dispuesta a dieciséis metros de profundidad en orden cerrado, es casi imparable cuando se une como un ataque frontal. Sin embargo, esta formación requiere unas circunstancias muy específicas de terreno sin obstáculos y nivelado en la naturaleza. Además, cuando se persigue a un enemigo o se le hace retroceder, esta formación tiende a tener rupturas, creando una debilidad en su frente. Toda la falange debe luchar en conjunto, mientras que el legionario romano es eficaz como tropa única o como destacamento del cuerpo principal. Esto permite a los romanos mantener parte de su ejército en reserva, para superar la maniobra de una falange u otra formación enemiga, o para reforzar donde los romanos son débiles.

Esto se vería de nuevo cuando Macedonia volviera a desafiar a Roma bajo Perseo, hijo de Filipo V. Rompiendo el Tratado de Tempea, intentó restaurar el poder internacional de Macedonia. Su fuerza de falange tuvo un éxito inicial antes de encontrarse con Paulo en la batalla de Pydna en el año 18. Al igual que en Cinoscéfala, la falange tuvo un éxito inicial, pero cuando hizo retroceder a la infantería romana por un terreno irregular, se formaron brechas en sus líneas que permitieron a los legionarios penetrar en el muro de picas y flanquear su inestable formación, provocando de nuevo que la infantería se rompiera y huyera. Perseo también huyó y fue llevado de vuelta a Roma encadenado, mientras que Roma dividió a Macedonia en cuatro gobiernos títeres que controlaba.

La península de los Balcanes sería el escenario de varios conflictos heleno-romanos más, pero después de Pydna quedó firmemente establecido quién era la fuerza superior. Tanto las Guerras Sirias con Roma y el Imperio Seléucida como las últimas insurrecciones de Macedón y Acaya terminaron con abrumadoras victorias romanas, y dieron a la República Romana importantes provincias que controlar. Dicho dominio quedó patente en el año 146 a.C. con la destrucción por parte de Roma de Corinto y Cartago.