Análise do metaboloma com cobertura de todos os componentes possivelmente detectáveis na amostra, em vez de análise de cada metabolito individual num determinado momento, pode ser realizada por análise metabólica. Abordagens direcionadas e/ou não direcionadas são aplicadas conforme necessário para experimentos particulares. O monitoramento de centenas ou mais metabólitos em um dado momento requer técnicas de alto rendimento e de alta qualidade que permitem a triagem de mudanças relativas em, ao invés de concentrações absolutas de compostos dentro de uma ampla faixa dinâmica. A maioria das técnicas analíticas úteis para estes fins utilizam módulos de separação GC ou HPLC/UPLC acoplados a um espectrômetro de massa rápido e preciso. As separações de GC requerem modificações químicas (derivatização) antes da análise, e funcionam eficientemente para as pequenas moléculas. As separações por HPLC são mais adequadas para a análise de compostos lácteis e não voláteis polares e não polares em sua forma nativa. As técnicas de infusão direta e baseadas em RMN são usadas principalmente para a impressão digital e fenotipagem de snap, quando aplicável. A descoberta e validação de biomarcadores metabólicos são oportunidades excitantes e promissoras oferecidas pela análise metabólica aplicada a experiências biológicas e biomédicas. Temos demonstrado que as técnicas GC-TOF-MS, HPLC/UPLC-RP-MS e HILIC-LC-MS utilizadas para análise metabólica oferecem um mapeamento metabólico suficiente, fornecendo aos pesquisadores dados confiantes para posterior análise multivariada e mineração de dados.