Se um órgão como um rim ficar doente, uma opção é transplantar um novo rim, na esperança de curar o paciente. De forma semelhante, mas em menor escala, as células estaminais poderiam ser utilizadas para substituir não todo o órgão, mas células doentes ou moribundas em tecidos doentes. No entanto, em ambos os casos as células imunitárias do paciente reconhecerão que as células ou tecidos transplantados não pertencem ao paciente receptor: não são “auto”, e o sistema imunitário iniciará uma reacção de rejeição das células estranhas do corpo, a menos que esta seja suprimida com medicação específica. O reconhecimento do “eu” imunológico é mediado por um grande número de genes que codificam as proteínas do antígeno leucocitário humano (HLA), presentes em todas as células do corpo. Se pudessem ser geradas células estaminais que tivessem o mesmo ácido desoxirribonucleico (ADN) que o de um paciente, isto permitiria o tratamento com transplante de células ou tecidos sem a necessidade de supressão imunitária com todos os efeitos secundários que o acompanham, uma vez que as células transplantadas seriam geneticamente idênticas às do paciente. Células-tronco que expressam proteínas HLA na sua superfície idênticas às expressas pelo paciente seriam, em teoria, reconhecidas pelo sistema imunológico do paciente como “self” e, portanto, não rejeitadas.