Acima dos príncipes-bispos
Em 1516 ocorreu uma mudança na constituição de Montenegro que muitos historiadores consideram ter assegurado a sua sobrevivência como um estado independente. O último da dinastia Crnojević retirou-se para Veneza e conferiu a sucessão aos bispos de Cetinje. Anteriormente, a lealdade dos chefes menores e dos camponeses aos seus governantes tinha sido instável. Não era raro o controlo político em toda a região dos Balcãs passar dos governantes eslavos para os turcos otomanos, não por causa da derrota dos primeiros em batalha, mas por causa do fracasso dos magnatas locais em assegurar o apoio dos seus súbditos. Em Montenegro, a posição da vladika, como o príncipe bispo era conhecido, trouxe estabilidade à liderança do território. A ligação entre Igreja e Estado elevou-a aos olhos dos camponeses, institucionalizou uma forma de sucessão e excluiu a possibilidade de comprometer alianças com os turcos.
Não obstante, este período foi difícil para o pequeno Montenegro, então sem terra, que estava quase constantemente em guerra com o Império Otomano. O próprio Cetinje foi capturado em 1623, em 1687, e novamente em 1712. Três fatores explicam o fracasso do otomano em subjugá-lo completamente: a resistência obstinada da população, o caráter inóspito do terreno (no qual se dizia que “um pequeno exército é vencido, um grande morre de fome”), e o uso adroitador dos laços diplomáticos com Veneza.
Desde 1519 até 1696 o cargo de vladika tinha sido eletivo, mas no último ano Danilo Nikola Petrović foi eleito para o cargo (como Danilo I) com a nova disposição de poder nomear seu próprio sucessor. Embora o clero ortodoxo oriental seja geralmente permitido casar, os bispos são obrigados a ser celibatários; consequentemente, Danilo passou seu ofício para seu sobrinho, estabelecendo uma tradição que durou até 1852.
Duas importantes mudanças ocorreram no contexto europeu mais amplo para Montenegro durante o reinado de Danilo: a expansão do território otomano foi gradualmente revertida, e Montenegro encontrou na Rússia um novo e poderoso patrono para substituir a Veneza em declínio. O refluxo da maré otomana revelou-se significativo para a identidade religiosa montenegrina, que parece ter sido particularmente instável ao longo do século XVIII. Apesar do estabelecimento de uma política teocrática ortodoxa e do massacre apócrifo daqueles que se tinham convertido ao Islão (as “Vésperas Montenegrinas” da véspera de Natal de 1702), há provas contestadas de que as linhagens montenegrinas se deslocaram de forma muito fluida não só entre as religiões católica romana e muçulmana, mas também entre a identidade montenegrina e a identidade albanesa. Parece que, dada a incerteza sobre quem detinha o poder na região, a diversidade era frequentemente considerada como uma espécie de apólice de seguro colectivo. A identidade ortodoxa do Montenegro estabilizou gradualmente, no entanto, à medida que o poder otomano declinou. O catolicismo romano manteve-se na região, e só nos tempos modernos os católicos montenegrinos se identificaram como croatas.
A substituição de Veneza pelo mecenato russo foi especialmente significativa, uma vez que trouxe ajuda financeira (depois da visita de Danilo I a Pedro, o Grande, em 1715), modesto ganho territorial, e reconhecimento formal, em 1799, pela independência do Porto Otomano de Montenegro como Estado sob a vladika Petar Petrović Njego (Pedro I). O apoio russo no Congresso de Viena em 1815, após a derrota final do imperador francês Napoleão I, não conseguiu assegurar ao Montenegro uma saída para o mar, apesar de os montenegrinos terem participado na tomada do Golfo de Kotor pelas forças francesas em 1806.