Em 29 de janeiro de 1861, Kansas foi admitido à união como um estado livre, uma derrota para a causa sulista. Mesmo assim, o elemento sul permaneceu firmemente arraigado em muitas comunidades do leste do Kansas. Uma vez deflagrada a Guerra Civil, cerca de 20.000 homens do Missouri juntaram-se ao Exército da União, enquanto cerca de 1.000 se juntaram às forças confederadas. No entanto, muitos sulistas deram todo o seu apoio à União, pois queriam que o Kansas continuasse a ser o seu lar.

A transição do estatuto de território para o estatuto de estado comprou algumas mudanças nos tipos de fortalezas existentes no Kansas. A rivalidade partidária foi-se. Ainda existiam muitos fortes colonos para se protegerem contra ataques indígenas. Possivelmente apenas um acampamento, Livingston’s Hideout, existiu como um posto confederado no Kansas durante a Guerra Civil. Entretanto, outros esconderijos permanentes poderiam ter existido no lado do Kansas da fronteira nas áreas de Wyandotte (Cidade de Kansas) e Olathe. Todos os outros estavam do lado da União. Além disso, o número de fortes aumentou. O estado tinha 26 em 1861 e o número aumentou para 43 em 1864. Pelo fim da guerra em 1865, o estado ainda tinha 36 fortes e postes.

Os fortes ainda serviam para fins semelhantes aos dos dias territoriais. O Exército manteve alguns para proteger os viajantes e colonos contra os índios. Alguns dos novos postos do Exército, porém, foram estabelecidos para proteger as comunidades ao longo da fronteira Kansas-Missouri das forças regulares e de guerrilha da Confederação.

Outros postos do Exército, como Fort Scott, Fort Leavenworth e Fort Riley, serviram como quartéis-generais administrativos na cadeia de fortes que se estendem pelo oeste. Os fortes Leavenworth e Scott também se tornaram importantes bases de operações para recuperar partes do Território Indiano, Missouri e Arkansas da Confederação. Riley, Leavenworth e Scott foram colocados a outros usos diversos. Por vezes, os três mantinham o número de prisioneiros confederados. Leavenworth foi usado para converter os confederados capturados em “Yankees Galvanizados”

Estes Yankees Galvanizados eram prisioneiros confederados organizados em novas empresas da União, habituadas a fazer frente aos fortes fronteiriços dos índios em territórios devastados pelos índios. Eles nunca foram usados para lutar contra companheiros confederados, pois podem ter se recusado a lutar contra seus antigos aliados. A maioria dos ianques galvanizados provavelmente se alistaram em tais unidades para escapar das condições sombrias dos campos de prisioneiros.

Estes confederados “reformados” eram desprezados por outros soldados da União, porque estes últimos achavam que estes homens tinham primeiro provado ser traidores à União e depois se tinham tornado traidores à Confederação. Assim eram vistos como traidores duplos sem qualidades redentoras. Além disso, os ianques galvanizados não podiam esperar nenhum respeito lá no Sul por se juntarem ao Exército da União. Não era de admirar que desertassem em grande número uma vez destacados.

Fort Zarah e Fort Larned por um tempo tiveram guarnições com grande número destes antigos prisioneiros confederados. A razão pela qual a União recorreu ao vestuário de prisioneiros confederados foi porque o Exército podia poupar poucos homens para proteger trilhos e colonos.

Inicialmente, a maioria dos fortes estabelecidos pelo Exército eram tripulados por vezes totalmente por forças voluntárias ou milícias levantadas para combater os confederados. Outras funções dadas aos fortes do Exército incluíam servir como postos de correio e tornar-se quartel-general das agências indianas. Um forte, Forte Lincoln, foi usado por um tempo como prisão para os Confederados capturados.

Após o início da Guerra Civil, muitas comunidades estabeleceram fortes, a maioria deles construídos de troncos. Alguns destes fortes tinham tarefas únicas. Em Humboldt, um era um moinho fortificado enquanto outro era um armazém fortificado de produtos secos. Fort Drinkwater serviu como correio e Fort Montgomery (Eureka) serviu como casa de escola.

A força dos fortes militares e comunitários variava muito. Surpreendentemente, alguns dos fortes construídos pelas comunidades eram consideravelmente mais defensáveis do que alguns construídos pelos militares. Alguns dos fortes mais fortes, no entanto, foram estabelecidos pelo Exército. O Forte Sully, construído com vista para o Forte Leavenworth, foi construído em um local que o tornava praticamente inexpugnável. O Campo Ben Butler, em Baxter Springs, também foi construído num local praticamente inexpugnável.

Forts mais fracos incluíam Fort Larned, originalmente construído principalmente de barro. Tipicamente, muitos fortes militares começaram como grupos de prédios e cavernas de telhado de barro que teriam sido difíceis de defender se ataques em grande escala tivessem sido montados contra eles. Os fortes Dodge e Zarah também começaram como fortes fracos. Zarah acabou sendo transformado num dos fortes mais fortes do estado.

Três eventos fizeram com que o Kansas rapidamente construísse mais fortes e postos após o início da Guerra Civil. Um deles foi um esforço infrutífero do Exército para livrar o leste do Kansas dos ataques da guerrilha confederada. Duas vezes, em 1861 e 1862, forças confederadas regulares mudaram-se para o sudeste do Kansas. Também, forças confederadas indianas sob o tenente-coronel John Jumper, em maio de 1862, se organizaram para tomar o Forte Larned no sudoeste do Kansas. Os índios perderam o interesse no empreendimento e nunca chegaram ao forte. A principal preocupação do Exército, no entanto, era proteger o Kansas contra bandos de guerrilheiros que aterrorizavam os residentes de ambos os lados da fronteira Kansas-Missouri.

Em 13 de março de 1863, o coronel Thomas Ewing Jr. foi promovido a general brigadeiro e foi dado o comando do Distrito da Fronteira, que incluía todo o Kansas, bem como partes de outras jurisdições. As responsabilidades de Ewing incluíam manter a fronteira a salvo de ataques de guerrilha. Para cumprir com esta missão, Ewing decidiu colocar uma cordilheira ao longo da fronteira Kansas-Missouri, desde o rio Missouri, a norte, até à fronteira do território indiano, a sul. Ele queria postos suficientes para que não ficassem a mais de dez milhas de distância. Novos postos como Coldwater Grove, Potosi e uma série de postos em Baxter Springs foram construídos.

No verão de 1863 presumiu-se que a cadeia de postos ao longo da fronteira acabaria com as depredações guerrilheiras no Kansas. No entanto, houve uma série de pequenas incursões, uma que ocorreu tão a oeste quanto Council Grove. Os guerrilheiros escaparam às tropas do Exército, muitas das quais inexperientes para as suas funções de patrulha. Além disso, as forças da União tinham muitas vezes cavalos e armas de qualidade inferior às dos guerrilheiros. Finalmente, alguns dos oficiais da União sob o comando de Ewing eram absolutamente incompetentes.

No entanto, prevalecia um falso sentimento de segurança. Lawrence, por exemplo, até aprovou uma portaria que proibia seus habitantes de possuírem armas de fogo dentro dos limites da cidade. Todas as armas e munições deviam ser trancadas dentro do arsenal da cidade. Mesmo os recrutas em dois campos da cidade não tinham munições e o comandante do esquadrão de tropas em Lawrence tinha que manter suas armas laterais no arsenal.

Esta falsa sensação de segurança foi repentinamente quebrada num dia quente e ensolarado de agosto. Na tarde do dia 20 de agosto o comandante guerrilheiro William C. Quantrill e quase 450 seguidores cavalgaram para o Kansas e seguiram para Lawrence. Surpreendentemente, vários indivíduos descobriram os movimentos de Quantrill e a guarnição em Aubry, a oeste da fronteira do Missouri, viram os guerrilheiros passar perto do seu posto. O comandante do posto nem se preocupou em tentar identificar a força de passagem.

Na manhã seguinte, os homens de Quantrill invadiram um Lawrence indefeso e cometeram uma das piores atrocidades da Guerra Civil. Grande parte de Lourenço foi saqueada e queimada. Cerca de 180 homens e rapazes, praticamente todos indefesos, foram mortos a tiro. Cerca de 6.000 soldados da União e milicianos do Kansas e Missouri tentaram capturar ou destruir a força guerrilheira, mas praticamente todos os guerrilheiros escaparam. Os guerrilheiros em retirada, mesmo temporariamente, invadiram o posto de Paola durante sua retirada precipitada.

Ewing respondeu emitindo a Ordem Geral No. 11, que ordenou o despovoamento virtual de uma grande área no lado do Missouri da fronteira. Parte da idéia era privar a guerrilha de uma base de operações. No entanto, os ataques da guerrilha continuaram sem parar e muitos Missourianos inocentes foram punidos pelo decreto de Ewing.

Quantrill até atacou Fort Blair (Fort Baxter), no atual Baxter Springs, no dia 6 de outubro. Embora o forte tenha sido realizado com sucesso, 91 soldados do Sindicato e funcionários do Exército foram mortos e cerca de 25 ficaram feridos. Estimativas de três a 30 guerrilheiros foram mortos e pelo menos três ficaram feridos. Muitas das tropas da União que morreram naquele dia se renderam aos homens de Quantrill, que depois os assassinaram em outra das piores atrocidades da guerra.

Agora, a maioria dos postos estabelecidos por Ewing permaneceram, apesar do fracasso em deter as incursões guerrilheiras. Eles proporcionaram algum dissuasor. Sem eles provavelmente mais ataques teriam sido realizados.

Em 1864, o aumento dos confrontos com os índios resultou na construção de novas comunidades e fortalezas do Exército. Aparentemente, em março de 1864 muitos conselhos foram realizados entre as tribos indígenas, com o assunto sendo tentativas de manter os brancos fora das áreas ocupadas pelos índios. No final da primavera os índios das planícies começaram a atacar povoados brancos e viajantes no oeste de dois terços do Kansas, numa tentativa de expulsar os brancos.

Um resultado foi a ocorrência de invasões para garantir cavalos de Fort Larned e Fort Ellsworth. Além disso, como todas as tropas que podiam ser poupadas foram enviadas para combater os Confederados, unidades ianques galvanizadas foram usadas para fortalecer algumas guarnições. Alguns fortes colonos foram utilizados para proteger as comunidades contra os ataques dos índios. Vários novos postos do Exército e fortes comunitários foram construídos para proteger áreas contra os índios hostis. Os dois terços ocidentais do Kansas foram sitiados no inverno seguinte.

No outono de 1864 o Major General Sterling Price, ex-governador do Missouri, foi escolhido para liderar uma invasão confederada (Raid do Missouri do Price) para capturar St. Esta invasão começou em 28 de agosto, quando Price começou no sudoeste do Arkansas com 12.000 tropas mal equipadas. Ele esperava conquistar e manter St. Louis. Quando confrontado por 6.000 tropas da União lá, Price mudou seus planos. Ele decidiu em vez disso recuperar o Missouri para a Confederação.

Price foi constantemente confrontado por tropas federais ou milícias do estado do Missouri e foi incapaz de ocupar permanentemente quaisquer áreas. Sua invasão se transformou em uma glorificada invasão, pois foi cortado do apoio da Confederação no Arkansas e Texas. No entanto, quando Price virou para o oeste de St. Louis, as autoridades do Kansas ficaram preocupadas. Em meados de outubro, Price estava perto de Kansas City.

A ameaça de Price causou uma reação que mudou o status de muitos fortes e postos no leste do Kansas. Muitas localidades enviaram tropas para se encontrarem com os Confederados. Uma série de pequenos postos do Exército foram desocupados ou desocupados para guarnições do esqueleto para que o maior número possível de soldados pudesse enfrentar os homens de Price. Novos fortes foram estabelecidos para ajudar a defender Fort Leavenworth, Lawrence e Topeka (a capital do estado) contra os Confederados.

A ameaça ao leste do Kansas era muito real. Price comentou que ele queria jantar em Fort Leavenworth, uma indicação de que ele esperava capturar esse importante posto. Price continuou indo para o oeste, mas foi decisivamente derrotado no dia 23 de outubro na Batalha de Westport. Westport ficava a sudeste de Kansas City. Esta derrota acabou com os avanços dos Confederados e forçou os invasores a uma rápida retirada em direção a um território seguro.

Esta retirada foi ao longo da fronteira Kansas-Missouri e a presença de tantos Confederados perturbou a linha de postos estabelecida por Ewing. No caminho para o sul, vários postos foram ameaçados e os postos do Exército no Posto de Comércio e Potosi foram brevemente ocupados pelos homens de Price. No dia 25 de Outubro os Confederados foram novamente derrotados na Batalha de Mine Creek. Mine Creek era perto de Mound City, o local de outro importante posto.

No dia da batalha o antigo posto de Fort Lincoln foi destruído pelos Confederados. Depois de ameaçar a cidade e o posto de Fort Scott, as tropas de Price deixaram a área. Vários dos postos abandonados pelos federais durante o ataque de Price não foram reabertos. Os combates deixaram muitos feridos de ambos os lados e muitos deles foram levados para Mound City e Fort Leavenworth.

Com o fim da incursão de Price a atividade guerrilheira ao longo da fronteira diminuiu. Ela nunca desapareceu completamente até cerca de um ano após a rendição do General Robert E. Lee na Virgínia, em abril de 1865. Foi só então que a maioria dos postos da comunidade e do Exército fecharam, não sendo mais necessários.