PeptideProphetTM

PeptideProphetTM valida automaticamente as atribuições de peptídeos a espectros MS/MS feitas por programas de busca em bases de dados como o SEQUEST. A partir de cada conjunto de dados, aprende distribuições de resultados de pesquisa e propriedades do peptídeo entre peptídeos corretos e incorretos, e usa essas distribuições para calcular para cada resultado uma probabilidade de que ele esteja correto. As propriedades dos peptídeos relevantes incluem o número de terminais compatíveis com a clivagem enzimática (para buscas sem restrições), o número de clivagens enzimáticas perdidas, a diferença de massa em relação ao íon precursor, a presença de cisteína leve ou pesada (para experimentos ICAT), e a presença de um motivo de N-glicosilação (para experimentos de captura de N-glicosilação). O PeptideProphet pode ser usado como um segundo passo após a análise dos espectros de EM/EM gerados a partir de qualquer tipo de espectrômetro de massa, e os peptídeos atribuídos usando qualquer número de programas de busca na base de dados.

Este software foi desenvolvido no Institute for Systems Biology em Seattle e é descrito em Analytical Chemistry 2002, 74, 5383-5392.

Tipicamente, a análise PeptideProphet é seguida pela ProteinProphet, que agrupa peptídeos por sua(s) proteína(s) correspondente(s) para calcular as probabilidades de que essas proteínas estavam presentes na amostra original.

PeptideProphet é um componente do pipeline de análise de código aberto LC/MS/MS desenvolvido na ISB

Outros componentes incluem:

Porquê código aberto?

• O software de código aberto dá-lhe uma flexibilidade que não pode ser igualada por nenhum software de código aberto proprietário. Ele pode ser facilmente adaptado para atender às suas necessidades particulares.
• Open source software lhe dá uma visão completa sobre como seus dados estão sendo tratados.
• Open source software é provavelmente a maneira mais democrática de estabelecer um padrão amplamente aceito na análise de dados.

Como posso ajudar?

Existem muitas formas de nos ajudar e não precisa de ser um espectrómetro de massa ou um programador para o fazer.A forma mais fácil de nos ajudar é fornecer-nos feedback sobre as nossas ferramentas! Diga-nos se algo não funciona, se uma mudança numa determinada ferramenta a tornaria mais útil, se há uma ferramenta ou recurso útil que falta, etc. Se você acha que está qualificado para nos ajudar de formas mais específicas, escreva-nos! Adoraríamos adicionar o seu nome à secção dos programadores 🙂