Minamata, cidade, Kumamoto ken (prefeitura), sudeste de Kyushu, Japão. Está situada perto do extremo sul da Baía de Yatsushiro.

Uma cidade da empresa Nippon Chisso Hiryo Company, seus principais produtos são fertilizantes químicos, carboneto e cloreto de vinila. Minamata era tradicionalmente um porto de pesca e tem ligações marítimas regulares com a ilha de Amakusa, a principal ilha do arquipélago de Amakusa. Nascentes quentes são encontradas nas proximidades.

A partir de 1956 uma doença às vezes fatal que ficou conhecida como “doença de Minamata” foi reconhecida entre os pescadores locais e suas famílias. A causa foi determinada como sendo um composto organo-mercúrio em resíduos despejados pelas fábricas químicas locais no mar. Este composto estava concentrado em peixes e mariscos que eram depois consumidos pelos habitantes locais. As vítimas da doença sofrem de envenenamento por mercúrio, que pode resultar em retardamento mental, defeitos congénitos graves, perda de visão e audição, paralisia e morte. A primeira doença cuja causa foi reconhecida como poluição industrial da água do mar, a doença de Minamata despertou a preocupação mundial e fez muito para estimular o desenvolvimento do movimento de proteção ambiental. A baía de Minamata estava determinada a ser livre de mercúrio a partir de julho de 1997. As redes concebidas para evitar que os seus peixes nadassem para as águas circundantes foram removidas. Pop. (2005) 29,119; (2010) 26,978.