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No aprendizado da missão mongol na Rússia, o governo Qing instruiu Sando para investigar. Sando imediatamente convocou o chefe da administração eclesiástica do Khutukhtu (Ikh shav’), o Erdene Shanzav, e exigiu uma explicação. O Erdene Shanzav, alegando que não tinha sido envolvido, revelou toda a trama. Sando então exigiu que o Khutuktu retirasse o seu pedido de tropas russas. O Khutuktu concordou, desde que Sando desmantelasse a Nova Administração. Sando telegrafou para Pequim para obter instruções, e foi dito que partes da Nova Administração poderiam ser adiadas.
Sando ordenou aos príncipes em Urga que assinassem uma declaração de que apenas alguns poucos indivíduos tinham sido responsáveis pelo apelo à Rússia. Os príncipes fizeram tal declaração, mas apenas oralmente. Sando então ordenou aos mongóis que não tivessem mais contato com o consulado russo, ameaçando em caso de desobediência trazer mais 500 soldados para Urga e armar a população chinesa na cidade. Ele colocou sentinelas ao redor do palácio de Khutuktu com ordens para barrar os visitantes russos. E enviou um contingente de tropas para a fronteira russo-mongol para interceptar a delegação mongol na Rússia no seu regresso.
Eventos de proporções sísmicas estavam então a ter lugar na China propriamente dita. Em 10 de outubro houve uma revolta em Wuchang e uma revolução contra a classe dominante minoritária tinha começado. Uma província após outra declarou a sua independência da autoridade Qing. Acreditando que a sua posição era insustentável, Sando ligou para o governo de Pequim pedindo permissão para se demitir, mas o seu pedido foi negado. Entretanto, a delegação da Mongólia na Rússia voltou secretamente e relatou os resultados da sua viagem a um grupo de príncipes e lamas. Eles compuseram um memorial conjunto ao Khutukhtu perguntando o que a Mongólia deveria fazer em vez das revoltas provinciais. Ele aconselhou que os mongóis formassem um estado próprio.
Buoyed pelo apoio dos Khutuktu e pelo iminente colapso da dinastia Qing, o Governo Provisório de Khalkha foi formado, liderado por alguns nobres Khalkha proeminentes. Em 28 de novembro, o governo ordenou que as quatro províncias (aimag) de Khalkha mobilizassem mil soldados cada uma. Quase imediatamente 500 homens dos vizinhos khoshuuns tinham se reunido em Urga. Dois dias depois, Sando recebeu uma carta, assinada em nome dos nobres e lamas de Khalkha, afirmando que tinham ouvido falar de um movimento secessionista na China, e que as tropas chinesas do “partido revolucionário” se preparavam para marchar sobre Urga vindas da Mongólia Interior. A carta prossegue afirmando que, em vista do benefício obtido pelos Khalkhas do Qing no passado, os Khutuktu tinham ordenado a mobilização de 4000 tropas para avançar sobre Pequim para defender o Imperador. Foi pedido a Sando que fornecesse a estes homens provisões e armas. Foi-lhe dado três horas para responder. Nenhuma resposta veio. Abandonando este magro engano, uma delegação de nobres e lamas visitou o gabinete do ambão e informou-o da sua decisão de declarar a independência e de instalar o Khutuktu como Imperador. Sando suplicou à delegação. Ele admitiu que o que tinha acontecido era o resultado de sua própria loucura, e prometeu recomendar total autonomia para a Mongólia, mas não independência. A delegação respondeu, com toda a brevidade, que tinha vindo simplesmente para transmitir uma mensagem, não para a debater. Sando foi ordenado a deixar o país em 24 horas.
Não havia muito que Sando pudesse fazer. Ele tinha apenas 150 soldados, que de qualquer forma estavam de humor refratário por causa dos atrasos nos pagamentos em atraso. No dia seguinte, seus soldados foram desarmados por milicianos mongóis, assim como cossacos russos do comboio consular sob o comando de Grigory Semyonov, futuro Ataman. Sando e sua equipe mudaram-se para o complexo do consulado russo para sua própria segurança.
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Em 30 de novembro de 1911 os mongóis estabeleceram o Governo Temporário de Khalkha. Em 5 de dezembro, Sando deixou a Mongólia com escolta russa. A autoridade chinesa no resto do país entrou em colapso rapidamente depois disso. Mais tarde nesse mês ou em Janeiro de 1912 (as fontes diferem), o Governador Militar de Uliastai na Mongólia ocidental, o seu estado-maior e os seus guardas militares, partiram pacificamente sob a protecção das tropas cossacas. O vice-governador militar de Khovd, porém, decidiu resistir, esperando reforços de Xinjiang. As tropas chegaram tarde demais: a cidade foi cercada por tropas mongóis, o destacamento de reforços foi esmagado. Em agosto de 1912, sua fortaleza foi superada pelas tropas mongóis, e ele e seu estado-maior foram escoltados para fora do país por cossacos.
Em 1º de dezembro, o Governo Provisório de Khalkha emitiu uma proclamação geral anunciando o fim do domínio de Qing e o estabelecimento de uma teocracia sob o Jebtsundamba Khutuktu. No final do mês, em 29 de dezembro, o Khutuktu foi formalmente instalado como o Bodg Khaan (“Grande Khan”, ou “Imperador”) do novo estado mongol. Isto deu início à era Bogd Khan. Enquanto todos Barga, Dariganga, Khovd, região Huvsgul, 26 hoshuns da região de Ili (Dzungarian Oirads), 24 hoshuns do Mongol Superior 29 hosnuns, 35 hoshuns do Mongol Interior 49 hoshuns enviaram declarações de apoio ao apelo de Bogd Khan para a reunificação mongol, na realidade, no entanto, a maioria deles eram demasiado prudentes ou irresolutos para tentarem juntar-se ao regime de Bogd Khan.
A revolução mongol foi na sua maioria uma transferência ordeira de poder. Seu caráter relativamente pacífico era devido ao realismo das autoridades Qing na Mongólia, e em grande parte à presença de tropas russas, que forneciam proteção a essas autoridades e às tropas chinesas. A situação era diferente na Mongólia Interior. Lá, as autoridades chinesas permaneceram no poder, apesar dos activistas mongóis se prepararem para se juntarem à Mongólia Exterior na independência. Os membros do Partido Realista pró-Qing eram conhecidos por apoiarem a independência da Mongólia Interior, e alguns defendiam um estado monárquico que abrangia a Manchúria, bem como a Mongólia Exterior e a Mongólia Interior. Mais notavelmente, Gungsangnorbu, líder do estandarte Harqin da Mongólia Interior, forjou contactos estreitos com os japoneses em Dezembro de 1911. Ele e outros príncipes do interior da Mongólia tomaram empréstimos, prometeram os direitos mineiros japoneses e receberam grandes remessas de armas.