Al enterarse de la misión mongola en Rusia, el gobierno Qing encargó a Sando que investigara. Sando convocó inmediatamente al jefe de la administración eclesiástica del Khutukhtu (Ikh shav’), el Erdene Shanzav, y le exigió una explicación. El Erdene Shanzav, alegando que no había estado involucrado, reveló todo el complot. Sando exigió entonces que el Khutuktu retirara su petición de tropas rusas. El Khutuktu aceptó, siempre y cuando Sando desmantelara la Nueva Administración. Sando envió un telegrama a Pekín para pedir instrucciones, y se le dijo que algunas partes de la Nueva Administración podían retrasarse.
Sando ordenó a los príncipes de Urga que firmaran una declaración de que sólo unos pocos individuos habían sido responsables del llamamiento a Rusia. Los príncipes dieron tal declaración, pero sólo oralmente. Sando ordenó entonces a los mongoles que no tuvieran más contacto con el consulado ruso, amenazando en caso de desobediencia con llevar 500 tropas más a Urga y armar a la población china de la ciudad. Colocó centinelas alrededor del palacio del Khutuktu con órdenes de prohibir las visitas rusas. Y envió un contingente de tropas a la frontera ruso-mongola para interceptar a la delegación mongola en Rusia a su regreso.
En ese momento se produjeron acontecimientos de proporciones sísmicas en la propia China. El 10 de octubre hubo un levantamiento en Wuchang y había comenzado una revolución contra la minoría gobernante. Una provincia tras otra declaró su independencia de la autoridad Qing. Creyendo que su posición era insostenible, Sando telegrafió al gobierno de Pekín pidiendo permiso para dimitir, pero su petición fue denegada. Mientras tanto, la delegación mongola que viajó a Rusia regresó en secreto y comunicó los resultados de su viaje a un grupo de príncipes y lamas. Estos redactaron un memorial conjunto dirigido al Khutukhtu en el que se preguntaba qué debía hacer Mongolia en lugar de los levantamientos provinciales. Aconsejó que los mongoles formaran un estado propio.
Alentados por el apoyo del Khutuktu y por el inminente colapso de la dinastía Qing, se formó el Gobierno Provisional de Khalkha, encabezado por algunos prominentes nobles de Khalkha. El 28 de noviembre, el gobierno ordenó a las cuatro provincias (aimag) de Khalkha que movilizaran mil soldados cada una. Casi inmediatamente, 500 hombres de los khoshuuns vecinos se reunieron en Urga. Dos días más tarde, Sando recibió una carta, firmada en nombre de los nobles y lamas de Jalkha, en la que se decía que habían oído hablar de un movimiento secesionista en China, y que las tropas chinas del «partido revolucionario» se estaban preparando para marchar sobre Urga desde Mongolia Interior. La carta continuaba diciendo que, en vista del beneficio obtenido por los Khalkhas de los Qing en el pasado, el Khutuktu había ordenado la movilización de 4000 tropas para avanzar sobre Pekín para defender al Emperador. Se pidió a Sando que proporcionara a estos hombres provisiones y armas. Se le dio tres horas para responder. No hubo respuesta. Abandonando este fino engaño, una delegación de nobles y lamas visitó el despacho del amban y le informó de su decisión de declarar la independencia e instalar al Khutuktu como emperador. Sando se dirigió a la delegación. Admitió que lo que había sucedido era el resultado de su propia locura, y prometió recomendar la plena autonomía de Mongolia, pero no la independencia. La delegación respondió secamente que había venido simplemente a entregar un mensaje, no a debatirlo. Se ordenó a Sando que abandonara el país en un plazo de 24 horas.
Poco podía hacer Sando. Sólo contaba con 150 soldados, que en cualquier caso se encontraban en un estado de ánimo refractario debido a los atrasos en los pagos atrasados. Al día siguiente, sus soldados fueron desarmados por milicianos mongoles, así como por cosacos rusos del convoy consular al mando de Grigory Semyonov, futuro Ataman. Sando y su personal se trasladaron al recinto del consulado ruso por su propia seguridad.
El 30 de noviembre de 1911 los mongoles establecieron el Gobierno Temporal de Khalkha. El 5 de diciembre, Sando abandonó Mongolia con escolta rusa. La autoridad china en el resto del país se derrumbó rápidamente después de eso. A finales de ese mes o en enero de 1912 (las fuentes difieren) el Gobernador Militar de Uliastai, en el oeste de Mongolia, su personal y sus guardias militares, partieron pacíficamente bajo la protección de las tropas cosacas. El vicegobernador militar de Khovd, sin embargo, decidió resistir, esperando refuerzos de Xinjiang. Las tropas llegaron demasiado tarde: la ciudad fue rodeada por las tropas mongolas y el destacamento de refuerzo fue aplastado. En agosto de 1912, su fortaleza fue superada por las tropas mongolas, y él y su personal fueron escoltados fuera del país por cosacos.
El 1 de diciembre, el Gobierno Provisional de Khalkha emitió una proclamación general anunciando el fin del dominio Qing y el establecimiento de una teocracia bajo el Jebtsundamba Khutuktu. A finales de mes, el 29 de diciembre, el Khutuktu fue instalado formalmente como el Bodg Khaan («Gran Khan» o «Emperador») del nuevo estado mongol. Esto marcó el comienzo de la era del Bogd Khan. Mientras que todo Barga, Dariganga, Khovd, la región de Huvsgul, 26 hoshuns de la región de Ili (Dzungarian Oirads), 24 hoshuns de la alta Mongolia 29 hosnuns, 35 hoshuns de la Mongolia interior 49 hoshuns enviaron declaraciones para apoyar la llamada de Bogd Khan de la reunificación de Mongolia, en realidad sin embargo, la mayoría de ellos eran demasiado prudentes o irresoluto para intentar unirse al régimen de Bogd Khan.
La revolución mongola fue en su mayor parte una transferencia ordenada del poder. Su carácter relativamente pacífico se debió al realismo de las autoridades Qing en Mongolia, y en no poca medida a la presencia de tropas rusas, que proporcionaron protección a estas autoridades y a las tropas chinas. La situación era diferente en Mongolia Interior. Allí, las autoridades chinas seguían en el poder, aunque los activistas mongoles se preparaban para unirse a Mongolia Exterior en la independencia. Se sabía que los miembros del Partido Realista pro-Qing apoyaban la independencia de Mongolia Interior, y algunos abogaban por un estado monárquico que abarcara tanto Manchuria como Mongolia Exterior e Interior. En particular, Gungsangnorbu, líder del Harqin Banner de Mongolia Interior, estableció estrechos contactos con los japoneses en diciembre de 1911. Él y otros príncipes de Mongolia Interior tomaron préstamos, prometieron a los japoneses derechos de minería y recibieron importantes envíos de armas.