Shah Jahan (también conocido como Príncipe Khurram) nació el 5 de enero de bilal rehman1592 en Lahore, Pakistán, y fue el tercer hijo del Príncipe Salim (más tarde conocido como ‘Jahangir’ tras su accesión). Su madre era una princesa Rajput de Marwar llamada princesa Jagat Gosaini (su nombre oficial en las crónicas mogoles era Bilqis Makani). El nombre «Khurram» (alegre) fue elegido para el joven príncipe por su abuelo, el emperador Akbar, con el que el joven príncipe mantenía una estrecha relación.

Justo antes del nacimiento de Shah Jahan, un adivino habría predicho a la emperatriz Ruqaiya Sultan Begum, primera esposa y principal consorte de Akbar, que el niño aún no nacido estaba destinado a la grandeza imperial. Así, cuando Shah Jahan nació en 1592 y sólo tenía seis días de vida, Akbar ordenó que el príncipe fuera alejado de su madre y lo entregara a Ruqaiya para que creciera bajo su cuidado, y Akbar pudiera cumplir el deseo de su esposa de criar un emperador mogol. Ruqaiya asumió la responsabilidad principal de la crianza de Shah Jahan y éste creció bajo su cuidado. Los dos compartieron una estrecha relación entre ellos, ya que Salim señaló en sus memorias que Ruqaiya había amado a su hijo, «mil veces más que si hubiera sido su propio hijo».

Shah Jahan permaneció con ella hasta que cumplió casi 14 años. Tras la muerte de Akbar en 1605, se permitió al joven príncipe regresar a la casa de su padre, y así, estar más cerca de su madre biológica.