Guano minedrift var den første landbaserede industri i Shark Bay og indledte den europæiske bosættelse af området i 1850. Den forsynede også kolonien Western Australia med en af dens tidligste kommercielle eksportvarer.

Guano var værdifuldt og efterspurgt før udviklingen af kemisk gødning. Et peruviansk monopol på guano gjorde det uoverkommeligt dyrt, så opdagelsen af guano i Shark Bay blev godt modtaget i Australien og Europa.

Mineringen begyndte i 1850 på Egg Island ud for Dirk Hartog Islands østkyst og fortsatte derefter til mindst 13 øer i Henri Freycinet Harbour, som hurtigt blev afgravet. Disse omfattede Smith-, Sunday- og Eagle-øerne samt North- og South Guano Island.

Idet var ivrige efter at beskytte denne værdifulde vare, oprettede regeringen en garnison på Quoin Bluff på Dirk Hartog Island i 1850. En anden militær forpost blev senere oprettet ved Cape Heirisson.

Guano var værdifuldt, men der var meget på spil. Dårligt vejr, ukendte stimer og usikre ankerpladser gjorde det vanskeligt for store skibe. I 1850 stødte den 443 tons tunge bark Prince Charlie på Levillain-soklen ud for Kap Levillain efter at have lastet guano. Denne grund tog også den 125 tons tunge bark Macquarie med guano-last i 1878. De skibbrudne sømænd kæmpede sig tilbage til Cape Levillain og gik derefter sydpå i tre dage uden mad og vand, indtil de blev reddet af et skib i South Passage.