Am 29. Januar 1861 wurde Kansas als Freistaat in die Union aufgenommen, was eine Niederlage für den Süden bedeutete. Doch selbst dann blieb das südliche Element in vielen Gemeinden im Osten von Kansas fest verankert. Als der Bürgerkrieg ausbrach, schlossen sich etwa 20 000 Männer aus Missouri der Unionsarmee an, während sich etwa 1 000 den konföderierten Streitkräften anschlossen. Viele Südstaatler unterstützten jedoch die Union von ganzem Herzen, da sie wollten, dass Kansas ihre Heimat blieb.
Mit dem Übergang vom Territorialstatus zur Eigenstaatlichkeit änderte sich auch die Art der in Kansas bestehenden Forts. Die Rivalität zwischen den Partisanen war verschwunden. Dennoch gab es viele Siedlerforts zum Schutz vor Indianerangriffen. Möglicherweise gab es während des Bürgerkriegs nur ein einziges Lager, Livingston’s Hideout, als Posten der Konföderierten in Kansas. Andere permanente Verstecke könnten jedoch auf der Seite der Grenze zu Kansas in den Gebieten Wyandotte (Kansas City) und Olathe bestanden haben. Alle anderen befanden sich auf der Seite der Union. Auch die Zahl der Forts nahm zu. Im Jahr 1861 verfügte der Bundesstaat über 26 Forts, und bis 1864 stieg ihre Zahl auf 43 an. Bei Kriegsende 1865 verfügte der Staat noch über 36 Forts und Posten.
Die Forts dienten noch immer ähnlichen Zwecken wie zu Zeiten des Territoriums. Die Armee unterhielt einige, um Reisende und Siedler vor Indianern zu schützen. Einige der neuen Armeeposten wurden jedoch errichtet, um die Gemeinden entlang der Grenze zwischen Kansas und Missouri vor den regulären Streitkräften und der Guerilla der Konföderierten zu schützen.
Andere Armeeposten wie Fort Scott, Fort Leavenworth und Fort Riley dienten als Verwaltungssitz in der Kette von Forts, die sich über den Westen erstreckte. Die Forts Leavenworth und Scott wurden auch zu wichtigen Stützpunkten für die Rückeroberung von Teilen des Indianerterritoriums, von Missouri und Arkansas von der Konföderation. Riley, Leavenworth und Scott wurden für verschiedene andere Zwecke genutzt. Zeitweise waren in allen drei Orten zahlreiche konföderierte Gefangene untergebracht. In Leavenworth wurden gefangene Konföderierte zu „Galvanized Yankees“
Diese „Galvanized Yankees“ waren Gefangene der Konföderierten, die in neuen Kompanien der Union organisiert wurden, um Grenzforts tief in den von Indianern durchzogenen Gebieten zu bemannen. Sie wurden nie zum Kampf gegen andere Konföderierte eingesetzt, da sie sich möglicherweise weigerten, gegen ihre ehemaligen Verbündeten zu kämpfen. Die meisten Galvanized Yankees meldeten sich wahrscheinlich zu solchen Einheiten, um den grausamen Bedingungen in den Gefangenenlagern zu entgehen.
Diese „reformierten“ Konföderierten wurden von den anderen Unionssoldaten verachtet, weil sie der Meinung waren, dass diese Männer sich erst als Verräter an der Union erwiesen hatten und dann zu Verrätern an der Konföderation geworden waren. Sie galten also als doppelte Verräter ohne erlösende Eigenschaften. Außerdem konnten die galvanisierten Yankees zu Hause im Süden keinen Respekt erwarten, weil sie sich der Unionsarmee angeschlossen hatten. Kein Wunder, dass sie in großer Zahl desertierten, sobald sie eingesetzt wurden.
Fort Zarah und Fort Larned hatten eine Zeit lang Garnisonen mit einer großen Zahl dieser ehemaligen konföderierten Gefangenen. Der Grund dafür, dass die Union Gefangene der Konföderierten ausrüstete, war, dass die Armee nur wenige Männer zum Schutz von Wanderwegen und Siedlern entbehren konnte.
Zufälligerweise waren die meisten von der Armee errichteten Forts zeitweise vollständig mit Freiwilligen oder Milizkräften besetzt, die zum Kampf gegen die Konföderierten aufgestellt wurden. Andere Funktionen, die den Forts der Armee zugewiesen wurden, bestanden darin, als Postämter zu dienen und Hauptquartiere für Indianerorganisationen zu sein. Ein Fort, Fort Lincoln, diente eine Zeit lang als Gefängnis für gefangene Konföderierte.
Nach Beginn des Bürgerkriegs errichteten viele Gemeinden Forts, die meisten davon aus Holzstämmen gebaut. Einige dieser Forts hatten besondere Aufgaben. In Humboldt war eine dieser Festungen eine befestigte Mühle, eine andere ein befestigtes Trockenwarenlager. Fort Drinkwater diente als Postamt und Fort Montgomery (Eureka) als Schulhaus.
Die Stärke der Militär- und Gemeindeforts variierte stark. Überraschenderweise waren einige der von den Gemeinden errichteten Forts wesentlich besser zu verteidigen als einige vom Militär errichtete. Einige der stärksten Forts wurden jedoch von der Armee errichtet. Fort Sully, das oberhalb von Fort Leavenworth liegt, wurde an einem Ort errichtet, der praktisch uneinnehmbar ist. Camp Ben Butler in Baxter Springs lag ebenfalls an einem praktisch uneinnehmbaren Ort.
Zu den schwächeren Forts gehörte Fort Larned, das ursprünglich hauptsächlich aus Lehm gebaut war. Bezeichnenderweise bestanden viele Forts zunächst aus Gruppen von Gebäuden und mit Gras gedeckten Unterständen, die bei einem umfassenden Angriff nur schwer zu verteidigen gewesen wären. Auch die Forts Dodge und Zarah begannen als schwache Forts. Zarah wurde schließlich zu einem der stärksten Forts des Staates ausgebaut.
Drei Ereignisse veranlassten Kansas, nach Ausbruch des Bürgerkriegs rasch weitere Forts und Posten zu bauen. Zum einen versuchte die Armee erfolglos, den Osten von Kansas von Guerillaangriffen der Konföderierten zu befreien. Zweimal, 1861 und 1862, rückten reguläre konföderierte Truppen in den Südosten von Kansas ein. Außerdem organisierten konföderierte Indianertruppen unter Oberstleutnant John Jumper im Mai 1862 die Einnahme von Fort Larned im Südwesten von Kansas. Die Indianer verloren das Interesse an dem Vorhaben und erreichten das Fort nie. Das Hauptanliegen der Armee war jedoch der Schutz von Kansas vor Guerillabanden, die die Bewohner auf beiden Seiten der Grenze zwischen Kansas und Missouri terrorisierten.
Am 13. März 1863 wurde Oberst Thomas Ewing, Jr. zum Brigadegeneral befördert und erhielt das Kommando über den Grenzdistrikt, der ganz Kansas sowie Teile anderer Gerichtsbarkeiten umfasste. Zu Ewings Aufgaben gehörte es, die Grenze vor Guerillaangriffen zu schützen. Um dies zu erreichen, beschloss Ewing, entlang der Grenze zwischen Kansas und Missouri vom Missouri River im Norden bis zur Grenze zum Indianerterritorium im Süden Armeeposten aufzustellen. Er wollte so viele Posten errichten, dass sie nicht weiter als zehn Meilen voneinander entfernt liegen würden. Es wurden neue Posten wie Coldwater Grove, Potosi und eine Reihe von Posten bei Baxter Springs errichtet.
Bis zum Sommer 1863 ging man davon aus, dass die Reihe von Posten entlang der Grenze den Guerillaüberfällen in Kansas ein Ende setzen würde. Es kam jedoch zu einer Reihe kleinerer Überfälle, von denen einer bis nach Council Grove im Westen führte. Die Guerillas entzogen sich den Truppen der Armee, von denen viele für ihre Patrouillenaufgaben zu unerfahren waren. Außerdem verfügten die Unionstruppen häufig über Pferde und Waffen, die denjenigen der Guerillas qualitativ unterlegen waren. Und schließlich waren einige der Unionsoffiziere unter Ewings Kommando schlichtweg inkompetent.
Allerdings herrschte ein falsches Gefühl der Sicherheit. So erließ Lawrence sogar eine Verordnung, die es den Einwohnern untersagte, innerhalb der Stadtgrenzen Schusswaffen zu besitzen. Alle Waffen und Munition mussten in der Waffenkammer der Stadt eingeschlossen werden. Selbst die Rekruten in zwei Lagern in der Stadt hatten keine Munition, und der Kommandeur der Truppe in Lawrence musste seine Seitenwaffen in der Waffenkammer aufbewahren.
Dieses falsche Gefühl der Sicherheit wurde an einem heißen, sonnigen Augusttag plötzlich durchbrochen. Am Nachmittag des 20. August ritt der Guerillakommandant William C. Quantrill mit fast 450 Gefolgsleuten nach Kansas und nahm Kurs auf Lawrence. Überraschenderweise entdeckten einige Personen Quantrills Bewegungen, und die Garnison in Aubry, unmittelbar westlich der Grenze zu Missouri, beobachtete, wie die Guerillas an ihrem Posten vorbeizogen. Der Postenkommandant machte sich nicht einmal die Mühe, die vorbeiziehende Truppe zu identifizieren.
Am nächsten Morgen stürmten Quantrills Männer in das wehrlose Lawrence und begingen eine der schlimmsten Gräueltaten des Bürgerkriegs. Ein Großteil von Lawrence wurde geplündert und niedergebrannt. Etwa 180 Männer und Jungen, die fast alle wehrlos waren, wurden erschossen. Etwa 6.000 Unionssoldaten und Milizionäre aus Kansas und Missouri versuchten, die Guerillatruppe gefangen zu nehmen oder zu vernichten, aber fast alle Guerillas konnten entkommen. Die sich zurückziehenden Guerillas überrannten auf ihrem überstürzten Rückzug sogar vorübergehend den Posten in Paola.
Ewing reagierte mit dem Generalbefehl Nr. 11, der die weitgehende Entvölkerung eines großen Gebiets auf der Seite der Grenze zu Missouri anordnete. Damit sollte den Guerillas unter anderem eine Operationsbasis entzogen werden. Die Guerillaangriffe gingen jedoch unvermindert weiter, und viele unschuldige Missourianer wurden durch Ewings Erlass bestraft.
Quantrill griff am 6. Oktober sogar Fort Blair (Fort Baxter) im heutigen Baxter Springs an. Obwohl das Fort erfolgreich gehalten wurde, wurden 91 Unionssoldaten und Armeeangehörige getötet und etwa 25 verwundet. Schätzungen zufolge wurden zwischen drei und 30 Guerillas getötet und mindestens drei verwundet. Viele der Unionssoldaten, die an diesem Tag starben, ergaben sich Quantrills Männern, die sie dann in einer weiteren der schlimmsten Gräueltaten des Krieges ermordeten.
Zufälligerweise blieben die meisten der von Ewing errichteten Posten bestehen, obwohl die Guerillaangriffe nicht gestoppt werden konnten. Sie hatten eine gewisse abschreckende Wirkung. Ohne sie wären wahrscheinlich mehr Überfälle durchgeführt worden.
Im Jahr 1864 führten die zunehmenden Konfrontationen mit den Indianern dazu, dass neue Gemeinde- und Armeeforts gebaut wurden. Offenbar wurden im März 1864 viele Versammlungen unter den Indianerstämmen abgehalten, bei denen es darum ging, die Weißen aus den von den Indianern besetzten Gebieten fernzuhalten. Im späten Frühjahr begannen die Plains-Indianer, weiße Siedlungen und Reisende in den westlichen zwei Dritteln von Kansas anzugreifen, um die Weißen zu vertreiben.
Eine Folge davon waren Überfälle, um Pferde aus Fort Larned und Fort Ellsworth zu holen. Da alle entbehrlichen Truppen in den Kampf gegen die Konföderierten geschickt wurden, verstärkte man einige Garnisonen auch mit galvanisierten Yankee-Einheiten. Einige Siedlerforts wurden zum Schutz der Gemeinden vor Indianerangriffen eingesetzt. Eine Reihe neuer Armeeposten und Gemeindeforts wurden zum Schutz von Gebieten gegen feindliche Indianer errichtet. Die westlichen zwei Drittel von Kansas wurden im nächsten Winter belagert.
Im Herbst 1864 wurde Generalmajor Sterling Price, ein ehemaliger Gouverneur von Missouri, zum Anführer einer konföderierten Invasion (Price’s Missouri Raid) ausgewählt, um St. Louis einzunehmen und in Illinois einzudringen. Die Invasion begann am 28. August, als Price mit 12.000 schlecht ausgerüsteten Soldaten im Südwesten von Arkansas aufbrach. Er erwartete, St. Louis zu erobern und zu halten. Als er dort auf 6.000 Unionssoldaten traf, änderte Price seine Pläne. Er beschloss stattdessen, Missouri für die Konföderation zurückzuerobern.
Price sah sich ständig mit Bundestruppen oder der Miliz des Staates Missouri konfrontiert und war nicht in der Lage, ein Gebiet dauerhaft zu besetzen. Seine Invasion wurde zu einem glorreichen Raubzug, da er von der Unterstützung der Konföderierten in Arkansas und Texas abgeschnitten war. Als Price jedoch von St. Louis aus nach Westen abbog, wurden die Behörden von Kansas besorgt. Mitte Oktober näherte sich Price Kansas City.
Die Drohung von Price löste eine Reaktion aus, die den Status vieler Forts und Posten im östlichen Kansas veränderte. Viele Ortschaften schickten Truppen, um den Konföderierten entgegenzukommen. Eine Reihe kleinerer Armeeposten wurde geräumt oder auf eine Notgarnison reduziert, damit so viele Soldaten wie möglich Price‘ Männern gegenübertreten konnten. Neue Forts wurden errichtet, um Fort Leavenworth, Lawrence und Topeka (die Hauptstadt des Bundesstaates) gegen die Konföderierten zu verteidigen.
Die Bedrohung des östlichen Kansas war sehr real. Price sagte, er wolle in Fort Leavenworth zu Abend essen, ein Hinweis darauf, dass er hoffte, diesen wichtigen Posten einzunehmen. Price rückte weiter nach Westen vor, wurde aber am 23. Oktober in der Schlacht von Westport entscheidend besiegt. Westport lag unmittelbar südöstlich von Kansas City. Diese Niederlage beendete den Vormarsch der Konföderierten und zwang die Angreifer zu einem schnellen Rückzug in sicheres Gebiet.
Dieser Rückzug verlief entlang der Grenze zwischen Kansas und Missouri, und die Anwesenheit so vieler Konföderierter brachte die von Ewing errichtete Postenreihe durcheinander. Auf dem Weg nach Süden wurden mehrere Posten bedroht, und die Armeeposten in Trading Post und Potosi wurden kurzzeitig von Price‘ Männern besetzt. Am 25. Oktober wurden die Konföderierten in der Schlacht von Mine Creek erneut besiegt. Mine Creek lag in der Nähe von Mound City, dem Standort eines weiteren wichtigen Postens.
Am Tag der Schlacht wurde der alte Posten von Fort Lincoln von Konföderierten zerstört. Nachdem sie die Stadt und den Posten Fort Scott bedroht hatten, verließen die Truppen von Price das Gebiet. Mehrere der von den Konföderierten während des Angriffs von Price aufgegebenen Posten wurden nicht wieder eröffnet. Die Kämpfe forderten auf beiden Seiten viele Verwundete, von denen viele nach Mound City und Fort Leavenworth gebracht wurden.
Mit dem Ende von Prices Überfall ließ die Guerillaaktivität entlang der Grenze nach. Sie verschwanden erst etwa ein Jahr nach der Kapitulation von General Robert E. Lee in Virginia im April 1865 vollständig. Erst dann wurden die meisten Gemeinde- und Armeeposten geschlossen, da sie nicht mehr benötigt wurden.