Unter den Fürstbischöfen
Im Jahr 1516 kam es zu einer Veränderung in der Verfassung Montenegros, die nach Ansicht vieler Historiker sein Überleben als unabhängiger Staat sicherte. Der letzte der Crnojević-Dynastie zog sich nach Venedig zurück und übertrug die Nachfolge an die Bischöfe von Cetinje. In der Vergangenheit war die Loyalität kleinerer Häuptlinge und der Bauernschaft gegenüber ihren Herrschern unbeständig gewesen. Es war nicht ungewöhnlich, dass die politische Kontrolle auf dem gesamten Balkan von den slawischen Herrschern auf die osmanischen Türken überging, und zwar nicht wegen der Niederlage der ersteren in der Schlacht, sondern weil es den lokalen Magnaten nicht gelang, sich die Unterstützung ihrer Untertanen zu sichern. In Montenegro sorgte das Amt der Vladika, wie der Fürstbischof genannt wurde, für Stabilität in der Führung des Landes. Die Verbindung zwischen Kirche und Staat verschaffte ihm in den Augen der Bauern ein höheres Ansehen, institutionalisierte eine Form der Nachfolge und schloss die Möglichkeit kompromittierender Bündnisse mit den Türken aus.
Dennoch war diese Zeit eine schwierige Zeit für das kleine, damals landumschlossene Montenegro, das sich fast ständig im Krieg mit dem Osmanischen Reich befand. Cetinje selbst wurde 1623, 1687 und erneut 1712 eingenommen. Dass es den Osmanen nicht gelang, die Stadt vollständig zu unterwerfen, ist auf drei Faktoren zurückzuführen: den hartnäckigen Widerstand der Bevölkerung, die Unwirtlichkeit des Geländes (in dem es hieß: „Ein kleines Heer wird geschlagen, ein großes verhungert“) und die geschickte Nutzung der diplomatischen Beziehungen zu Venedig.
Von 1519 bis 1696 war das Amt der Vladika ein Wahlamt, aber im letzten Jahr wurde Danilo Nikola Petrović (als Danilo I.) in das Amt gewählt, mit der neuen Bestimmung, dass er seinen eigenen Nachfolger ernennen konnte. Obwohl es östlich-orthodoxen Geistlichen im Allgemeinen erlaubt ist, zu heiraten, müssen Bischöfe zölibatär leben; folglich übergab Danilo sein Amt an seinen Neffen und begründete damit eine Tradition, die bis 1852 andauerte.
Zwei wichtige Veränderungen traten im weiteren europäischen Kontext für Montenegro während Danilos Regierungszeit ein: Die Ausdehnung des osmanischen Territoriums wurde allmählich rückgängig gemacht, und Montenegro fand in Russland einen mächtigen neuen Gönner, der das untergehende Venedig ersetzte. Das Abflauen der osmanischen Flut erwies sich als bedeutsam für die religiöse Identität Montenegros, die während des gesamten 18. Jahrhunderts besonders instabil gewesen zu sein scheint. Trotz der Errichtung eines orthodoxen theokratischen Staatswesens und der apokryphen Massentötung der zum Islam Konvertierten (die „montenegrinische Vesper“ am Heiligabend 1702) gibt es umstrittene Belege dafür, dass die montenegrinische Abstammung nicht nur zwischen dem römisch-katholischen und dem muslimischen Glauben, sondern auch zwischen der montenegrinischen und der albanischen Identität sehr fließend wechselte. Angesichts der Ungewissheit, wer die Macht in der Region innehatte, wurde die Vielfalt offenbar oft als eine Art kollektive Versicherungspolice betrachtet. Die orthodoxe Identität Montenegros stabilisierte sich jedoch allmählich, als die osmanische Macht schwand. Der römische Katholizismus hielt sich in der Region, und erst in der Neuzeit identifizierten sich die montenegrinischen Katholiken als Kroaten.
Die Ablösung Venedigs durch die russische Schirmherrschaft war besonders bedeutsam, da sie finanzielle Hilfe (nachdem Danilo I. 1715 Peter den Großen besucht hatte), bescheidene Gebietsgewinne und 1799 die formelle Anerkennung der Unabhängigkeit Montenegros als Staat unter dem Vladika Petar Petrović Njegoš (Peter I.) durch die osmanische Pforte brachte. Die russische Unterstützung auf dem Wiener Kongress 1815, nach der endgültigen Niederlage des französischen Kaisers Napoleon I., konnte Montenegro keinen Zugang zum Meer sichern, obwohl die Montenegriner 1806 an der Rückeroberung des Golfs von Kotor durch französische Truppen teilgenommen hatten.