Zu Beginn der Makedonischen Kriege im Jahr 214 v. Chr. unternahm Philipp V. von Makedonien mehrere Angriffe auf römische Verbündete. Außerdem schien Makedonien eine Bedrohung darzustellen, da es sich während der Punischen Kriege mit Karthago verbündete. Rom, das sich auf seiner eigenen Halbinsel mit Hannibal auseinandersetzen musste, schickte zwar einige Truppen über die Adria, konnte die Situation jedoch nicht vollständig in den Griff bekommen. Viele griechische Städte und Stadtstaaten, die die makedonische Herrschaft verachteten, schlossen sich jedoch zum Ätolischen Bund zusammen und verbündeten sich mit den Römern. Der Krieg blieb ohne größere römische Einsätze und endete 205 v. Chr. unentschieden mit einem Waffenstillstandsvertrag zwischen dem Ätolischen Bund und Makedonien.

Nach dem Zweiten Punischen Krieg baten jedoch sowohl Pergamon als auch Rhodos Rom um Unterstützung, da sie das angebliche Bündnis Philipps V. mit Antiochus III. vom Seleukidenreich fürchteten. Rom entsandte ein Heer unter Quinctius Flamininus, um die Makedonier zu bekämpfen, und machte sich mit seinen Verbündeten aus dem Ätolischen Bund auf die Suche nach Philipp nach Larissa. Die Armeen trafen in der Nähe von Pherae aufeinander, wobei Philipp und seine Verbündeten etwa 25.000 Mann befehligten, während Flaminimus 33.000 Mann hatte. Die Schlacht fand bei Cynoscephalae statt, einer Gruppe von Hügeln in Form eines Hundekopfes.

Philip schickte eine Vorhut, um die Hügel einzunehmen, während Flamininus, der nichts von Philipps Position wusste, einige seiner Reiter und leichten Infanteristen als Späher aussandte. Diese wurden von der Vorhut Philipps angegriffen. Philipp schickte seine Kavallerie, die die Römer den Hügel hinuntertreiben konnte, bis ihre schwere Infanterie die makedonischen Truppen angriff und zurückdrängte. Zu diesem Zeitpunkt hatte Philipps Armee begonnen, sich auf der Spitze des Bergrückens zu formieren, und er befahl der Phalanx, die die Spitze des Bergrückens erreicht hatte, ihre Tiefe zu verdoppeln. Philipp formierte sein Heer am rechten Flügel und schickte es zum Angriff nach unten. Durch das Gewicht ihrer Formation und das hohe Gelände konnten die Makedonen die Römer zurückdrängen.

Da seine Linke von der Phalanx zurückgedrängt wurde, übernahm Flamininus das Kommando über seine Rechte. Als er sah, dass die makedonischen Phalangiten auf der linken Seite gerade den Hügel hinaufgekommen und untätig waren, befahl er seinen Legionen, die von Elefanten angeführt wurden, anzugreifen. Mit Philipp zu ihrer Rechten waren die Makedonen führerlos und aufgrund des steilen Geländes auch verwundbar. Sie brachen unter dem Ansturm der Elefanten zusammen, da sie noch nicht einmal ihre Phalanx gebildet hatten. Als sie die linke Seite der Makedonen durchbrachen, nahm ein Tribun 20 Manipel auf der rechten Seite, die sie verfolgten, drehte ihre Formation und schlug die rechte Seite der Makedonen in den Rücken. Da die Phalanx nicht in der Lage war, sich schnell umzudrehen, wurden viele Makedonier getötet, und weitere warfen ihre Waffen in Kapitulation nieder.

Polybius zufolge gab Philippus daraufhin die Flucht und zog sich in Richtung Tempe zurück. Die von Polybius berichteten Verluste beliefen sich auf 700 römische Opfer und 8.000 Makedonier. Viele sind jedoch der Meinung, dass dieses Missverhältnis leicht übertrieben ist und die tatsächlichen Zahlen eher bei 5.000 Makedoniern und 2.000 Römern liegen.

Nach seiner Niederlage gegen die Römer unterzeichnete Philipp den Vertrag von Tempea, der es ihm verbot, sich in Angelegenheiten in Untergriechenland oder außerhalb seiner Grenzen einzumischen.

Bis zu Cynoscephalae galt die makedonische Phalanx als die überlegene Kraft der klassischen Welt. Wie konnten die Römer sie dann besiegen? Polybius teilt seine Gedanken dazu mit uns. Die mazedonische Phalanx, die sechzehn Mann tief und in enger Ordnung aufgestellt ist, ist nahezu unaufhaltbar, wenn sie als Frontalangriff vereinigt wird. Für diese Formation sind jedoch ganz besondere Bedingungen erforderlich, nämlich ein von Hindernissen unversehrtes und ebenes Gelände. Außerdem neigt diese Formation, wenn sie einen Feind verfolgt oder von ihm zurückgedrängt wird, zu Brüchen, die eine Schwachstelle in ihrer Front bilden. Die gesamte Phalanx muss gemeinsam kämpfen, während der römische Legionär als einzelne Truppe oder als Abkommandierte des Hauptkörpers effektiv ist. So können die Römer einen Teil ihres Heeres in Reserve halten, eine Phalanx oder eine andere feindliche Formation ausmanövrieren oder dort verstärken, wo die Römer schwach sind.

Dies sollte sich wiederholen, als Makedonien unter Perseus, dem Sohn Philipps V., Rom erneut herausforderte. Er brach den Vertrag von Tempea und versuchte, die internationale Macht Makedoniens wiederherzustellen. Seine Phalanx-Truppe hatte zunächst Erfolg, bevor er 18 in der Schlacht von Pydna auf Paullus traf. Ähnlich wie bei Cynoscephalae hatte die Phalanx zunächst Erfolg, doch als sie die römische Infanterie über unebenes Gelände zurückdrängte, bildeten sich Lücken in ihren Reihen, die es den Legionären ermöglichten, die Mauer aus Piken zu durchdringen und ihre instabile Formation zu flankieren, was wiederum dazu führte, dass die Infanterie aufbrach und floh. Auch Perseus floh und wurde in Ketten nach Rom zurückgebracht, während Rom Makedonien in vier von ihm kontrollierte Marionettenregierungen aufteilte.

Die Balkanhalbinsel sollte Schauplatz mehrerer weiterer hellenisch-römischer Konflikte sein, doch nach Pydna stand fest, wer die überlegene Macht war. Sowohl die Syrischen Kriege mit Rom und dem Seleukidenreich als auch die letzten Aufstände in Makedonien und Achäa endeten mit überwältigenden römischen Siegen und verschafften der römischen Republik die Kontrolle über bedeutende Provinzen. Diese Herrschaft wurde 146 v. Chr. mit der Zerstörung von Korinth und Karthago durch Rom endgültig besiegelt.