Wenn ein Organ wie eine Niere erkrankt, besteht eine Möglichkeit darin, eine neue Niere zu transplantieren, in der Hoffnung, den Patienten zu heilen. In ähnlicher Weise, aber in kleinerem Maßstab, könnten Stammzellen verwendet werden, um nicht das ganze Organ, sondern kranke oder absterbende Zellen in erkranktem Gewebe zu ersetzen. In beiden Fällen werden die Immunzellen des Patienten jedoch erkennen, dass die transplantierten Zellen oder Gewebe nicht zum Empfängerpatienten gehören: Sie sind nicht „selbst“, und das Immunsystem wird eine Reaktion einleiten, um die fremden Zellen aus dem Körper abzustoßen, sofern dies nicht mit spezifischen Medikamenten unterdrückt wird. Die Erkennung des „eigenen“ Immunsystems wird durch eine große Anzahl von Genen vermittelt, die für menschliche Leukozyten-Antigene (HLA) kodieren, die auf allen Zellen des Körpers vorhanden sind. Wenn es gelänge, Stammzellen zu erzeugen, die die gleiche Desoxyribonukleinsäure (DNS) wie die eines Patienten besitzen, würde dies eine Behandlung durch Zell- oder Gewebetransplantation ohne die Notwendigkeit einer Immunsuppression mit all ihren Nebenwirkungen ermöglichen, da die transplantierten Zellen genetisch mit dem Patienten identisch wären. Stammzellen, die auf ihrer Oberfläche HLA-Proteine exprimieren, die mit denen des Patienten identisch sind, würden theoretisch vom Immunsystem des Patienten als „selbst“ erkannt und daher nicht abgestoßen.