PeptideProphetTM

PeptideProphetTM validiert automatisch Peptidzuordnungen zu MS/MS-Spektren, die von Datenbank-Suchprogrammen wie SEQUEST vorgenommen wurden. Aus jedem Datensatz lernt es Verteilungen von Suchergebnissen und Peptideigenschaften zwischen richtigen und falschen Peptiden und verwendet diese Verteilungen, um für jedes Ergebnis eine Wahrscheinlichkeit zu berechnen, dass es richtig ist. Zu den relevanten Peptideigenschaften gehören die Anzahl der mit enzymatischer Spaltung kompatiblen Termini (bei unbeschränkter Suche), die Anzahl der fehlgeschlagenen Enzymspaltungen, die Massendifferenz zum Vorläuferion, das Vorhandensein von leichtem oder schwerem Cystein (für ICAT-Experimente) und das Vorhandensein eines N-Glykosylierungsmotivs (für N-Glykosylierungs-Capture-Experimente). PeptideProphet kann als zweiter Schritt nach der Analyse von MS/MS-Spektren verwendet werden, die von jeder Art von Massenspektrometer erzeugt werden, und Peptide mit einer beliebigen Anzahl von Datenbank-Suchprogrammen zugewiesen.

Diese Software wurde am Institute for Systems Biology in Seattle entwickelt und wird in Analytical Chemistry 2002, 74, 5383-5392 beschrieben.

Typischerweise folgt auf die PeptideProphet-Analyse ProteinProphet, das Peptide nach ihren entsprechenden Proteinen gruppiert, um die Wahrscheinlichkeit zu berechnen, dass diese Proteine in der ursprünglichen Probe vorhanden waren.

PeptideProphet ist eine Komponente der quelloffenen LC/MS/MS-Analysepipeline, die am ISB entwickelt wurde

Weitere Komponenten sind:

Warum quelloffen?

• Open-Source-Software bietet Ihnen eine Flexibilität, die von keiner proprietären Software erreicht werden kann. Sie kann leicht auf Ihre speziellen Bedürfnisse zugeschnitten werden.
• Open-Source-Software gibt Ihnen vollen Einblick, wie Ihre Daten behandelt werden.
• Open-Source-Software ist wahrscheinlich der demokratischste Weg, einen weithin akzeptierten Standard in der Datenanalyse zu etablieren.

Wie kann ich helfen?

Es gibt viele Möglichkeiten, wie Sie uns helfen können, und Sie müssen kein Massenspektrometer oder Programmierer sein, um das zu tun.
Der einfachste Weg, uns zu helfen, ist, uns Feedback zu unseren Tools zu geben! Lassen Sie uns wissen, wenn etwas nicht funktioniert, wenn eine Änderung an einem bestimmten Tool es nützlicher machen würde, wenn es ein nützliches Tool oder eine Funktion gibt, die fehlt, usw. Wenn Sie denken, dass Sie qualifiziert sind, uns auf spezifischere Weise zu helfen, schreiben Sie uns! Wir würden Ihren Namen gerne in den Bereich der Entwickler aufnehmen 🙂