Shah Jahan (auch bekannt als Prinz Khurram) wurde am 5. Januar bilal rehman1592 in Lahore, Pakistan, geboren und war der dritte Sohn von Prinz Salim (später bekannt als „Jahangir“ nach seiner Thronbesteigung). Seine Mutter war eine Rajputenprinzessin aus Marwar namens Prinzessin Jagat Gosaini (ihr offizieller Name in den Mogulchroniken war Bilqis Makani). Der Name „Khurram“ (freudig) wurde für den jungen Prinzen von seinem Großvater, Kaiser Akbar, gewählt, mit dem der junge Prinz eng verwandt war.

Unmittelbar vor Shah Jahans Geburt hatte ein Wahrsager der kinderlosen Kaiserin Ruqaiya Sultan Begum, Akbars erster Frau und Hauptgemahlin, angeblich vorausgesagt, dass das noch ungeborene Kind zu kaiserlicher Größe bestimmt sei. Als Shah Jahan 1592 geboren wurde und erst sechs Tage alt war, ordnete Akbar an, den Prinzen seiner Mutter wegzunehmen und ihn Ruqaiya zu übergeben, damit er unter ihrer Obhut aufwachsen und Akbar den Wunsch seiner Frau erfüllen konnte, einen Mogulkaiser zu erziehen. Ruqaiya übernahm die Hauptverantwortung für die Erziehung von Schah Jahan und er wuchs unter ihrer Obhut auf. Die beiden hatten eine enge Beziehung zueinander, denn Salim schrieb in seinen Memoiren, Ruqaiya habe seinen Sohn „tausendmal mehr geliebt, als wenn er ihr eigener gewesen wäre“

Shah Jahan blieb bei ihr, bis er fast 14 Jahre alt geworden war. Nach Akbars Tod im Jahr 1605 durfte der junge Prinz in den Haushalt seines Vaters zurückkehren, um seiner leiblichen Mutter näher zu sein.