Eine Analyse des Metaboloms, die alle möglicherweise nachweisbaren Komponenten in der Probe erfasst, anstatt jeden einzelnen Metaboliten zu einem bestimmten Zeitpunkt zu analysieren, kann durch eine Stoffwechselanalyse erreicht werden. Gezielte und/oder nicht gezielte Ansätze werden je nach Bedarf für bestimmte Experimente eingesetzt. Die Überwachung von Hunderten oder mehr Metaboliten zu einem bestimmten Zeitpunkt erfordert High-Throughput- und High-End-Techniken, die ein Screening auf relative Veränderungen und nicht auf absolute Konzentrationen von Verbindungen innerhalb eines großen dynamischen Bereichs ermöglichen. Die meisten der für diese Zwecke nützlichen Analysetechniken verwenden GC- oder HPLC/UPLC-Trennmodule, die mit einem schnellen und genauen Massenspektrometer gekoppelt sind. GC-Trennungen erfordern eine chemische Modifikation (Derivatisierung) vor der Analyse und sind für kleine Moleküle effizient. HPLC-Trennungen eignen sich besser für die Analyse von labilen und nicht flüchtigen polaren und unpolaren Verbindungen in ihrer nativen Form. Direkte Infusion und NMR-basierte Techniken werden meist für Fingerprinting und Snap-Phänotyping verwendet, wo anwendbar. Die Entdeckung und Validierung von Stoffwechsel-Biomarkern sind spannende und vielversprechende Möglichkeiten, die die Stoffwechselanalyse für biologische und biomedizinische Experimente bietet. Wir haben gezeigt, dass GC-TOF-MS-, HPLC/UPLC-RP-MS- und HILIC-LC-MS-Techniken, die für die Stoffwechselanalyse verwendet werden, ein ausreichendes Metabolom-Mapping bieten, das den Forschern zuverlässige Daten für die anschließende multivariate Analyse und das Data Mining liefert.