Muinaiset egyptiläiset jakoivat maansa kahteen tyyppiin: ”punaiseen maahan”, joka tarkoitti aavikkoa, ja ”mustaan maahan”, joka oli hedelmällinen Niilin laakson alue. Egyptin punaisella maalla on kuusi aavikkoa — neljä suurta aavikkoa ja kaksi pienempää aavikkoa, joissa on värillistä hiekkaa. Egyptin aavikot käsittävät alueita Niilin molemmin puolin, ja ne kattavat yli 90 prosenttia maan maapinta-alasta.

Läntinen aavikko

Läntinen aavikko on Egyptin osa Libyan aavikkoa. Se käsittää 262 000 neliökilometriä hiekkadyynejä, laaksoja ja vuoristoisia tasankoja. Tämä yksi aavikko kattaa yli kaksi kolmasosaa Egyptin maa-alasta ja on noin Teksasin kokoinen. Tältä aavikkomaalta, Niilin laakson länsipuolelta, löytyy viisi keitaata: Bahariya-keidas, Dakhla-keidas, Farafra-keidas, Kharga-keidas ja Siwa-keidas.

Itäinen autiomaa

Itäinen autiomaa, joka tunnetaan myös nimellä Arabian autiomaa, sijaitsee Niilin jokilaakson itäpuolella ja ulottuu kohti Punaista merta. Tämä alue on yhtä kuivaa kuin läntinen, mutta siellä on enemmän vuoria ja öljysäiliöitä. Itäinen aavikko kattaa yli 20 prosenttia Egyptin maa-alasta, mutta siellä on vain muutama asuttu kylä Punaisenmeren rannikolla.

Suuri Hiekkameri

Tämä Saharan aavikon pohjoisreuna tunnetaan nimellä Suuri Hiekkameri, ja sen pinta-ala on yli 27 000 neliökilometriä. Se on maailman toiseksi suurin hiekkapeitteinen alue, ja siellä on hiekkadyynejä, jotka ulottuvat 85 mailin pituisiksi. Maailmassa on viisi erilaista hiekkadyynityyppiä, ja Egyptin Suurella hiekkamerellä niitä on neljä: tähti-, valas-, barchan- ja suorat eli lineaariset dyynit. Kukin dyyni muodostuu puhaltavista tuulista ja eri suunnista yhteen törmäävistä hiekoista.

Sinain autiomaa

Sinain autiomaa on osa Siinain niemimaata, joka sijaitsee Egyptin koilliskulmassa. Tällä kuivalla niemimaalla on tasaisia, kumpuilevia tasankoja pohjoisessa ja vuoria etelässä. Siinailla sijaitsee myös toinen yksittäinen aavikko, Sininen aavikko. Se on saanut nimensä alueesta, jossa on neljä kilometriä siniseksi maalattuja kiviä, joista jotkut kohoavat yli 30 metriä korkeiksi. Taiteilija maalasi kivet vuonna 1980 rauhansymboliksi, ja alue on siitä lähtien tunnettu Sinisenä aavikkona.

Valkoinen aavikko

Valkoinen aavikko on osa läntistä aavikkoa, mutta se on saanut yksilöllisen nimensä valkoisen värisen hiekkansa vuoksi. Siellä on luonnollisia valkoisia kalkkikivi- ja kalkkikivimuodostelmia, jotka ovat jäävuorten, sienien ja vuonojen muotoisia, mikä saa maiseman näyttämään samankaltaiselta kuin lumipeitteinen arktinen alue. Valkoisesta aavikosta tuli Egyptin suojelualue vuonna 2002 sen roomalaisvaikutteisten hautojen, kaiverrusten ja luolastoalueiden vuoksi.

Musta aavikko

Heti Valkoisen aavikon pohjoispuolella on napakasti vastakkainen Musta aavikko. Tämän alueen aavikkohiekat ovat saaneet syvän, tumman värin erodoituneista vulkaanisista doleriittikerroksista. Maisemassa on kukkuloita, jotka koostuvat hiilimustista kivistä, jotka eroosio jatkuu ajan myötä ja pitävät hiekan pahaenteisen mustan värin.