Ruhtinaan piispojen aikana

Vuonna 1516 Montenegron perustuslaissa tapahtui muutos, jonka monet historioitsijat katsovat varmistaneen sen säilymisen itsenäisenä valtiona. Crnojevićin dynastian viimeinen jäsen vetäytyi Venetsiaan ja siirsi perintöoikeuden Cetinjen piispoille. Aikaisemmin pienten päälliköiden ja talonpoikien uskollisuus hallitsijoilleen oli ollut epävakaata. Ei ollut epätavallista, että poliittinen valta koko Balkanilla siirtyi slaavihallitsijoilta ottomaanien turkkilaisille, ei siksi, että edelliset olisivat hävinneet taisteluissa, vaan siksi, että paikalliset suurmiehet eivät olleet onnistuneet saamaan alamaistensa tukea. Montenegrossa vladikan, kuten ruhtinaspiispaa kutsuttiin, asema toi vakautta alueen johtoon. Kirkon ja valtion välinen yhteys kohotti sitä talonpoikien silmissä, institutionalisoi perimysmuodon ja sulki pois mahdollisuuden kompromissiliittoihin turkkilaisten kanssa.

Tämä ajanjakso oli kuitenkin vaikea pienelle, tuolloin sisämaata vailla olleelle Montenegrolle, joka oli lähes jatkuvasti sodassa ottomaanien valtakunnan kanssa. Itse Cetinje vallattiin vuonna 1623, vuonna 1687 ja uudelleen vuonna 1712. Kolme tekijää selittää, miksi ottomaanit eivät onnistuneet alistamaan sitä kokonaan: väestön sitkeä vastarinta, maaston epäsuotuisa luonne (jossa sanottiin, että ”pieni armeija lyödään, suuri kuolee nälkään”) ja Venetsian kanssa solmittujen diplomaattisuhteiden taitava hyödyntäminen.

Vuodesta 1519 vuoteen 1696 vladikan virka oli ollut vaaleilla valittavissa, mutta jälkimmäisenä vuonna Danilo Nikola Petrović valittiin virkaan (nimellä Danilo I) uudella säännöksellä, jonka mukaan hän saattoi nimittää oman seuraajansa. Vaikka itäortodoksinen papisto saa yleensä mennä naimisiin, piispoilta vaaditaan selibaatti; näin ollen Danilo siirsi virkansa veljenpojalleen, mikä loi perinteen, joka kesti vuoteen 1852 asti.

Kaksi tärkeää muutosta tapahtui Montenegron kannalta laajemmassa eurooppalaisessa kontekstissa Danilon valtakaudella: ottomaanien alueen laajeneminen kääntyi vähitellen päinvastaiseksi, ja Montenegro löysi Venäjältä uuden voimakkaan mesenaatin, joka korvasi taantuvan Venetsian. Osmanien vallan hiipuminen osoittautui merkittäväksi Montenegron uskonnolliselle identiteetille, joka näyttää olleen erityisen epävakaa koko 1700-luvun ajan. Huolimatta ortodoksisen teokraattisen järjestelmän perustamisesta ja islamiin kääntyneiden ihmisten apokryfisesta joukkoteurastuksesta (jouluaaton ”montenegrolainen vesper” vuonna 1702) on kiistanalaisia todisteita siitä, että montenegrolaisten sukulinjat vaihtelivat hyvin häilyvästi paitsi roomalaiskatolisen ja muslimien uskon välillä myös montenegrolaisen ja albanialaisen identiteetin välillä. Näyttää siltä, että kun vallasta alueella vallitsi epävarmuus, moninaisuutta pidettiin usein eräänlaisena kollektiivisena vakuutuksena. Montenegron ortodoksinen identiteetti vakiintui kuitenkin vähitellen, kun ottomaanien valta väheni. Roomalaiskatolisuus säilytti jalansijaa alueella, ja vasta nykyaikana montenegrolaiset katolilaiset ovat identifioineet itsensä kroaateiksi.

Venetsian korvaaminen venäläisellä suojeluskunnalla oli erityisen merkittävää, sillä se toi mukanaan taloudellista apua (sen jälkeen kun Danilo I vieraili Pietari Suuren luona vuonna 1715), vaatimatonta aluevoittoa ja sen, että ottomaanien portti tunnusti vuonna 1799 virallisesti Montenegron itsenäisyyden valtioksi vladika Petar Petrović Njegošin (Pietari I) johdolla. Venäjän tuki Wienin kongressissa vuonna 1815 Ranskan keisari Napoleon I:n lopullisen tappion jälkeen ei onnistunut turvaamaan Montenegrolle ulospääsyä merelle, vaikka montenegrolaiset olivatkin osallistuneet Kotorinlahden valtaamiseen Ranskan joukoilta vuonna 1806.