Virginia State University perustettiin maaliskuussa 6, 1882, kun lainsäätäjä hyväksyi lakiehdotuksen charter Virginia Normal and Collegiate Institute.
Lakiehdotuksen sponsoroi valtuutettu Alfred W. Harris, musta asianajaja, jonka toimistot olivat Pietarissa, mutta joka asui ja edusti Dinwiddien kreivikuntaa yleiskokouksessa. Vihamielinen oikeusjuttu viivästytti avajaispäivää yhdeksäntoista kuukautta, 1. lokakuuta 1883 asti. Vuonna 1902 lainsäätäjä tarkisti peruskirjaa siten, että korkeakouluohjelmaa supistettiin ja nimi muutettiin Virginian normaali- ja teollisuusinstituutiksi.
Vuonna 1920 mustien maa-apurahaohjelma siirrettiin yksityisestä koulusta, Hampton Institutesta, jossa se oli ollut vuodesta 1872 lähtien, Virginian normaali- ja teollisuusinstituuttiin. Vuonna 1923 college-ohjelma palautettiin, ja nimi muutettiin Virginia State College for Negroesiksi vuonna 1930. Norfolkissa sijaitseva kaksivuotinen sivuliike liitettiin collegeen vuonna 1944; Norfolkin osastosta tuli nelivuotinen sivuliike vuonna 1956, ja se itsenäistyi Norfolk State Collegena vuonna 1969. Samalla emokoulun nimi muutettiin Virginia State Collegeksi vuonna 1946. Lopulta lainsäätäjä hyväksyi vuonna 1979 lain, jolla annettiin nykyinen nimi, Virginia State University.
Ensimmäisenä lukuvuonna 1883-84 yliopistossa oli 126 opiskelijaa ja seitsemän opettajaa (kaikki mustia), yksi rakennus, 33 eekkeriä, 200-kirjainen kirjasto ja 20 000 dollarin budjetti. Satavuotisjuhlavuoteen 1982 mennessä yliopisto oli täysin integroitunut, ja siinä oli lähes 5 000 opiskelijaa, noin 250 päätoimista opettajaa, kirjasto, jossa oli 200 000 kirjaa ja 360 000 mikrojulkaisua ja muuta kuin painettua aineistoa, 236 hehtaarin kokoinen kampus ja 416 hehtaarin kokoinen maatila, yli 50 rakennusta, mukaan luettuina 15 asuntolaa ja 16 luokkahuonerakennusta, sekä 31 000 000 dollarin kaksivuotinen budjetti, johon ei ole laskettu pääomamenoja.
Yliopisto sijaitsee Chesterfieldin kreivikunnassa Ettrickissä, Appomattox-joen toisella puolella sijaitsevalla jyrkänteellä Petersburgin kaupungista. Sinne pääsee valtateiden 95 ja 85 kautta, jotka kohtaavat Petersburgissa. Yliopisto on vain kahden ja puolen tunnin matkan päässä Washington D.C.:stä pohjoisessa, Raleigh-Durham-Chapel Hillin alueelta lounaassa ja Charlottesvillestä luoteessa.
Virginian valtionyliopistolla on pitkä historia erinomaisesta tiedekunnasta ja hallinnosta. Ensimmäinen presidentin arvonimeä kantanut henkilö, John Mercer Langston, oli yksi aikansa tunnetuimmista mustista. Vuoteen 1992 asti hän oli ainoa mustaihoinen, joka oli koskaan valittu Yhdysvaltain kongressiin Virginiasta (hänet valittiin vuonna 1888), ja hän oli kuuluisan kirjailijan Langston Hughesin isosetä. Vuosina 1888-1968 neljä presidenttiä – James H. Johnston, John M. Gandy, Luther H. Foster, Robert P. Daniel – toimi keskimäärin 20 vuotta auttaen koulua voittamaan vastoinkäymiset ja etenemään eteenpäin.
Neljän seuraavan vuosikymmenen aikana kahdeksan muuta presidenttiä johti yliopiston nykyiselle huipputasolleen, mukaan lukien James F. Tucker, Wendell P. Russell, Walker H. Quarles, Jr, Thomas M. Law, Wilbert Greenfield, Wesley Cornelious McClure, Eddie N. Moore, Jr., Keith T. Miller ja Pamela V. Hammond.
Virginian osavaltionyliopiston vierailijakunta ilmoitti 10. joulukuuta 2015, että laitoksen presidentiksi tulisi tohtori Makola M. Abdullah. Tohtori Abdullah astui virallisesti virkaansa 1. helmikuuta 2016.