Se kärsi monia muutoksia jesuiittojen karkottamisen jälkeen, ensin Kaarle III:n vuonna 1767 määräämänä ja sitten vuosina 1850 ja 1861, tasavaltalaisuuden alkuvuosina. Monien vuosien ajan se toimi puistona viereiselle kasarmille, jossa oli osa Jeesuksen komppanian kotikoulusta.

Sen arkkitehtuuri vastaa ”jesuiittalaiseksi” kutsuttua tyyliä, tyyppiä, jota kutsutaan ”saarnaamiseksi”. Suuri osa julkisivusta on veistetty Tierrabomban saarelta peräisin olevasta kivestä, ja sisätiloissa, piispa Eugenio Biffin Italiasta tuoman marmorisen pääalttarin alareunassa sijaitsevat omistajan jäännökset kultaisessa pronssi- ja lasiuurnissa, joka on paavi Leo XIII:n lahja.

Vuonna 1921 tyypillinen oranssi puolisko poistettiin, ja sen päälle pystytettiin Lelargen teos, nykyinen kupoli. Kirkon julkisivu poikkeaa muiden sisäänkäyntien barokkityylistä. Kappelien yläpuolella on toinen kerros, ja ne ovat yhteydessä toisiinsa puolipistekaarien kautta, jotka on peitetty aristaholveilla. Tässä kirkossa on urut ja kuoro, jotka muistuttavat Roomassa sijaitsevan Pyhän Johanneksen Lateraanin arkkibasilikan urkuja ja kuoroa.

Komppanian kirkon sisätiloille on ominaista arkkitehtonisten elementtien ankaruus vastakohtana jesuiittojen muualla Espanjan Amerikassa käyttämälle barokkihenkiselle runsaudelle. Sen julkisivua pidetään Cartagenan rikkaimpana ja monumentaalisimpana.