Mahdollisesti tärkeämpi keisarikunnan ylläpitämisen kannalta oli Diocletianuksen sisäpoliittinen uudistusohjelma. Hän ei ollut täydellinen uudistaja tällä alalla, sillä hänen edeltäjänsä olivat tehneet joitakin varovaisia yrityksiä samaan suuntaan; keisari Gallienus oli sulkenut senaattorit pois armeijasta ja erottanut sotilas- ja siviiliurat toisistaan. Senaatti oli vähitellen menettänyt etuoikeuksiaan. Diocletianus kuitenkin systematisoi nämä järjestelyt siten, että kaikki hänen uudistuksensa johtivat kohti eräänlaista keskitettyä ja absoluuttista monarkiaa, joka antoi tehokkaat toimintakeinot hänen käyttöönsä. Niinpä Diocletianus nimitti konsulit; senaattorit eivät enää osallistuneet lakien laatimiseen; keisarilliset neuvonantajat (consilia sacra) jaettiin erikoistuneisiin virkoihin, ja heidän tehtävänsä määriteltiin tiukasti niin, että pretoriaaniprefektin (keisarin henkilökohtaiset henkivartijat) valtaa rajoitettiin; hallintotyön erikoistuminen lisääntyi; ja byrokraattien määrä kasvoi. Tämä oli alku byrokratialle ja teknokratialle, joka lopulta valtasi modernit yhteiskunnat.

Tällainen organisaatio mahdollisti sen, että hallinto saattoi luottaa vähemmän yksittäisiin ihmisiin ja enemmän lakitekstien soveltamiseen. Itse asiassa juuri Diocletianuksen valtakaudella kirjoitettiin uudelleen gregoriaaninen ja hermogenialainen säännöstö, joista on säilynyt vain fragmentteja. Mutta 1200 säilynyttä uudelleenkirjoitusta osoittavat keisarin persoonallisuuden toisenkin puolen. Diocletianus oli konservatiivi, ja hänelle oli tärkeää säilyttää muinaiset hyveet: lasten velvollisuus elättää vanhempansa vanhuudessa, vanhempien velvollisuus kohdella lapsiaan oikeudenmukaisesti, aviopuolisoiden velvollisuus kunnioittaa avioliittolakeja, poikien velvollisuus olla todistamatta isiään vastaan ja orjien velvollisuus olla todistamatta isäntiään vastaan ja orjia isäntiään vastaan sekä yksityisomaisuuden, velkojien oikeuksien ja sopimuslausekkeiden suojeleminen. Hän kielsi kidutuksen käytön, jos totuus voitiin saada muuten selville, ja kannusti maaherroja olemaan mahdollisimman itsenäisiä.

Myös armeija järjestettiin uudelleen ja palautettiin vanhaan kuriin. Paikalliset joukot (paikalliset joukot) lähetettiin rajoille, ja valmiusarmeijasta (liikkuva pääarmeija) tehtiin kotimainen. Joukkojen vahvuutta lisättiin neljänneksellä (ei kerrottu neljällä, kuten Lactantius väittää). Diocletianuksen uudistuksiin sisältyi myös inhimillistä todellisuudentajua: hän vapautti sotilaat palveluksesta 20 vuoden palveluksen jälkeen, ja jos hän rajoitti hyödykkeiden hintoja alentaakseen elinkustannuksia, hän teki sen pääasiassa helpottaakseen joukkojen elämää. Jos Lactantiusta on uskominen, Diocletianus jakoi provinsseja ”tehdäkseen itsestään pelätympiä”, mutta itse asiassa se toi maaherrat lähemmäs niitä, joita he hallitsivat, ja pirstomalla heidän valtansa vähensi heidän alueellista voimaansa. Hän sitoutui helpottamaan taloudellista kehitystä elvyttämällä maataloutta ja toteuttamalla rakennusohjelman.

Tällainen politiikka oli kallista, samoin kuin sodat ja epävakaan taloudellisen tilanteen aiheuttama perintö. Diocletianuksen finanssipoliittisista ratkaisuista keskustellaan edelleen; ne muodostavat hyvin vaikean ongelman. Käyttöön otettiin kaksi uutta veroa, jugum ja capitatio, joista ensimmäinen oli viljeltävän maan yksikön vero ja jälkimmäinen yksityishenkilöiden vero. Verot perittiin suhteellisesti, ja veron määrä määräytyi viljelyn tuottavuuden ja tyypin mukaan. Pääsääntöisesti kyseessä oli eräänlainen sosioekonominen verotus, joka perustui ihmisten ja maan väliseen yhteyteen joko omistuksen tai tuottavuuden osalta. Arvioinnit tehtiin viiden vuoden välein; myöhemmin järjestelmä vakiinnutettiin 15 vuoden jaksoksi, jota kutsuttiin indictioksi. Tämä verovelvollisten aikuisten väestölaskenta herätti voimakasta kritiikkiä, mutta sen teoreettisena etuna oli, että se korvasi edellisen aikakauden mielivaltaiset maksut. Rahoitusjärjestelmässä esiintyi toki ylilyöntejä, mutta Diocletianuksen tarkoituksena oli hankkia varoja, eikä hän säästänyt edes Italiaa, joka oli siihen asti ollut vapaa maaverotuksesta.

Tämän uudistuksen rinnalla toteutettiin rahapoliittinen uudistus, johon kuului muun muassa terveen kulta- ja hopeakolikon palauttaminen kiinteällä mallilla, uuden pronssikolikon luominen, pienten kolikoiden liikkeelle laskeminen helpottamaan päivittäistä rahaliikennettä, rahapajojen hajauttaminen ja rahapajojen lukumäärän kasvattaminen kahdeksasta viiteentoista.

Kaikki nämä toimenpiteet pyrkivät ehkäisemään rahoituskriisejä. Vuonna 301 eaa. annettiin kuuluisa Edictum de Maximis Pretiis, jossa vahvistettiin palkat ja enimmäishinnat inflaation, voittojen väärinkäytön ja ostajien hyväksikäytön estämiseksi. Siinä lueteltiin noin 1 000 tuotetta, ja niiden rikkomisesta rangaistiin kuolemalla; pimeän kaupan harjoittajille määrättiin ankaria rangaistuksia. Tätä hintojen ja palkkojen sääntelyä ei kuitenkaan voitu panna täytäntöön, ja edikti kumottiin myöhemmin.