Tammikuun 29. päivänä 1861 Kansas hyväksyttiin vapaaksi osavaltioksi, mikä oli tappio etelävaltioiden asialle. Silloinkin eteläinen elementti pysyi lujasti juurtuneena moniin Kansasin itäisiin yhteisöihin. Sisällissodan puhjettua noin 20 000 missourilaista miestä liittyi unionin armeijaan, kun taas noin 1 000 liittyi konfederaation joukkoihin. Monet etelävaltiolaiset heittivät kuitenkin täyden tukensa unionille, sillä he halusivat Kansasin pysyvän kotonaan.

Siirtyminen territoriaalisesta asemasta osavaltioksi toi mukanaan joitakin muutoksia Kansasissa olemassa olleisiin linnoitustyyppeihin. Partisaanien välinen kilpailu oli poissa. Edelleen oli olemassa monia uudisasukkaiden linnakkeita, joiden tarkoituksena oli suojautua intiaanien hyökkäyksiltä. Mahdollisesti vain yksi leiri, Livingston’s Hideout, oli Kansasissa sisällissodan aikana konfederaation asemana. Muita pysyviä piilopaikkoja saattoi kuitenkin olla Kansasin puolella Wyandotten (Kansas Cityn) ja Olathen alueilla. Kaikki muut olivat unionin puolella. Myös linnakkeiden määrä kasvoi. Vuonna 1861 osavaltiossa oli 26 linnaketta, ja määrä kasvoi 43:een vuoteen 1864 mennessä. Sodan päättyessä vuonna 1865 osavaltiossa oli edelleen 36 linnaketta ja asemaa.

Linnakkeet palvelivat edelleen samankaltaisia tarkoituksia kuin territoriaaliaikoina. Armeija piti yllä joitakin suojellakseen matkustajia ja uudisasukkaita intiaaneilta. Osa uusista armeijan asemista perustettiin kuitenkin suojelemaan Kansasin ja Missourin rajalla sijaitsevia yhteisöjä konfederaation säännöllisiltä ja sissivoimilta.

Muut armeijan asemat, kuten Fort Scott, Fort Leavenworth ja Fort Riley, toimivat hallinnollisina päämajoina lännessä levittäytyvässä linnoitusketjussa. Leavenworthin ja Scottin linnakkeista tuli myös tärkeitä tukikohtia operaatioille, joiden tarkoituksena oli vallata konfederaatiolta takaisin osia intiaanialueesta, Missourista ja Arkansasista. Rileyn, Leavenworthin ja Scottin linnakkeita käytettiin muuhun sekalaiseen käyttöön. Toisinaan kaikissa kolmessa linnakkeessa oli useita konfederaation vankeja. Leavenworthia käytettiin vangittujen konfederaatiovankien muuntamiseen ”galvanoiduiksi jenkeiksi.”

Nämä galvanoidut jenkit olivat konfederaatiovangeista koottuja unionin uusiin komppanioihin, joita käytettiin miehittämään rajaseudun linnakkeita syvällä intiaanien valtaamilla alueilla. Heitä ei koskaan käytetty taistelemaan konfederaatiotovereita vastaan, sillä he saattoivat kieltäytyä taistelemasta entisiä liittolaisiaan vastaan. Useimmat galvanisoidut jenkit värväytyivät luultavasti tällaisiin yksiköihin paetakseen vankileirien synkkiä oloja.

Muut unionin sotilaat halveksivat näitä ”uudistuneita” konfederaattimiehiä, koska jälkimmäiset ajattelivat, että nämä miehet olivat ensin osoittautuneet unionin pettureiksi ja sitten heistä oli tullut konfederaation pettureita. Näin ollen heitä pidettiin kaksinkertaisina pettureina, joilla ei ollut mitään lunastavia ominaisuuksia. Galvanisoituneet jenkit eivät myöskään voineet odottaa, että heidän liittymisensä unionin armeijaan herättäisi minkäänlaista kunnioitusta kotimaassaan etelässä. Ei ollut ihme, että he karkasivat sankoin joukoin, kun heidät oli sijoitettu.

Fort Zarahissa ja Fort Larnedissa oli jonkin aikaa varuskuntia, joissa oli suuria määriä näitä entisiä konfederaation vankeja. Syy siihen, että unioni turvautui konfederaatiovankien varustamiseen, oli se, että armeija pystyi säästämään vain vähän miehiä polkujen ja uudisasukkaiden suojelemiseen.

Sattumoisin suurin osa armeijan perustamista linnakkeista miehitettiin ajoittain kokonaan vapaaehtois- tai miliisijoukoilla, jotka oli koottu taistelemaan konfederaatiota vastaan. Armeijan linnakkeille annettiin myös muita tehtäviä, kuten toimia postitoimistoina ja intiaanivirastojen päämajoina. Yhtä linnaketta, Fort Lincolnia, käytettiin jonkin aikaa vangittujen konfederaatiovankien vankilana.

Sisällissodan alettua monet yhteisöt perustivat linnakkeita, joista useimmat oli rakennettu hirsistä. Joillakin näistä linnoituksista oli ainutlaatuisia tehtäviä. Humboldtissa yksi oli linnoitettu mylly, kun taas toinen oli linnoitettu kuivatavarakauppa. Fort Drinkwater toimi postitoimistona ja Fort Montgomery (Eureka) koulutalona.

Sotilas- ja yhteisölinnakkeiden vahvuus vaihteli suuresti. Yllättäen jotkin yhteisöjen rakentamista linnoituksista olivat huomattavasti puolustuskykyisempiä kuin jotkin armeijan rakentamat. Muutamat kaikkein vahvimmista linnoituksista olivat kuitenkin armeijan perustamia. Fort Sully, joka rakennettiin Fort Leavenworthin yläpuolelle, rakennettiin sellaiseen paikkaan, että se oli käytännössä valloittamaton. Camp Ben Butler Baxter Springsissä sijaitsi myös käytännössä valloittamattomassa paikassa.

Heikompiin linnoituksiin kuului Fort Larned, joka oli alun perin rakennettu pääasiassa savesta. Tyypillistä on, että monet sotilaslinnoitukset alkoivat rakennusten ja nurmikattojen muodostamina ryhminä, joita olisi ollut vaikea puolustaa, jos niitä vastaan olisi hyökätty täysimittaisesti. Myös Dodge- ja Zarah-linnakkeet alkoivat heikkoina linnakkeina. Zarah muuttui lopulta yhdeksi osavaltion vahvimmista linnakkeista.

Kolme tapahtumaa sai Kansasin rakentamaan nopeasti lisää linnakkeita ja asemia sisällissodan puhkeamisen jälkeen. Yksi oli armeijan epäonnistunut yritys vapauttaa Itä-Kansas konfederaation sissihyökkäyksistä. Kahdesti, vuosina 1861 ja 1862, konfederaation säännölliset joukot siirtyivät Kaakkois-Kansasiin. Lisäksi everstiluutnantti John Jumperin johtamat konfederaation intiaanijoukot järjestäytyivät toukokuussa 1862 valtaamaan Fort Larnedin Lounais-Kansasissa. Intiaanit menettivät kiinnostuksensa yritystä kohtaan eivätkä koskaan saavuttaneet linnaketta. Armeijan tärkein huolenaihe oli kuitenkin Kansasin suojeleminen sissijoukoilta, jotka terrorisoivat asukkaita Kansasin ja Missourin rajan molemmin puolin.

Maaliskuun 13. päivänä 1863 eversti Thomas Ewing Jr. ylennettiin prikaatikenraaliksi ja hänelle annettiin komennettavaksi Rajapiiri, johon kuului koko Kansas sekä osia muista lainkäyttöalueista. Ewingin vastuualueeseen kuului muun muassa rajan pitäminen turvassa sissihyökkäyksiltä. Tätä varten Ewing päätti sijoittaa armeijan asemat Kansasin ja Missourin rajalle Missouri-joen pohjoispuolelta Indian Territoryn rajalle etelässä. Hän halusi niin monta asemaa, että ne sijaitsivat enintään kymmenen mailin etäisyydellä toisistaan. Uusia asemia rakennettiin muun muassa Coldwater Groveen, Potosiin ja joukko asemia Baxter Springsiin.

Kesään 1863 mennessä oletettiin, että rajalle sijoitetut asemat lopettaisivat sissien ryöstelyt Kansasissa. Useita pieniä ryöstöretkiä kuitenkin tehtiin, joista yksi tapahtui Council Groveen asti lännessä. Sissit pakenivat armeijan joukkoja, joista monet olivat liian kokemattomia partiotehtäviinsä. Lisäksi unionin joukoilla oli usein hevosia ja aseita, jotka olivat laadultaan huonompia kuin sisseillä. Lopuksi muutamat Ewingin komennossa olleista unionin upseereista olivat suorastaan epäpäteviä.

Väärän turvallisuuden tunne vallitsi kuitenkin. Lawrence esimerkiksi hyväksyi jopa asetuksen, joka kielsi asukkaitaan pitämästä tuliaseita hallussaan kaupungin rajojen sisäpuolella. Kaikki aseet ja ampumatarvikkeet oli lukittava kaupungin asevarastoon. Jopa kaupungin kahdessa leirissä olevilla alokkailla ei ollut ampumatarvikkeita, ja Lawrencen joukko-osaston komentaja joutui pitämään käsiaseitaan asevarastossa.

Tämä väärä turvallisuuden tunne murtui yhtäkkiä eräänä kuumana ja aurinkoisena elokuun päivänä. Elokuun 20. päivän iltapäivällä sissikomentaja William C. Quantrill ja lähes 450 seuraajaa ratsastivat Kansasiin ja suuntasivat kohti Lawrencea. Yllättäen useat yksityishenkilöt havaitsivat Quantrillin liikkeet, ja Aubryn varuskunta, joka sijaitsi aivan Missourin rajan länsipuolella, tarkkaili sissien kulkua asemapaikkansa lähellä. Aseman komentaja ei edes vaivautunut yrittämään tunnistaa ohikulkevia joukkoja.

Seuraavana aamuna Quantrillin miehet rynnäköivät puolustuskyvyttömään Lawrencen kaupunkiin ja tekivät yhden sisällissodan pahimmista julmuuksista. Suuri osa Lawrencesta ryöstettiin ja poltettiin. Noin 180 miestä ja poikaa, lähes kaikki puolustuskyvyttömiä, ammuttiin kuoliaaksi. Noin 6 000 unionin sotilasta sekä Kansasin ja Missourin miliisimiestä yritti vangita tai tuhota sissit, mutta lähes kaikki sissit pääsivät pakoon. Perääntyvät sissit jopa valtasivat väliaikaisesti Paolan aseman hätäisen vetäytymisensä aikana.

Ewing vastasi antamalla yleiskäskyn nro 11, jossa käskettiin käytännössä tyhjentää suuri alue Missourin puolella rajaa. Osana ajatusta oli riistää sisseiltä toimintatukikohta. Sissihyökkäykset jatkuivat kuitenkin taukoamatta, ja monia viattomia missourilaisia rangaistiin Ewingin määräyksellä.

Quantrill hyökkäsi jopa Fort Blairiin (Fort Baxter), nykyisessä Baxter Springsissä, 6. lokakuuta. Vaikka linnaketta onnistuttiin pitämään hallussa, 91 unionin sotilasta ja armeijan työntekijää sai surmansa ja noin 25 haavoittui. Arviolta kolmesta 30 sissiä kuoli ja ainakin kolme haavoittui. Monet tuona päivänä kuolleista unionin sotilaista antautuivat Quantrillin miehille, jotka sitten murhasivat heidät toisessa sodan pahimmista julmuuksista.

Sattumoisin suurin osa Ewingin perustamista asemista säilyi, vaikka sissiretkiä ei onnistuttu pysäyttämään. Ne tarjosivat jonkinlaista pelotetta. Ilman niitä olisi luultavasti tehty enemmän ryöstöretkiä.

Vuonna 1864 lisääntyneet yhteenotot intiaanien kanssa johtivat uusien yhteisöjen ja armeijan linnakkeiden rakentamiseen. Ilmeisesti maaliskuussa 1864 pidettiin intiaaniheimojen kesken monia neuvostoja, joiden aiheena oli pyrkimys pitää valkoiset poissa intiaanien miehittämiltä alueilta. Loppukeväästä tasankojen intiaanit alkoivat hyökätä valkoisten siirtokuntien ja matkustajien kimppuun Kansasin kahdessa läntisessä kolmanneksessa yrittäen pakottaa valkoiset pois alueelta.

Yksi tulokseksi syntyi ryöstöretkiä, joilla pyrittiin saamaan hevosia Fort Larnedista ja Fort Ellsworthista. Koska myös kaikki säästettävät joukot lähetettiin taistelemaan konfederaatiota vastaan, galvanisoituja jenkkiyksiköitä käytettiin joidenkin varuskuntien vahvistamiseen. Joitakin uudisasukkaiden linnakkeita käytettiin yhteisöjen suojelemiseen intiaanien hyökkäyksiltä. Useita uusia armeijan asemia ja yhteisölinnoituksia rakennettiin suojaamaan alueita vihamielisiltä intiaaneilta. Kansasin läntiset kaksi kolmasosaa oli piiritettynä seuraavan talven ajan.

Syksyllä 1864 kenraalimajuri Sterling Price, entinen Missourin kuvernööri, valittiin johtamaan konfederaation hyökkäystä (Pricen Missouri-hyökkäys) St. Louisin valtaamiseksi ja Illinoisin valtaamiseksi. Tämä hyökkäys alkoi 28. elokuuta, jolloin Price lähti liikkeelle Arkansasin lounaisosasta 12 000 huonosti varustetun joukon kanssa. Hän odotti valloittavansa ja pitävänsä St. Louisin. Kun Price kohtasi siellä 6 000 unionin sotilasta, hän muutti suunnitelmiaan. Sen sijaan hän päätti vallata Missourin takaisin Konfederaatiolle.

Price joutui jatkuvasti liittovaltion joukkojen tai Missourin osavaltion miliisien vastakkain eikä pystynyt pysyvästi valtaamaan mitään alueita. Hänen maihinnousunsa muuttui kunniakkaaksi ryöstöretkeksi, sillä hän oli eristyksissä konfederaation tuesta Arkansasissa ja Texasissa. Kun Price kuitenkin kääntyi St. Louisista länteen, Kansasin viranomaiset huolestuivat. Lokakuun puoliväliin mennessä Price lähestyi Kansas Cityä.

Pricen uhka aiheutti reaktion, joka muutti monien Itä-Kansasin linnakkeiden ja asemien asemaa. Monet paikkakunnat lähettivät joukkoja konfederaatiota vastaan. Useita pieniä armeijan asemia tyhjennettiin tai supistettiin luurankovaruskunniksi, jotta mahdollisimman moni sotilas voisi kohdata Pricen miehet. Uusia linnakkeita perustettiin auttamaan Fort Leavenworthin, Lawrencen ja Topekan (osavaltion pääkaupunki) puolustamisessa konfederaatiota vastaan.

Uhka itäiseen Kansasiin oli hyvin todellinen. Price kommentoi haluavansa ruokailla Fort Leavenworthissa, mikä oli osoitus siitä, että hän toivoi valloittavansa tämän tärkeän aseman. Price jatkoi siirtymistään länteen, mutta kärsi ratkaisevan tappion 23. lokakuuta Westportin taistelussa. Westport sijaitsi aivan Kansas Cityn kaakkoispuolella. Tämä tappio lopetti konfederaation etenemisen ja pakotti hyökkääjät nopeaan perääntymiseen kohti turvallista aluetta.

Tämä perääntyminen tapahtui Kansasin ja Missourin rajaa pitkin, ja niin monen konfederaation läsnäolo häiritsi Ewingin perustamaa asemien linjaa. Matkalla etelään useita asemia uhattiin, ja Pricen miehet valtasivat hetkeksi Trading Postin ja Potosin armeijan asemat. Lokakuun 25. päivänä konfederaatiot kärsivät jälleen tappion Mine Creekin taistelussa. Mine Creek oli lähellä Mound Cityä, jossa sijaitsi toinen merkittävä asemapaikka.

Taistelun päivänä konfederaatiot tuhosivat Fort Lincolnin vanhan aseman. Uhattuaan Fort Scottin kaupunkia ja asemaa Pricen joukot poistuivat alueelta. Useita liittovaltioiden Pricen hyökkäyksen aikana hylkäämiä asemia ei avattu uudelleen. Taisteluissa haavoittui paljon molemmin puolin, ja monet heistä vietiin Mound Cityyn ja Fort Leavenworthiin.

Pricen ryöstöretken päätyttyä sissitoiminta rajan varrella laantui. Se ei koskaan hävinnyt kokonaan ennen kuin noin vuosi kenraali Robert E. Leen antautumisen jälkeen Virginiassa huhtikuussa 1865. Vasta tuolloin useimmat yhteisön ja armeijan asemat suljettiin, koska niitä ei enää tarvittu.