Jos elin, kuten munuainen, sairastuu, yksi vaihtoehto on siirtää uusi munuainen potilaan parantumisen toivossa. Vastaavalla tavalla, mutta pienemmässä mittakaavassa, kantasoluja voitaisiin käyttää korvaamaan ei koko elintä vaan sairaita tai kuolevia soluja sairaissa kudoksissa. Molemmissa tapauksissa potilaan immuunisolut kuitenkin tunnistavat, että siirretyt solut tai kudokset eivät kuulu vastaanottajapotilaalle: ne eivät ole ”omia soluja”, ja immuunijärjestelmä käynnistää reaktion, jossa se hylkii elimistön vieraat solut, ellei tätä estetä erityisellä lääkityksellä. Immuunin ”itsensä” tunnistamista välittää suuri määrä geenejä, jotka koodaavat ihmisen leukosyyttiantigeenin (HLA) proteiineja, joita on kaikissa elimistön soluissa. Jos voitaisiin tuottaa kantasoluja, joilla olisi sama deoksiribonukleiinihappo (DNA) kuin potilaalla, tämä mahdollistaisi hoidon solu- tai kudossiirroilla ilman immuunijärjestelmän tukahduttamista kaikkine sivuvaikutuksineen, koska siirretyt solut olisivat geneettisesti identtisiä potilaan solujen kanssa. Kantasolut, jotka ilmentävät pinnallaan HLA-proteiineja, jotka ovat identtisiä potilaan ilmentämien proteiinien kanssa, olisivat teoriassa sellaisia, että potilaan immuunijärjestelmä tunnistaisi ne ”omiksi” soluikseen eikä näin ollen hylkäisi niitä.