PeptideProphetTM

PeptideProphetTM validoi automaattisesti peptidimääritykset MS/MS-spektreihin, jotka on tehty tietokantahakuohjelmilla, kuten SEQUESTilla. Kustakin tietokokonaisuudesta se oppii hakupisteiden ja peptidiominaisuuksien jakaumat oikeiden ja väärien peptidien välillä ja käyttää näitä jakaumia laskeakseen kullekin tulokselle todennäköisyyden, että se on oikea. Merkityksellisiä peptidiominaisuuksia ovat muun muassa entsymaattisen pilkkomisen kanssa yhteensopivien päätepisteiden lukumäärä (rajoittamattomissa hauissa), epäonnistuneiden entsymaattisten pilkkomisten lukumäärä, massaero suhteessa prekursori-ioniin, kevyen tai raskaan kysteiinin esiintyminen (ICAT-kokeissa) ja N-glykosylaatiomotiivin esiintyminen (N-glykosylaatiokaappauskokeissa). PeptideProphetia voidaan käyttää toisena vaiheena minkä tahansa massaspektrometrin tuottamien MS/MS-spektrien analysoinnin jälkeen, ja sille voidaan määrittää peptidejä minkä tahansa tietokantahakuohjelman avulla.

Tämä ohjelmisto on kehitetty Seattlessa sijaitsevassa Institute for Systems Biology -laitoksessa, ja se on kuvattu julkaisussa Analytical Chemistry 2002, 74, 5383-5392.

Tyypillisesti PeptideProphet-analyysin jälkeen käytetään ProteinProphet-ohjelmaa, joka ryhmittelee peptidit vastaavien proteiiniensa mukaan laskeakseen todennäköisyyksiä sille, että kyseisiä proteiineja esiintyy alkuperäisessä näytteessä.

PeptideProphet on yksi osa ISB:ssä kehitettyä avoimen lähdekoodin LC/MS/MS-analyysiputkea

Muut komponentit ovat:

Miksi avoimen lähdekoodin ohjelmisto?

• Avoiman lähdekoodin ohjelmisto antaa joustavuutta, jota ei voi verrata mihinkään omistusoikeudellisen lähdekoodin ohjelmistoon. Se voidaan helposti räätälöidä vastaamaan erityistarpeitasi.
• Avoimen lähdekoodin ohjelmistot antavat sinulle täyden käsityksen siitä, miten tietojasi käsitellään.
• Avoimen lähdekoodin ohjelmistot ovat luultavasti demokraattisin tapa luoda laajalti hyväksytty standardi data-analyysissä.

Miten voin auttaa?

Voit auttaa meitä monin tavoin, eikä sinun tarvitse olla massaspektrometri tai ohjelmoija voidaksesi auttaa meitä.helpoin tapa auttaa meitä on antaa meille palautetta työkaluistamme! Kerro meille, jos jokin ei toimi, jos muutos tiettyyn työkaluun tekisi siitä hyödyllisemmän, jos jokin hyödyllinen työkalu tai ominaisuus puuttuu jne. Jos uskot olevasi pätevä auttamaan meitä tarkemmilla tavoilla, kirjoita meille! Lisäämme mielellämme nimesi kehittäjien osioon 🙂