Metabolisten analyysien avulla voidaan analysoida metabolomia siten, että se kattaa kaikki näytteen mahdollisesti havaittavat komponentit sen sijaan, että analysoitaisiin kutakin yksittäistä metaboliittia tiettynä ajankohtana. Kohdennettuja ja/tai ei-kohdennettuja lähestymistapoja sovelletaan tarpeen mukaan tiettyihin kokeisiin. Satojen tai useampien aineenvaihduntatuotteiden seuranta tiettynä ajankohtana edellyttää korkean läpimenotehon ja huippuluokan tekniikoita, jotka mahdollistavat yhdisteiden absoluuttisten pitoisuuksien sijasta niiden suhteellisten muutosten seulonnan laajalla dynaamisella alueella. Useimmissa näihin tarkoituksiin soveltuvissa analyysitekniikoissa käytetään GC- tai HPLC/UPLC-erotusmoduuleja, jotka on yhdistetty nopeaan ja tarkkaan massaspektrometriin. GC-erotukset edellyttävät kemiallista muokkausta (derivatisointia) ennen analyysia, ja ne toimivat tehokkaasti pienille molekyyleille. HPLC-erotukset soveltuvat paremmin labiilien ja haihtumattomien polaaristen ja poolittomien yhdisteiden analysointiin niiden natiivimuodossa. Suoraa infuusiota ja NMR-pohjaisia tekniikoita käytetään enimmäkseen sormenjälkien määritykseen ja tarvittaessa snap-fenotyypin määritykseen. Metabolisten biomarkkereiden löytäminen ja validointi ovat jännittäviä ja lupaavia mahdollisuuksia, joita biologisiin ja biolääketieteellisiin kokeisiin sovellettava metabolinen analyysi tarjoaa. Olemme osoittaneet, että metaboliseen analyysiin käytettävät GC-TOF-MS-, HPLC/UPLC-RP-MS- ja HILIC-LC-MS-tekniikat mahdollistavat riittävän metabolomikartoituksen, joka tarjoaa tutkijoille varmoja tietoja myöhempää monimuuttuja-analyysiä ja tiedonlouhintaa varten.