Makedonian sotien alussa vuonna 214 eaa. Filippus V Makedonialainen teki useita hyökkäyksiä Rooman liittolaisia vastaan. Lisäksi Makedonia näytti olevan uhka, kun se päätti liittoutua Karthagon kanssa Punilaisten sotien aikana. Rooma, jonka oli kohdattava Hannibal omalla niemimaallaan, lähetti kuitenkin joitakin joukkoja Adrianmeren yli, mutta ei pystynyt täysin puuttumaan tilanteeseen. Monet kreikkalaiset kaupungit ja kaupunkivaltiot, jotka halveksivat Makedonian hallintoa, muodostivat kuitenkin Ätolian liiton ja liittoutuivat roomalaisten kanssa. Sodassa ei nähty merkittäviä roomalaisten yhteenottoja, ja se päättyi päättymättömänä Aetolian liiton ja Makedonian välisiin aseleposopimuksiin vuonna 205 eaa.

Toisen Punisen sodan jälkeen Pergamon ja Rodos vetosivat molemmat Roomaan tuen saamiseksi, koska pelkäsivät Filippos V:n oletettua liittoutumista Seleukidien valtakunnan Antiokhos III:n kanssa. Rooma lähetti Quinctius Flamininuksen johtaman armeijan taistelemaan makedonialaisia vastaan, ja se suuntasi Aetolian liiton liittolaistensa kanssa Larissaan etsimään Filipposta. Armeijat kohtasivat lähellä Pheraea, ja Filippus liittolaisineen komensi noin 25 000 sotilasta Flaminiminuksen 33 000 sotilasta vastaan. Taistelu käytiin Cynoscephalassa, koiran pään muotoisella harjanteella.

Filippus lähetti etenevän joukon valloittamaan kukkuloita, kun taas Flamininus, joka ei tiennyt Filippuksen asemasta, lähetti osan ratsuväestään ja kevyestä jalkaväestään tiedustelijoiksi. Nämä joutuivat Filippoksen etujoukon kimppuun. Filippus lähetti ratsuväkensä, joka pystyi ajamaan roomalaiset alas kukkulalta, kunnes heidän raskas jalkaväkensä tarttui makedonialaiseen joukkoon ja ajoi sen takaisin. Tässä vaiheessa Filippoksen armeija oli alkanut järjestäytyä harjanteen huipulle, ja hän käski harjanteen huipulle saavuttaneen falangin kaksinkertaistaa syvyytensä. Filippos muodosti armeijansa oikealle siivelle ja lähetti sen hyökkäykseen. Muodostelmansa painoa ja korkeaa maastoa hyväksikäyttäen makedonialaiset pystyivät pakottamaan roomalaiset takaisin.

Näkiessään falanxin painavan vasenta puoltaan takaisin, Flamininus otti oikean puolensa komentoonsa. Huomatessaan, että vasemmalla puolella olevat makedonialaiset falangit olivat juuri saapuneet kukkulalle ja olivat toimettomina, hän käski legioonansa norsujen johdolla hyökkäämään. Kun Filippus oli heidän oikealla puolellaan, makedonialaiset olivat johtajattomia ja jyrkän maaston vuoksi myös haavoittuvia. He murtuivat elefanttien hyökkäyksen alla, eivätkä olleet edes muodostaneet falangiaan. Makedonialaisten vasemman puolen murtuessa yksi tribuuni otti takaa-ajossa olleet 20 oikealla olevaa manipulia, pyöräytti muodostelmansa ja iski makedonialaisten oikeaa puolta selkään. Koska falangi ei pystynyt kääntymään nopeasti, monet makedonialaiset saivat surmansa, ja useammat heittivät puolestaan aseensa alas antautuakseen.

Polybioksen mukaan Filippos pakeni tämän jälkeen ja vetäytyi kohti Tempeä. Polybioksen raportoimat tappiot olivat 700 roomalaista kuollutta ja 8000 makedonialaista. Monet kuitenkin pitävät tätä eroa hieman liioiteltuna, ja todelliset luvut olivat lähempänä 5 000 makedonialaista ja 2 000 roomalaista.

Tappionsa jälkeen roomalaisille Filippos allekirjoitti Tempean sopimuksen, joka kielsi häntä sekaantumasta Ala-Kreikan asioihin tai muulla tavoin rajojensa ulkopuolelle.

Kynoskefaleen asti makedonialaista falangia oli pidetty klassisen maailman ylivoimaisena voimana. Miten roomalaiset sitten pystyivät voittamaan sen? Polybios jakaa ajatuksiaan tästä kanssamme. Makedonialainen falangi, joka on järjestetty kuusitoista syvälle tiiviiseen järjestykseen, on lähes pysäyttämätön, kun se yhdistetään rintamahyökkäykseksi. Tämä muodostelma edellyttää kuitenkin hyvin erityisiä olosuhteita, joissa maasto on esteetöntä ja tasaista. Lisäksi, kun tämä muodostelma joko ajaa takaa vihollista tai joutuu sen taaksepäin ajamaksi, sillä on taipumus rikkoutua, jolloin sen etupuolelle syntyy heikkous. Koko falangin on taisteltava yhdessä, kun taas roomalainen legioonalainen on tehokas yksittäisenä joukkona tai pääjoukosta irrotettuna. Näin roomalaiset voivat pitää osan armeijastaan reservissä, ohittaa falanxin tai muun vihollisen muodostelman tai vahvistaa siellä, missä roomalaiset ovat heikkoja.

Tämä nähtäisiin jälleen, kun Makedonia haastaisi jälleen Rooman Filippos V:n pojan Perseuksen alaisuudessa. Tempean sopimusta rikkoen hän yritti palauttaa Makedonian kansainvälisen vallan. Hänen phalanx-joukkonsa saavuttivat aluksi menestystä, ennen kuin hän kohtasi Paullusin Pydnan taistelussa vuonna 18. Samoin kuin Cynoskefalassa, falangilla oli aluksi menestystä, mutta kun se työnsi roomalaisen jalkaväen takaisin epätasaisella maastolla, heidän riveihinsä muodostui aukkoja, joiden ansiosta legioonalaiset pystyivät tunkeutumaan keihäsmuurin läpi ja sivuuttamaan heidän epävakaan muodostelmansa, jolloin jalkaväki jälleen murtui ja pakeni. Myös Perseus pakeni, ja hänet tuotiin takaisin Roomaan kahleissa, kun taas Rooma hajotti Makedonian neljään hallitsemaansa nukkehallitukseen.

Balkanin niemimaalla käytiin vielä useita helleenien ja roomalaisten välisiä yhteenottoja, mutta Pydnan jälkeen oli vakiintuneesti todettu, kuka oli ylivoimainen. Sekä Rooman ja Seleukidien valtakunnan kanssa käydyt Syyrian sodat että Makedonian ja Akaian viimeiset kapinat päättyivät ylivoimaisiin roomalaisvoittoihin ja antoivat Rooman tasavallalle merkittäviä maakuntia valvottavaksi. Tällainen herruus todettiin lopullisesti vuonna 146 eaa., kun Rooma tuhosi sekä Korintin että Karthagon.