Seattlen kaupunki sijaitsee kapealla kannaksella lännessä sijaitsevan Puget Soundin ja idässä sijaitsevan Washington-järven välissä, ja sen pinta-alasta noin 41 % on vettä. Se on perustettu Elliott Bayn satamaan, jossa sijaitsee Seattlen satama – vuonna 2002 Seattlen satama oli Yhdysvaltojen yhdeksänneksi vilkkain satama konttiliikenteen TEU-yksiköillä mitattuna ja 46. vilkkain satama maailmassa.
Seattlen halkaisee kahteen osaan Washingtonin laivaväylä (Lake Washington Ship Canal)
, joka yhdistää Washingtonin järven Puget Soundin. Idästä länteen siihen kuuluvat Union Bay, Montlake Cut, Portage Bay, Lake Union, Fremont Cut, Salmon Bay ja Shilshole Bay. Seattlen eteläpuoliskon jakaa Seattlen suurin joki, Duwamish-joki, joka laskee Elliott Bayn eteläpäähän teollistuneena Duwamish Waterwaynä. Joen alempi 8,9 kilometriä (5,5 mailia) on merkitty Superfund-aluekohteeksi, joka vaatii ympäristön puhdistamista.
Seattlessa on lisäksi kolme muuta järveä, jotka kaikki sijaitsevat Ship Canal -kanavan pohjoispuolella: Bitter Lake, Haller Lake ja Green Lake.
Seattlessa on useita puroja. Puget Soundiin laskevia ovat Broadview Creek, Fauntleroy Creek, Longfellow Creek ja Pipers Creek; Washington-järveen laskevat Arboretum Creek, Ravenna Creek (University Sloughin kautta), Yesler Creek ja Thornton Creek. Kartta, jossa näkyvät kaikki Seattlen purot ja valuma-alueet, löytyy Seattlen kaupungin verkkosivuilta.
Puget Soundin tärkeimmät lahdet ovat Elliott Bay, Smith Cove ja Shilshole Bay; Washington-järven tärkein lahti on Union Bay.