Shakira syntyi Barranquillassa, Kolumbiassa. Hän on Nidia Ripollin ja William Mebarak Chadidin ainoa lapsi. Hänen isänpuoleiset isovanhempansa muuttivat Libanonista New Yorkiin, jossa hänen isänsä syntyi. Äidiltään Nidia Ripollilta hän on espanjalaista (katalaani ja kastilialainen) ja italialaista syntyperää. Hänellä on kahdeksan vanhempaa puolisisarusta isänsä edellisestä avioliitosta. Shakira vietti suuren osan nuoruudestaan Barranquillassa, joka sijaitsee Kolumbian pohjoisella Karibianmeren rannikolla. Shakira kirjoitti ensimmäisen runonsa nimeltä ”La Rosa De Cristal” (”Kristalliruusu”) ollessaan vain nelivuotias. Varttuessaan hän katseli innostuneena, kuinka hänen isänsä kirjoitti tarinoita kirjoituskoneella, ja pyysi sellaista joululahjaksi. Hän sai kirjoituskoneen seitsemänvuotiaana ja jatkoi runojen kirjoittamista siitä lähtien. Nämä runot kehittyivät lopulta lauluiksi. Kun Shakira oli kaksivuotias, vanhempi velipuoli kuoli moottoripyöräonnettomuudessa, ja kahdeksanvuotiaana Shakira kirjoitti ensimmäisen laulunsa ”Tus gafas oscuras” (”Sinun tummat silmälasisi”), joka sai inspiraationsa isästään, joka vuosikausia käytti tummia silmälaseja piilottaakseen surunsa.