L’exploitation du guano a été la première industrie terrestre de Shark Bay et a initié la colonisation européenne de la région en 1850. Elle a également fourni à la colonie d’Australie occidentale l’une de ses premières exportations commerciales.

Le guano était précieux et en demande avant le développement des engrais chimiques. Un monopole péruvien sur le guano rendait son prix prohibitif, aussi sa découverte à Shark Bay a-t-elle été bien accueillie en Australie et en Europe.

L’exploitation minière a commencé en 1850 à Egg Island, au large de la côte est de Dirk Hartog Island, puis a progressé vers, et a rapidement décapé, au moins 13 îles du port Henri Freycinet. Il s’agissait notamment des îles Smith, Sunday et Eagle, et des îles Guano Nord et Sud.

Désireux de protéger cette précieuse marchandise, le gouvernement a établi une garnison à Quoin Bluff sur l’île Dirk Hartog en 1850. Un autre avant-poste militaire a été établi plus tard au cap Heirisson.

Le guano était précieux mais les enjeux étaient élevés. Le mauvais temps, les hauts-fonds non répertoriés et les mouillages incertains rendaient la tâche difficile aux grands navires. En 1850, la barque Prince Charlie de 443 tonnes a heurté le haut-fond de Levillain au large du cap Levillain après avoir chargé du guano. Ce haut-fond a également emporté la barque Macquarie de 125 tonnes avec une cargaison de guano en 1878. Les marins naufragés ont lutté pour regagner le Cap Levillain puis ont marché vers le sud pendant trois jours sans nourriture ni eau jusqu’à ce qu’ils soient secourus par un navire dans le Passage Sud.