Guano mining was the first land-based industry in Shark Bay and initiated European settlement of the area in 1850. Het leverde de kolonie West-Australië ook een van haar eerste commerciële exportproducten op.

Guano was waardevol en gewild vóór de ontwikkeling van chemische meststoffen. Een Peruviaans monopolie op guano maakte het onbetaalbaar duur, zodat de ontdekking ervan in Shark Bay goed werd ontvangen in Australië en Europa.

De mijnbouw begon in 1850 op Egg Island voor de oostkust van Dirk Hartog Island en vorderde vervolgens naar, en werd snel gestript van, ten minste 13 eilanden in de haven van Henri Freycinet. Deze omvatten Smith, Sunday en Eagle eilanden, en Noord en Zuid Guano eilanden.

Bezorgd om deze waardevolle grondstof te beschermen, vestigde de regering een garnizoen bij Quoin Bluff op Dirk Hartog Eiland in 1850. Een andere militaire buitenpost werd later gevestigd op Cape Heirisson.

Guano was waardevol, maar de inzet was hoog. Slecht weer, onbekende klippen en onzekere ankerplaatsen maakten het moeilijk voor grote schepen. In 1850 stootte de bark Prince Charlie (443 ton) na het laden van guano op de Levillain-schol bij Kaap Levillain. Deze ondiepte eiste in 1878 ook de 125 ton metende bark Macquarie met een lading guano op. De schipbreukelingen worstelden zich terug naar Kaap Levillain en liepen vervolgens drie dagen naar het zuiden zonder voedsel of water totdat ze werden gered door een schip in de Zuid Passage.