Analiza metabolomului cu acoperirea tuturor componentelor posibil detectabile din probă, mai degrabă decât analiza fiecărui metabolit individual la un moment dat, poate fi realizată prin analiză metabolică. Abordările cu țintă și/sau fără țintă se aplică în funcție de necesități pentru anumite experimente. Monitorizarea a sute sau mai mulți metaboliți la un moment dat necesită tehnici de mare randament și de înaltă performanță care să permită depistarea modificărilor relative ale compușilor, mai degrabă decât a concentrațiilor absolute ale acestora, într-un interval dinamic larg. Majoritatea tehnicilor analitice utile în aceste scopuri utilizează module de separare GC sau HPLC/UPLC cuplate la un spectrometru de masă rapid și precis. Separările GC necesită o modificare chimică (derivatizare) înainte de analiză și funcționează eficient pentru moleculele mici. Separările HPLC sunt mai potrivite pentru analiza compușilor polari și nepolari labili și nevolatili în forma lor nativă. Tehnicile bazate pe infuzie directă și RMN sunt utilizate în principal pentru amprentare și fenotipare rapidă, dacă este cazul. Descoperirea și validarea biomarkerilor metabolici sunt oportunități interesante și promițătoare oferite de analiza metabolică aplicată la experimentele biologice și biomedicale. Am demonstrat că tehnicile GC-TOF-MS, HPLC/UPLC-RP-MS și HILIC-LC-MS utilizate pentru analiza metabolică oferă o cartografiere suficientă a metabolomului, furnizând cercetătorilor date sigure pentru analiza multivariată și extragerea datelor ulterioare.