Dacă un organ, cum ar fi un rinichi, se îmbolnăvește, o opțiune este transplantul unui nou rinichi, în speranța de a vindeca pacientul. În mod similar, dar la o scară mai mică, celulele stem ar putea fi folosite pentru a înlocui nu întregul organ, ci celulele bolnave sau muribunde din țesuturile bolnave. Cu toate acestea, în ambele cazuri, celulele imunitare ale pacientului vor recunoaște că celulele sau țesuturile transplantate nu aparțin pacientului receptor: nu sunt „proprii”, iar sistemul imunitar va iniția o reacție de respingere a celulelor străine din organism, cu excepția cazului în care acest lucru este suprimat cu medicamente specifice. Recunoașterea „sinelui” imunitar este mediată de un număr mare de gene care codifică pentru proteinele antigenului leucocitar uman (HLA), prezente pe toate celulele din organism. Dacă s-ar putea genera celule stem care să aibă același acid dezoxiribonucleic (ADN) ca cel al unui pacient, acest lucru ar permite un tratament prin transplant de celule sau de țesuturi fără a fi nevoie de supresie imunitară cu toate efectele secundare care o însoțesc, deoarece celulele transplantate ar fi identice din punct de vedere genetic cu cele ale pacientului. Celulele stem care exprimă pe suprafața lor proteine HLA identice cu cele exprimate de pacient ar fi, în teorie, recunoscute de sistemul imunitar al pacientului ca fiind „proprii” și, prin urmare, nu ar fi respinse.

.