La 29 ianuarie 1861, Kansas a fost admis în uniune ca stat liber, o înfrângere pentru cauza sudistă. Chiar și atunci, elementul sudic a rămas ferm înrădăcinat în multe comunități din estul Kansasului. Odată izbucnit Războiul Civil, aproximativ 20.000 de bărbați din Missouri s-au alăturat armatei Uniunii, în timp ce aproximativ 1.000 s-au alăturat forțelor confederate. Cu toate acestea, mulți sudiști au sprijinit din toată inima Uniunea, deoarece doreau ca Kansasul să rămână casa lor.
Tranziția de la statutul de teritoriu la cel de stat a adus unele schimbări în tipurile de forturi existente în Kansas. A dispărut rivalitatea partizană. Încă mai existau multe forturi ale coloniștilor pentru a se proteja împotriva atacurilor indienilor. Posibil ca doar o singură tabără, Livingston’s Hideout, să fi existat ca post confederat în Kansas în timpul Războiului Civil. Cu toate acestea, este posibil să fi existat și alte ascunzători permanente de partea Kansasului, în zonele Wyandotte (Kansas City) și Olathe. Toate celelalte se aflau pe partea Uniunii. De asemenea, numărul de forturi a crescut. Statul avea 26 în 1861, iar numărul acestora a crescut la 43 până în 1864. La sfârșitul războiului, în 1865, statul mai avea încă 36 de forturi și posturi.
Fortificațiile încă serveau unor scopuri similare cu cele din perioada teritorială. Armata a menținut unele pentru a proteja călătorii și coloniștii împotriva indienilor. Cu toate acestea, unele dintre noile posturi ale armatei au fost înființate pentru a proteja comunitățile de-a lungul graniței dintre Kansas și Missouri de forțele regulate și de gherilă ale Confederației.
Alte posturi ale armatei, cum ar fi Fort Scott, Fort Leavenworth și Fort Riley, au servit ca sedii administrative în lanțul de forturi care se întindea prin vest. Fortărețele Leavenworth și Scott au devenit, de asemenea, baze majore de operațiuni pentru a revendica de la Confederație părți din Teritoriul Indian, Missouri și Arkansas. Riley, Leavenworth și Scott au fost folosite în alte scopuri diverse. În unele momente, toate trei au adăpostit numeroși prizonieri confederați. Leavenworth a fost folosit pentru a transforma confederații capturați în „yankei galvanizați.”
Acești yankei galvanizați erau prizonieri confederați organizați în noi companii ale Uniunii folosite pentru a ocupa forturile de frontieră din adâncurile teritoriilor străbătute de indieni. Ei nu au fost niciodată folosiți pentru a lupta împotriva colegilor confederați, deoarece este posibil să fi refuzat să lupte cu foștii lor aliați. Cei mai mulți yankei galvanizați s-au înrolat probabil în astfel de unități pentru a scăpa de condițiile sumbre din lagărele de prizonieri.
Acești confederați „reformați” erau disprețuiți de ceilalți soldați ai Uniunii, deoarece aceștia din urmă considerau că acești oameni s-au dovedit mai întâi trădători ai Uniunii și apoi au devenit trădători ai Confederației. Astfel, ei erau văzuți ca fiind trădători dubli, fără calități răscumpărătoare. De asemenea, yankeii galvanizați nu se puteau aștepta să fie respectați acasă, în sud, pentru că s-au alăturat armatei Uniunii. Nu era de mirare că au dezertat în număr mare odată desfășurați.
Fort Zarah și Fort Larned au avut pentru o vreme garnizoane cu un număr mare din acești foști prizonieri confederați. Motivul pentru care Uniunea a recurs la echiparea prizonierilor confederați a fost acela că armata nu putea renunța la puțini oameni pentru a proteja potecile și coloniștii.
În mod întâmplător, cele mai multe dintre forturile înființate de armată au fost ocupate uneori în totalitate de forțe de voluntari sau de miliție ridicate pentru a lupta împotriva confederaților. Alte funcții atribuite forturilor armatei au inclus servirea ca oficii poștale și devenirea de sedii pentru agențiile indiene. Un fort, Fort Lincoln, a fost folosit pentru o vreme ca închisoare pentru confederații capturați.
După ce a început Războiul Civil, multe comunități au înființat forturi, majoritatea construite din bușteni. Unele dintre aceste forturi aveau sarcini unice. În Humboldt, unul a fost o moară fortificată, în timp ce altul a fost un magazin fortificat de produse uscate. Fort Drinkwater a servit ca oficiu poștal, iar Fort Montgomery (Eureka) a servit ca școală.
Forța fortificațiilor militare și a celor comunitare a variat foarte mult. În mod surprinzător, unele dintre forturile construite de comunități erau considerabil mai ușor de apărat decât unele construite de militari. Cu toate acestea, câteva dintre cele mai puternice forturi au fost înființate de armată. Fortul Sully, construit cu vedere la Fort Leavenworth, a fost construit într-o locație care îl făcea practic inexpugnabil. Tabăra Ben Butler, la Baxter Springs, a fost, de asemenea, cocoțată într-o locație practic inexpugnabilă.
Forturile mai slabe au inclus Fort Larned, construit inițial în principal din adobe. În mod obișnuit, multe forturi militare au început ca grupuri de clădiri și adăposturi cu acoperiș de gazon care ar fi fost dificil de apărat dacă ar fi fost organizate atacuri la scară largă împotriva lor. Forturile Dodge și Zarah au început, de asemenea, ca forturi slabe. Zarah a sfârșit prin a fi transformat într-unul dintre cele mai puternice forturi ale statului.
Trei evenimente au făcut ca Kansas să construiască rapid mai multe forturi și posturi după izbucnirea Războiului Civil. Unul a fost un efort nereușit al armatei de a scăpa estul Kansasului de atacurile de gherilă ale Confederației. De două ori, în 1861 și 1862, forțele regulate ale Confederației s-au mutat în sud-estul Kansasului. De asemenea, în mai 1862, forțele indiene confederate sub comanda locotenent-colonelului John Jumper s-au organizat pentru a cuceri Fort Larned în sud-vestul Kansasului. Indienii și-au pierdut interesul în această aventură și nu au ajuns niciodată la fort. Cu toate acestea, principala preocupare a armatei era să protejeze Kansas-ul împotriva bandelor de gherilă care terorizau locuitorii de ambele părți ale graniței dintre Kansas și Missouri.
La 13 martie 1863, colonelul Thomas Ewing, Jr. a fost promovat la gradul de general de brigadă și a primit comanda Districtului Frontierei, care includea tot Kansas-ul, precum și părți din alte jurisdicții. Printre responsabilitățile lui Ewing se număra menținerea graniței în siguranță împotriva atacurilor de gherilă. Pentru a realiza acest lucru, Ewing a decis să înșire posturi ale armatei de-a lungul graniței dintre Kansas și Missouri, de la râul Missouri, la nord, până la granița cu Teritoriul Indian, la sud. A vrut să aibă destule posturi, astfel încât acestea să nu fie la o distanță mai mare de 16 km una de alta. Au fost construite posturi noi precum Coldwater Grove, Potosi și o serie de posturi la Baxter Springs.
Până în vara anului 1863 s-a presupus că șirul de posturi de-a lungul graniței va pune capăt depredărilor de gherilă din Kansas. Cu toate acestea, au avut loc o serie de mici raiduri, unul dintre ele având loc până la vest de Council Grove. Gherilele au eludat trupele armatei, multe dintre ele prea puțin experimentate pentru sarcinile lor de patrulare. În plus, forțele Uniunii dispuneau de multe ori de cai și arme de calitate inferioară celor deținute de gherile. În cele din urmă, câțiva dintre ofițerii Uniunii aflați sub comanda lui Ewing erau de-a dreptul incompetenți.
Cu toate acestea, a prevalat un fals sentiment de securitate. Lawrence, de exemplu, a adoptat chiar o ordonanță care interzicea locuitorilor săi să dețină arme de foc în limitele orașului. Toate armele și muniția trebuiau să fie închise în interiorul arsenalului orașului. Chiar și recruții din două tabere din oraș nu aveau muniție, iar comandantul escadronului de trupe din Lawrence a fost nevoit să-și țină armele din dotare în arsenal.
Acest fals sentiment de siguranță a fost brusc spart într-o zi caldă și însorită de august. În după-amiaza zilei de 20 august, comandantul gherilei William C. Quantrill și cei aproape 450 de adepți au intrat călare în Kansas și s-au îndreptat spre Lawrence. În mod surprinzător, o serie de persoane au descoperit mișcările lui Quantrill, iar garnizoana de la Aubry, la vest de granița cu Missouri, a urmărit trecerea gherilei pe lângă postul lor. Comandantul postului nici măcar nu s-a deranjat să încerce să identifice forța care trecea.
În dimineața următoare, oamenii lui Quantrill au luat cu asalt un Lawrence lipsit de apărare și au comis una dintre cele mai grave atrocități ale Războiului Civil. O mare parte din Lawrence a fost jefuită și incendiată. Aproximativ 180 de bărbați și băieți, practic toți fără apărare, au fost împușcați mortal. Aproximativ 6.000 de soldați ai Uniunii și milițieni din Kansas și Missouri au încercat să captureze sau să distrugă forța de gherilă, însă aproape toți membrii gherilei au reușit să scape. Gherilele care se retrăgeau chiar au invadat temporar postul de la Paola în timpul retragerii lor grăbite.
Ewing a răspuns prin emiterea Ordinului general nr. 11, care a ordonat depopularea virtuală a unei zone mari de pe partea Missouri a graniței. O parte din idee era de a priva gherilele de o bază de operațiuni. Cu toate acestea, atacurile de gherilă au continuat nestingherite și mulți locuitori nevinovați din Missouri au fost pedepsiți de decretul lui Ewing.
Quantrill a atacat chiar și Fort Blair (Fort Baxter), la actualul Baxter Springs, pe 6 octombrie. Deși fortul a fost ținut cu succes, 91 de soldați ai Uniunii și angajați ai armatei au fost uciși și aproximativ 25 au fost răniți. Se estimează că între trei și 30 de gherile au fost ucise și cel puțin trei au fost rănite. Mulți dintre soldații Uniunii care au murit în acea zi s-au predat oamenilor lui Quantrill, care apoi i-au ucis într-o altă dintre cele mai mari atrocități ale războiului.
În mod întâmplător, cele mai multe dintre posturile înființate de Ewing au rămas, în ciuda eșecului de a opri raidurile gherilei. Ele au oferit o anumită descurajare. Fără ele, probabil că ar fi avut loc mai multe raiduri.
În 1864, confruntările tot mai dese cu indienii au dus la construirea de noi forturi comunitare și ale armatei. Se pare că în martie 1864 au avut loc multe consilii între triburile indiene, subiectul fiind încercările de a-i ține pe albi departe de zonele ocupate de indieni. La sfârșitul primăverii, indienii de câmpie au început să atace așezările și călătorii albi din cele două treimi vestice ale Kansasului, în încercarea de a-i alunga pe albi.
Un rezultat a fost apariția raidurilor pentru a obține cai de la Fort Larned și Fort Ellsworth. De asemenea, din moment ce toate trupele care au putut fi cruțate au fost trimise să lupte cu confederații, unități yankee galvanizate au fost folosite pentru a întări unele garnizoane. Unele forturi ale coloniștilor au fost folosite pentru a proteja comunitățile împotriva atacurilor indienilor. O serie de noi posturi militare și forturi comunitare au fost construite pentru a proteja zonele împotriva indienilor ostili. Cele două treimi vestice ale Kansasului au fost sub asediu pe parcursul iernii următoare.
În toamna anului 1864, generalul-maior Sterling Price, un fost guvernator al statului Missouri, a fost ales să conducă o invazie confederată (Price’s Missouri Raid) pentru a captura St. Louis și a invada Illinois. Această invazie a început la 28 august, când Price a pornit din sud-vestul statului Arkansas cu 12.000 de soldați slab echipați. El se aștepta să cucerească și să păstreze St. Louis. Când s-a confruntat cu 6.000 de soldați ai Uniunii, Price și-a schimbat planurile. El a decis în schimb să recucerească Missouri pentru Confederație.
Price s-a confruntat în mod constant cu trupele federale sau cu miliția statului Missouri și nu a reușit să ocupe permanent nicio zonă. Invazia sa s-a transformat într-un raid glorificat, deoarece a fost izolat de sprijinul Confederației în Arkansas și Texas. Cu toate acestea, când Price s-a întors spre vest de la St. Louis, autoritățile din Kansas au devenit îngrijorate. Până la mijlocul lunii octombrie, Price se apropia de Kansas City.
Amenințarea lui Price a provocat o reacție care a schimbat statutul multor forturi și posturi din estul Kansasului. Multe localități au trimis trupe pentru a veni în întâmpinarea confederaților. O serie de posturi mici ale armatei au fost părăsite sau reduse la garnizoane scheletice pentru ca un număr cât mai mare de soldați să poată face față oamenilor lui Price. Au fost înființate noi forturi pentru a ajuta la apărarea Fort Leavenworth, Lawrence și Topeka (capitala statului) împotriva confederaților.
Amenințarea pentru estul Kansasului era foarte reală. Price a comentat că a vrut să ia masa la Fort Leavenworth, un indiciu că spera să captureze acel post important. Price a continuat să avanseze spre vest, dar a fost învins decisiv pe 23 octombrie în bătălia de la Westport. Westport se afla chiar la sud-est de Kansas City. Această înfrângere a pus capăt avansurilor confederate și i-a forțat pe invadatori să se retragă rapid spre un teritoriu sigur.
Această retragere a avut loc de-a lungul graniței dintre Kansas și Missouri, iar prezența atâtor confederați a perturbat linia de posturi stabilită de Ewing. Pe drumul spre sud, o serie de posturi au fost amenințate, iar posturile armatei de la Trading Post și Potosi au fost ocupate pentru scurt timp de oamenii lui Price. Pe 25 octombrie, confederații au fost din nou înfrânți în bătălia de la Mine Creek. Mine Creek era în apropiere de Mound City, locul unui alt post important.
În ziua bătăliei, vechiul post Fort Lincoln a fost distrus de confederați. După ce au amenințat orașul și postul Fort Scott, trupele lui Price au părăsit zona. Mai multe dintre posturile abandonate de federali în timpul raidului lui Price nu au fost redeschise. Luptele s-au soldat cu mulți răniți de ambele părți și mulți dintre aceștia au fost duși la Mound City și Fort Leavenworth.
Odată cu sfârșitul raidului lui Price, activitatea de gherilă de-a lungul graniței s-a diminuat. Nu a dispărut complet până la aproximativ un an după capitularea generalului Robert E. Lee în Virginia, în aprilie 1865. Abia atunci majoritatea posturilor comunitare și ale armatei s-au închis, nemaifiind necesare.
.