A suferit multe vicisitudini după expulzarea iezuiților, ordonată mai întâi de Carol al III-lea al Spaniei în 1767, și apoi în anii 1850 și 1861, în primii ani ai erei republicane. Timp de mulți ani a servit ca parc pentru cazarma adiacentă, care a ocupat o parte din casa-școală a Companiei lui Isus.

Arhitectura sa corespunde stilului numit „iezuitic”, de tip denumit „de predică”. O mare parte a fațadei a fost sculptată în piatră din insula Tierrabomba, iar în interior, la baza altarului principal din marmură, importat din Italia de episcopul Eugenio Biffi, se află relicvele proprietarului într-o urnă de aur din bronz și sticlă, cadou al Papei Leon al XIII-lea.

În 1921 a fost eliminată jumătatea portocalie tipică și a fost ridicată actuala cupolă, opera lui Lelarge. Partea frontală a bisericii se îndepărtează de stilul baroc al celorlalte intrări. Există un al doilea etaj deasupra capelelor, care sunt intercomunicate prin arcuri de jumătate de punct și acoperite cu bolți de arista. Această biserică are o orgă și un cor asemănător cu cele ale Arhiereului Sfântului Ioan din Lateran din Roma.

Interiorul bisericii Companiei se distinge prin severitatea elementelor sale arhitecturale, în contrast cu profuzia barocă folosită de iezuiți în alte părți ale Americii spaniole. Fațada sa este considerată ca fiind cea mai bogată și mai monumentală din Cartagena.

.