În timpul principilor-episcopi

În 1516 a avut loc o schimbare în constituția Muntenegrului pe care mulți istorici o consideră ca fiind cea care a asigurat supraviețuirea sa ca stat independent. Ultimul membru al dinastiei Crnojević s-a retras la Veneția și a conferit succesiunea episcopilor din Cetinje. Anterior, loialitatea căpeteniilor minore și a țăranilor față de conducătorii lor fusese instabilă. Nu era neobișnuit ca, în Balcani, controlul politic să treacă de la conducătorii slavi la turcii otomani, nu din cauza înfrângerii primilor în luptă, ci din cauza eșecului magnaților locali de a-și asigura sprijinul supușilor lor. În Muntenegru, poziția de vladika, așa cum era cunoscut prințul-episcop, a adus stabilitate la conducerea teritoriului. Legătura dintre biserică și stat a înălțat-o în ochii țărănimii, a instituționalizat o formă de succesiune și a exclus posibilitatea unor alianțe compromițătoare cu turcii.

Cu toate acestea, această perioadă a fost una dificilă pentru micul Muntenegru, pe atunci fără ieșire la mare, care se afla aproape constant în război cu Imperiul Otoman. Cetinje însuși a fost capturat în 1623, în 1687 și din nou în 1712. Trei factori explică eșecul otomanilor de a o supune complet: rezistența încăpățânată a populației, caracterul inospitalier al terenului (în care se spunea că „o armată mică este înfrântă, una mare moare de foame”) și utilizarea abilă a legăturilor diplomatice cu Veneția.

Din 1519 până în 1696, funcția de vlădică fusese una electivă, dar în acest din urmă an Danilo Nikola Petrović a fost ales în această funcție (sub numele de Danilo I) cu noua prevedere de a-și putea desemna propriul succesor. Deși clerului ortodox răsăritean i se permite, în general, să se căsătorească, episcopilor li se cere să fie celibatari; în consecință, Danilo și-a transmis funcția nepotului său, stabilind o tradiție care a durat până în 1852.

Două schimbări importante au avut loc în contextul european mai larg pentru Muntenegru în timpul domniei lui Danilo: expansiunea teritoriului otoman a fost treptat inversată, iar Muntenegru a găsit în Rusia un nou patron puternic care să înlocuiască Veneția aflată în declin. Refluxul valului otoman s-a dovedit semnificativ pentru identitatea religioasă muntenegreană, care pare să fi fost deosebit de instabilă de-a lungul secolului al XVIII-lea. În pofida instaurării unei politici teocratice ortodoxe și a masacrului în masă apocrif al celor care se convertiseră la islam („Vecernia muntenegreană” din ajunul Crăciunului din 1702), există dovezi contestate potrivit cărora linia muntenegreană s-a schimbat într-o manieră foarte fluidă nu numai între religia romano-catolică și cea musulmană, ci și între identitatea muntenegreană și cea albaneză. Se pare că, având în vedere incertitudinea cu privire la cine deținea puterea în regiune, diversitatea era adesea privită ca un fel de poliță de asigurare colectivă. Cu toate acestea, identitatea ortodoxă a Muntenegrului s-a stabilizat treptat, odată cu declinul puterii otomane. Romano-catolicismul a păstrat un punct de sprijin în zonă și doar în timpurile moderne catolicii muntenegreni s-au identificat ca fiind croați.

Înlocuirea Veneției cu patronajul rusesc a fost deosebit de semnificativă, deoarece a adus ajutor financiar (după ce Danilo I l-a vizitat pe Petru cel Mare în 1715), câștiguri teritoriale modeste și recunoașterea oficială în 1799 de către Poarta otomană a independenței Muntenegrului ca stat sub vladika Petar Petrović Njegoš (Petru I). Sprijinul rusesc la Congresul de la Viena din 1815, după înfrângerea definitivă a împăratului francez Napoleon I, nu a reușit să asigure Muntenegrului o ieșire la mare, chiar dacă muntenegrenii participaseră la cucerirea Golfului Kotor de la forțele franceze în 1806.

.