PeptideProphetTM

PeptideProphetTM validează automat atribuirile de peptide la spectrele MS/MS realizate de programe de căutare în baze de date, cum ar fi SEQUEST. Din fiecare set de date, acesta învață distribuțiile scorurilor de căutare și ale proprietăților peptidelor între peptidele corecte și incorecte și utilizează aceste distribuții pentru a calcula pentru fiecare rezultat o probabilitate ca acesta să fie corect. Proprietățile relevante ale peptidelor includ numărul de terminații compatibile cu scindarea enzimatică (pentru căutările fără restricții), numărul de scindări enzimatice ratate, diferența de masă în raport cu ionul precursor, prezența cisteinei ușoare sau grele (pentru experimentele ICAT) și prezența unui motiv de N-glicozilare (pentru experimentele de captare a N-glicozilării). PeptideProphet poate fi utilizat ca o a doua etapă în urma analizei spectrelor MS/MS generate de orice tip de spectrometru de masă și a peptidelor atribuite cu ajutorul oricărui număr de programe de căutare în baze de date.

Acest software a fost dezvoltat la Institute for Systems Biology din Seattle și este descris în Analytical Chemistry 2002, 74, 5383-5392.

În mod obișnuit, analiza PeptideProphet este urmată de ProteinProphet, care grupează peptidele în funcție de proteina (proteinele) corespunzătoare pentru a calcula probabilitățile ca acele proteine să fi fost prezente în proba originală.

PeptideProphet este o componentă a pipeline-ului de analiză LC/MS/MS cu sursă deschisă dezvoltat la ISB

Alte componente includ:

De ce sursă deschisă?

• Software-ul cu sursă deschisă vă oferă o flexibilitate care nu poate fi egalată de niciun software cu sursă proprietară. Acesta poate fi adaptat cu ușurință pentru a răspunde nevoilor dvs. particulare.
• Software cu sursă deschisă vă oferă o perspectivă completă asupra modului în care datele dvs. sunt tratate.
• Software cu sursă deschisă este probabil cel mai democratic mod de a stabili un standard acceptat pe scară largă în analiza datelor.

Cum vă pot ajuta?

Există multe moduri în care ne puteți ajuta și nu trebuie să fiți spectrometrist de masă sau programator pentru a o face. cel mai simplu mod de a ne ajuta este să ne oferiți feedback cu privire la instrumentele noastre! Anunțați-ne dacă ceva nu funcționează, dacă o modificare la un anumit instrument l-ar face mai util, dacă există un instrument util sau o caracteristică care lipsește etc. Dacă credeți că sunteți calificat să ne ajutați în moduri mai specifice, scrieți-ne! Ne-ar plăcea să vă adăugăm numele în secțiunea dedicată dezvoltatorilor 🙂