La aflarea veștii despre misiunea mongolă în Rusia, guvernul Qing l-a însărcinat pe Sando să investigheze. Sando l-a convocat imediat pe șeful administrației ecleziastice din Khutukhtu (Ikh shav’), Erdene Shanzav, și a cerut o explicație. Erdene Shanzav, pledând că nu a fost implicat, a dezvăluit întregul complot. Sando a cerut apoi ca Khutuktu să își retragă cererea de trupe rusești. Khutuktu a fost de acord, cu condiția ca Sando să desființeze Noua Administrație. Sando a telegrafiat la Beijing pentru instrucțiuni și i s-a spus că anumite părți ale Noii Administrații puteau fi amânate.
Sando a ordonat prinților din Urga să semneze o declarație că doar câteva persoane fuseseră responsabile pentru apelul către Rusia. Prinții au dat o astfel de declarație, dar numai oral. Sando le-a ordonat apoi mongolilor să nu mai aibă niciun contact cu consulatul rus, amenințând că, în caz de nesupunere, va aduce încă 500 de soldați la Urga și va înarma populația chineză din oraș. El a postat santinele în jurul palatului lui Khutuktu cu ordinul de a interzice accesul vizitatorilor ruși. Și a trimis un contingent de trupe la granița ruso-mongolă pentru a intercepta delegația mongolă în Rusia la întoarcere.
Evenimente de proporții seismice au avut loc atunci în China propriu-zisă. La 10 octombrie a avut loc o revoltă în Wuchang și a început o revoluție împotriva clasei conducătoare minoritare. O provincie după alta și-a declarat independența față de autoritatea Qing. Considerând că poziția sa este de nesusținut, Sando a trimis un telegramă guvernului de la Beijing pentru a cere permisiunea de a demisiona, dar cererea sa a fost respinsă. Între timp, delegația mongolă în Rusia s-a întors în secret și a raportat rezultatele călătoriei sale unui grup de prinți și lamas. Aceștia au compus un memoriu comun adresat lui Khutukhtu în care întrebau ce ar trebui să facă Mongolia în locul revoltelor provinciale. El a sfătuit ca mongolii să formeze un stat propriu.
Încurajat de sprijinul lui Khutuktu și de iminenta prăbușire a dinastiei Qing, a fost format guvernul provizoriu din Khalkha, condus de câțiva nobili proeminenți din Khalkha. La 28 noiembrie, guvernul a ordonat tuturor celor patru provincii (aimag) din Khalkha să mobilizeze câte o mie de soldați fiecare. Aproape imediat, 500 de bărbați din khoshuunii vecini s-au adunat în Urga. Două zile mai târziu, Sando a primit o scrisoare, semnată în numele nobililor și lamasilor din Khalkha, în care se spunea că au auzit de o mișcare secesionistă în China și că trupele chineze ale „partidului revoluționar” se pregăteau să mărșăluiască spre Urga din Mongolia interioară. Scrisoarea continua afirmând că, având în vedere beneficiile obținute de Khalkha de la Qing în trecut, Khutuktu a ordonat mobilizarea a 4000 de trupe pentru a înainta spre Beijing pentru a-l apăra pe împărat. Lui Sando i s-a cerut să le furnizeze acestor oameni provizii și arme. I s-au dat trei ore pentru a răspunde. Nu a primit niciun răspuns. Abandonând această înșelătorie subțire, o delegație de nobili și lamas a vizitat biroul ambanului și l-a informat despre decizia lor de a declara independența și de a-l instala pe Khutuktu ca împărat. Sando a implorat delegația. Acesta a recunoscut că ceea ce se întâmplase fusese rezultatul propriei sale nebunii și a promis să recomande autonomie deplină pentru Mongolia, dar nu independența. Delegația a răspuns sec că venise doar pentru a transmite un mesaj, nu pentru a-l dezbate. Lui Sando i s-a ordonat să părăsească țara în termen de 24 de ore.
Sando nu a putut face mare lucru. Avea doar 150 de soldați, care, în orice caz, erau într-o dispoziție refractară din cauza restanțelor la plata retroactivă. A doua zi, soldații săi au fost dezarmați de milițienii mongoli, precum și de cazacii ruși din convoiul consular sub comanda lui Grigori Semionov, viitorul Ataman. Sando și personalul său s-au mutat în incinta consulatului rus pentru propria lor siguranță.
La 30 noiembrie 1911, mongolii au înființat Guvernul Temporar din Khalkha. La 5 decembrie, Sando a părăsit Mongolia cu escortă rusă. Autoritatea chineză în restul țării s-a prăbușit rapid după aceea. Mai târziu în aceeași lună sau în ianuarie 1912 (sursele diferă), guvernatorul militar al Uliastai din vestul Mongoliei, personalul său și gărzile militare, au plecat în mod pașnic sub protecția trupelor cazone. Cu toate acestea, viceguvernatorul militar din Khovd a decis să reziste, sperând la întăriri din Xinjiang. Trupele au venit prea târziu: orașul a fost înconjurat de trupele mongole, detașamentul de întărire a fost zdrobit. În august 1912, fortăreața sa a fost depășită de trupele mongole, iar el și personalul său au fost escortați în afara țării de cazaci.
La 1 decembrie, guvernul provizoriu din Khalkha a emis o proclamație generală prin care anunța sfârșitul dominației Qing și instaurarea unei teocrații sub Jebtsundamba Khutuktu. La sfârșitul lunii, pe 29 decembrie, Khutuktu a fost instalat în mod oficial ca Bodg Khaan („Marele Khan” sau „Împărat”) al noului stat mongol. Acest lucru a inaugurat era Bogd Khan. În timp ce toți Barga, Dariganga, Khovd, regiunea Huvsgul, 26 de hoshuni din regiunea Ili (Oirads din Dzungaria), 24 de hoshuni din cele 29 de hoshuni din Mongolia Superioară, 35 de hoshuni din cele 49 de hoshuni din Mongolia Interioară au trimis declarații de susținere a apelului lui Bogd Khan de reunificare a Mongoliei, în realitate însă, cei mai mulți dintre ei au fost prea prudenți sau nehotărâți pentru a încerca să se alăture regimului lui Bogd Khan.
Revoluția mongolă a fost, în cea mai mare parte, un transfer ordonat de putere. Caracterul său relativ pașnic s-a datorat realismului autorităților Qing din Mongolia și, în mare parte, prezenței trupelor rusești, care au asigurat protecția acestor autorități și a trupelor chineze. Situația a fost diferită în Mongolia interioară. Acolo, autoritățile chineze au rămas la putere, chiar dacă activiștii mongoli se pregăteau să se alăture Mongoliei Exterioare în ceea ce privește independența. Se știa că membrii Partidului regalist pro-Qing sprijineau independența Mongoliei interioare, iar unii susțineau ideea unui stat monarhist care să acopere atât Manciuria, cât și Mongolia exterioară și interioară. În mod deosebit, Gungsangnorbu, liderul Harqin Banner al Mongoliei interioare, a stabilit contacte strânse cu japonezii în decembrie 1911. El și alți prinți din Mongolia interioară au luat împrumuturi, le-au promis japonezilor drepturi de exploatare minieră și au primit importante transporturi de arme.
.